Wskazać należy, że orzeczenie to nie mogło znaleźć zastosowania w niniejszej sprawie ze względu na stan faktyczny tej sprawy, który jest stanem przedakcesyjnym, tj. zaistniałym przed 1 maja 2004 r. Niemniej jednak wypada zauważyć, że gdyby sprawa ta miała miejsce po przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej, to wykładnia Trybunału byłaby uwzględniona podczas rozstrzygania skargi kasacyjnej.
W świetle bowiem orzecznictwa NSA odstąpienie od związania w rozumieniu art. 190 p.p.s.a. następuje przy ponownym rozpoznaniu sprawy przez sąd, gdy Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej wydał wyrok w kwestii odmiennej wykładni prawa unijnego niż tej dokonanej przez sąd kasacyjny (por. wyrok NSA z dnia 20 października 2016 r., sygn. akt I GSK 10/15, LEX nr 2167821 oraz wyrok NSA z dnia 18 stycznia 2017 r., sygn. akt I GSK 500/15, LEX nr 2352708). Sąd pierwszej instancji ponownie rozpatrujący sprawę może odstąpić od wykładni dokonanej przez NSA, gdy przed wydaniem przez niego orzeczenia zapadł wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE dotyczący analogicznej kwestii (por. wyrok NSA z dnia 20 września 2013 r., sygn. akt I FSK 1370/12, Rzeczposp. PiP 2013/289/3).
Powołane orzeczenie TSUE bazujące na wykładni prawa unijnego, także przekonuje, że zasadnym było rozstrzygniecie niniejszej sprawy w sposób przywracający Spółce utracone środki finansowe.
Mając powyższe na uwadze Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 188 p.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok oraz poprzedzającą go decyzję organu odwoławczego.
O kosztach postępowania sądowego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a., art. 206 p.p.s.a. i art. 207 § 2 p.p.s.a. w zw. z w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. b) w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a) i § 2 pkt 5 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2015 r. poz. 1804 ze zm.), odstępując od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania (zastępstwa radcy prawnego) w części, ponieważ zaistniała ku temu przesłanka w postaci rozpoznania kilkunastu jednobrzmiących skarg kasacyjnych oraz skarg, tym samym odpowiednio mniejszego, związanego z tym nakładu pracy pełnomocnika skarżącej, tożsamego charakteru rozpoznawanych spraw oraz wkładu pełnomocnika w przyczynienie się do ich wyjaśnienia i rozstrzygnięcia. Miarkowanie polegało na zasądzeniu kosztów zastępstwa procesowego w kwocie 3000 zł (2000 zł za postępowania przed WSA i 1000 zł za postępowanie przed NSA). Przy czym w sprawie pierwszej z wokandy (sygn. akt I GSK 736/16) koszty sądowe zostały przyznane w pełnej wysokości.