Obowiązek uiszczenia opłaty za udzielenie koncesji na świadczenie usług telekomunikacyjnych miał charakter ekwiwalentu za czynność organu administracji publicznej - Ministra Łączności - polegającą na uchyleniu indywidualnie - względem koncesjonariusza - i konkretnie - w zakresie określonym w koncesji - ustawowego zakazu świadczenia usług telekomunikacyjnych. Bez udzielenia koncesji na świadczenie tego typu usług nie byłoby przesłanek, by zaktualizował się obowiązek uiszczenia opłaty koncesyjnej. Powiązanie to jednak miało charakter wyłącznie formalny. Obowiązek zapłaty opłaty koncesyjnej pozostawał bez związku z wykonywaniem koncesji, jak również nie był uzależniony od jej późniejszego pozostawania w obrocie prawnym. Decyzja w sprawie udzielenia koncesji była aktem prawnym o złożonym charakterze, zawierającym kilka rozstrzygnięć, m. in. przyznanie koncesji na świadczenie usług telekomunikacyjnych, udzielenie zezwolenia na zakładanie i używanie sieci telekomunikacyjnej czy nakaz uiszczania określonych w tej decyzji rat opłaty koncesyjnej. Postanowienia dotyczące opłat za udzielenie koncesji miały przy tym charakter fakultatywny oraz ograniczały się do sposobu ich uiszczania. W związku z tym, konsekwencje wejścia w życie ustawy - Prawo telekomunikacyjne należy rozpatrywać z osobna co do każdego z postanowień zawartych w decyzji koncesyjnej. Tym samym, zdaniem skarżącej, art. 7 Prawa telekomunikacyjnego nie uzasadnia właściwości rzeczowej Prezesa URTiP w sprawie poboru opłat koncesyjnych.
Ponieważ obowiązek uiszczenia opłaty koncesyjnej powstał z mocy prawa, zastosowanie ma przepis art. 5 § 1 pkt 2 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji. W latach przypadających po wejściu w życie ustawy Prawo telekomunikacyjne, organem bezpośrednio zainteresowanym pobieraniem opłat koncesyjnych, jak ich egzekucją był minister do spraw łączności. Tym samym również do niego powinno należeć podejmowanie decyzji administracyjnych w tym zakresie, a nie do Prezesa URTiP. Pośrednio na właściwość ministra właściwego do spraw łączności w sprawach opłat koncesyjnych wskazują również postanowienia ustawy z dnia 23 listopada 2002 r. o restrukturyzacji zobowiązań koncesyjnych operatorów stacjonarnych publicznych sieci telefonicznych. Problematyka opłat koncesyjnych jest odrębnym zagadnieniem od spraw zezwoleń telekomunikacyjnych. Wobec braku normy przekazującej sprawy dotyczące opłat Prezesowi URTiP, organem właściwym w tych sprawach jest minister właściwy do spraw łączności, obecnie Minister Infrastruktury.
Ponadto, WSA pominął fakt, że zniesienie organu, jakim był Minister Łączności, nastąpiło później niż wejście w życie Prawa telekomunikacyjnego i przekształcenie z mocy prawa koncesji w zezwolenie. Minister Gospodarki przejął kompetencje Ministra Łączności z dniem 25 lipca 2001 r. na podstawie Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 24 lipca 2001 r. w sprawie przekształcenia Ministerstwa Gospodarki i zniesienia Ministerstwa Łączności (Dz. U. Nr 76, poz.814). Prezes URT stał się właściwy w sprawach zezwoleń telekomunikacyjnych od l stycznia 2001 r. Do czasu, kiedy istniał Minister Łączności, jego właściwość w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji koncesyjnej w zakresie opłat nie budziła wątpliwości. Wynikało to z jednoznacznego brzmienia art. 157 § l k.p.a. Wyłączenie właściwości Ministra Łączności wynikać musiało z przepisu szczególnego, którym był - aczkolwiek wyłącznie w odniesieniu o tych postanowień decyzji o udzieleniu koncesji, które stały się zezwoleniem telekomunikacyjnym - art. 7 ust. l w zw. z art. art. 142 ust. l pkt l lit. a Prawa telekomunikacyjnego. Postanowienia dotyczące opłat elementem zezwolenia się nie stały. Jeżeli Minister Łączności był właściwy w sprawie opłat do 25 lipca 2001 r., to nie ulega wątpliwości, że po tej dacie właściwymi organami są kolejni ministrowie właściwi do spraw łączności, obecnie Minister Infrastruktury. Po tej dacie nie zaistniało żadne zdarzenie, które uzasadniałoby przejęcie kompetencji Ministra Łączności przez Prezesa URT, a następnie Prezesa URTiP.