O właściwości wojewódzkiego konserwatora zabytków w sprawach określonych w art. 83 ust. 1 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody /Dz.U. nr 92 poz. 880 ze zm./, będzie przesądzać to, czy drzewo lub krzew którego dotyczy wniosek będzie rosnąć na nieruchomości wpisanej do rejestru zabytków. Sam fakt wpisania nieruchomości do rejestru zabytków nie zaś uznanie składnika przyrody tj. drzewa, krzewu za zabytek przesądza o właściwości rzeczowej tego organu. Ustawodawca, konstruując przepis art. 83 ust. 2 oraz art. 83 ust. 1 powołanej ustawy, nakazuje jedynie odróżniać drzewa i krzewy rosnące na nieruchomości wpisanej do rejestru zabytków od tych drzew i krzewów, które na tego rodzaju nieruchomościach nie rosną. Powołany wyżej przepis nie wspomina o tym, że drzewa lub krzewy winny odznaczać się tymi samymi cechami co chronione prawem zabytki. Powoduje to, że wojewódzki konserwator zabytków powinien rozpatrzyć wniosek właściciela nieruchomości zabytkowej, choćby to drzewo lub krzew nie przedstawiało jakichkolwiek wartości historycznych, artystycznych lub naukowych. Wystarczy, że przedmiot wniosku znajduje się na terenie takiej nieruchomości, która przedstawione wartości będzie posiadać i została wpisana do rejestru zabytków na podstawie ostatecznej decyzji administracyjnej.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej wniosku (...) Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków o rozstrzygnięcie sporu kompetencyjnego pomiędzy (...) Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków a Starostą Powiatu Ż. w przedmiocie wskazania organu właściwego w sprawie wydania pozwolenia na usunięcie drzew z terenu zespołu urbanistycznego wpisanego do rejestru zabytków postanawia wskazać (...) Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków jako organ właściwy w sprawie.
(...) Wojewódzki Konserwator Zabytków w Z.-G. wystąpił na podstawie art. 22 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego /Dz.U. 2000 nr 98 poz. 1071 ze zm./ do Naczelnego Sądu Administracyjnego o rozstrzygnięcie negatywnego sporu kompetencyjnego między nim a Starostą Powiatu Ż. w sprawie pozwolenia na usunięcie drzew. W uzasadnieniu wniosku wskazano na następujące okoliczności: postanowieniem z dnia 11 października 2005 r. /nie podano numeru postanowienia/ Starosta Powiatu Ż. przekazał L. Konserwatorowi Zabytków do rozpatrzenia wedle właściwości wniosek Burmistrza Miasta Ż. w sprawie pozwolenia na usunięcie drzew z terenu działki nr 392/17, przy ul. P. w Ż. Wskazana nieruchomość nie jest objęta indywidualnym wpisem do rejestru zabytków, natomiast jest zlokalizowana na terenie zespołu urbanistycznego Miasta Ż., wpisanego do rejestru zabytków decyzją nr 71 Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków; w tejże decyzji określony został obszar objęty ochroną konserwatorską oraz strefą ochrony krajobrazowej, przy czym w decyzji niewskazano, aby ochroną konserwatorską został objęty także drzewostan występujący na tym terenie. W takiej sytuacji należy uznać, że oznacza to zachowanie najcenniejszych elementów historycznego rozplanowania oraz kompozycji przestrzennej zespołu, a także walorów krajobrazowych i kulturowych.
Art. 83 ust. 2 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody /Dz.U. nr 92 poz. 880 ze zm./ stanowi, że pozwolenie na usunięcie drzew i krzewów z terenu nieruchomości wpisanej do rejestru zabytków wydaje wojewódzki konserwator zabytków. Przepis ten ma zastosowanie w przypadku zabytkowych parków, ogrodów, fortyfikacji, czy innych nieruchomości, na których występuje zieleń, objętych indywidualnym wpisem do rejestru zabytków. W związku z powyższym zgodnie z art. 90 cyt. wcześniej ustawy o ochronie przyrody L. Konserwator Zabytków uznaje, że opisane wcześniej zezwolenie powinien wydać starosta. Wpisanie do rejestru zabytków założenia urbanistycznego nie oznacza, że wszystkie budowle, nieruchomości, czy obiekty są zabytkami. Jeśli mają same przez się wartość zabytkową to powinny być wpisane oddzielnie do rejestru zabytków. Wnioski o usunięcie drzew lub krzewów rosnących na terenie chronionych układów miejskich niejednokrotnie dotyczą drzew i krzewów rosnących na terenie, które nie stanowią komponowanej zieleni i nie są elementem miasta historycznego. Często jest to zieleń nasadzona przypadkowo lub stanowiąca samosiew.
Rozstrzygnięcie o kompetencji właściwego organu do wydania zezwolenia na usunięcie drzew i krzewów na terenach zespołów urbanistycznych, wpisanych do rejestru zabytków ma szczególne znaczenie ze względu na opłaty naliczane za usunięcie drzew i krzewów na terenach zespołów urbanistycznych wpisanych do rejestru zabytków. Zgodnie z art. 85 ust. 6 cyt. wcześniej ustawy o ochronie przyrody są one o 100 procent wyższe od opłat ustalonych na podstawie stawek, o których mowa w ust. 4 pkt 1 i ust. 5 ustawy.
Pismem z dnia 27 października 2005 r. (...) L. Wojewódzki Konserwator Zabytków przekazał do Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Z.-G. wniosek o stwierdzenie nieważności postanowienia Starostwa Powiatowego /we wniosku nie wskazano ani daty, ani przedmiotu tegoż postanowienia, w istocie chodziło o wniosek z dnia 27 października 2005 r., (...) przekazujący do rozpatrzenia wniosek Burmistrza Miasta Ż. w sprawie pozwolenia na usunięcie drzew z terenu działki nr 392/17 przy ul. P. w Ż./. Postanowieniem z dnia 16 grudnia 2005 r. (...) Samorządowe Kolegium Odwoławcze odmówiło wszczęcia postępowania w sprawie nieważności ww. postanowienia z uwagi na brak legitymacji procesowej wnioskodawcy, jednocześnie nie znalazło podstaw do wszczęcia postępowania z urzędu w sprawie.