Zdaniem Ministra Finansów, w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2013 r., jeśli co najmniej jednym ze wspólników spółki była osoba fizyczna (podatnik podatku dochodowego od osób fizycznych), wnioskodawczyni nie mogła przyjąć innego roku obrotowego niż kalendarzowy. W konsekwencji, od dnia 1 stycznia 2014 r. spółka - stosownie do art. 4 ust. 1 ustawy zmieniającej - stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych (i z tym też dniem rozpoczął się jej pierwszy rok podatkowy), ponieważ w niniejszej sprawie (jak wykazano powyżej) rok obrotowy spółki zakończył się z dniem 31 grudnia 2013 r. ze względu na fakt, że jej akcjonariuszami w 2013 r. były osoby fizyczne.
Organ administracji przyznał, że do spółki nie znajdzie zastosowania ust. 2 art. 4 ustawy zmieniającej, gdyż w jej przypadku nie wystąpiły zdarzenia wymienione w treści tej normy, jednakże spółka była zobowiązana do zamknięcia ksiąg rachunkowych w dniu 31 grudnia 2013 r. ze względów wyżej wymienionych. W konsekwencji, od dnia 1 stycznia 2014 r. wnioskodawczyni jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z art. 4 ust. 1 ustawy zmieniającej, a jej rok obrotowy/podatkowy trwa od 1 stycznia 2014 r. do 31 października 2014 r.
4. W skardze do WSA w Gdańsku na powyższą interpretację spółka zarzuciła naruszenie art. 4 ust. 1 i art. 4 ust. 2 ustawy zmieniającej; art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.) - dalej jako "O.p."; art. 121 § 1 w zw. z art. 14a § 1 oraz w zw. z art. 14b § 1 O.p.; art. 32 ust. 1 oraz art. 217 Konstytucji RP.
5. Sąd pierwszej instancji na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 ze zm.) - dalej jako "P.p.s.a" , uchylił zaskarżoną interpretację gdyż uznał, że skarga zasługuje na uwzględnienie, bowiem stanowisko Ministra Finansów, przedstawione w zaskarżonej interpretacji indywidualnej jest nieprawidłowe.
Sąd wskazał, że w stanie faktycznym przedstawionym we wniosku spółka nie ma obowiązku zamykania ksiąg rachunkowych na dzień 31 grudnia 2013 r., a przyjęty rok obrotowy trwający od 1 listopada do 31 października będzie w niezmienionej formie trwał do końca obecnie przyjętego przez stronę w statucie roku obrotowego.
5. W skardze kasacyjnej od powyższego wyroku dyrektor izby skarbowej na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 P.p.s.a., zarzucił:
I. naruszenie prawa materialnego tj. art. 4 ust. 1 w zw. z art. 4 ust. 2 ustawy zmieniającej poprzez ich błędną wykładnię i nieprawidłową ocenę możliwości zastosowania do przedstawionego we wniosku stanu faktycznego sprawy, polegającą na przyjęciu przez sąd, że regulacje przejściowe wynikające z ustawy zmieniającej wyraźnie bowiem odnoszą się do roku obrotowego, a nie podatkowego, jako momentu wejścia w życie przepisów dla istniejących SKA.
II. naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy tj. art. 146 § 1 P.p.s.a. poprzez przyjęcie przez sąd, że interpretacja indywidualna została wydana z naruszeniem powołanych w skardze przepisów prawa materialnego (art. 4 ust. 1 w zw. z art. 4 ust. 2 ustawy zmieniającej) z uwagi na nieprawidłową wykładnię ww. przepisów, a także iż zdaniem sądu organ wydający zaskarżoną interpretację bez wyraźnego uzasadnienia odstąpił od stanowiska zajmowanego w tożsamym stanie faktycznym i prawnym w innych interpretacjach przywołanych przez wnioskodawczynię, a potwierdzających jej racje. Tym samym, zdaniem sądu doszło do naruszenia przepisów art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p. Ponadto zdaniem sądu organ naruszył przepis art. 120 O.p. poprzez działanie przez Ministra Finansów nie na podstawie przepisów prawa, lecz dodanych przez niego pozaustawowych przesłanek stosowania wymienionych wyżej przepisów nowelizacji.