Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia NSA Krystyna Chustecka (spr.), Sędzia NSA Artur Mudrecki, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 31 marca 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej E. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 6 listopada 2013 r. sygn. akt I SAB/Sz 15/13 w sprawie ze skargi E. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. w przedmiocie przewlekłości postępowania Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w S. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od E. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. na rzecz Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w S. kwotę 120 (słownie: sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 6 listopada 2013 r., sygn. akt I SAB/Sz 15/13 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę E. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. w przedmiocie przewlekłości postępowania organu - Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w S.
Sąd I instancji podał, że ze stanu faktycznego sprawy wynika, że Spółka w dniu 5 listopada 2011 r. złożyła do Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w S. korektę deklaracji podatkowej VAT-7 za październik 2011 r. wraz z wnioskiem o zwrot na rachunek Spółki w terminie 25 dni wykazanej w tej korekcie nadwyżki podatku VAT naliczonego nad należnym w kwocie 106.160 zł.
W celu sprawdzenia zasadności ww. zwrotu, organ podatkowy wszczął wobec Spółki kontrolę podatkową, w toku której, postanowieniem z dnia 28 grudnia 2011 r. przedłużył Spółce termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za październik 2011 r., do czasu zakończenia weryfikacji tego zwrotu. Kontrola podatkowa została zakończona 29 lutego 2012 r., protokołem kontroli doręczonym stronie w dniu 5 marca 2012 r. Postanowieniem z dnia 3 kwietnia 2012 r., Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w S. wszczął wobec Spółki postępowanie podatkowe w sprawie prawidłowości rozliczania się z budżetem państwa z tytułu podatku od towarów i usług za październik 2011 r. W prowadzonym postępowaniu organ podatkowy występował do różnych organów polskich i zagranicznych, celem pozyskania informacji niezbędnych do zakończenia prowadzonego działania, każdorazowo zawiadamiając stronę postanowieniami.
Spółka, niezadowolona z czasu trwania postępowania, dwukrotnie występowała do Dyrektora Izby Skarbowej w S. z ponagleniami na niezałatwienie sprawy w terminie.
Pismem z dnia 15 lipca 2013 r. Spółka wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie skargę na przewlekłość postępowania podatkowego w zakresie podatku od towarów i usług za październik 2011 r., prowadzonego wobec Spółki przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w S., podnosząc zarzut naruszenia art. 139 § 1 i art. 125 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.).
W odpowiedzi na skargę Naczelnik Pierwszego urzędu Skarbowego wniósł o oddalenie skargi.
W ocenie Sądu I instancji, prowadzone przez organ podatkowy postępowanie i podejmowane czynności nie wypełniają pojęcia przewlekłego prowadzenia postępowania.
Sąd wskazał, że w związku z wątpliwościami organu dotyczącymi dokonanych w październiku 2011 r. przez skarżącą wewnątrzwspólnotowej dostawy 3.510 par obuwia sportowego na rzecz spółki W., Germany, [...] - udokumentowana fakturą VAT nr 13/E/2011 z dnia 26 października 2011 r. o wartości 581.256 zł oraz 4.593 szt. akcesoriów elektrycznych na łączną kwotę 5.024,49 euro od niemieckiej firmy X. GmbH, [...], organ zwrócił się z wnioskiem z dnia 29 grudnia 2011 r. do cypryjskiej oraz niemieckiej administracji podatkowej.
W toku kontroli organ ustalił, że w 2011 r. nastąpiła zmiana udziałowca kontrolowanej Spółki - w miejsce J.R. udziałowcem została spółka prawa cypryjskiego "M.".