W uzasadnieniu decyzji organ wskazał, że powiadomienie dłużnika o należnościach celnych nastąpiło w dniu [...] września 2000 r., a wniosek o zwrot tych należności złożono po upływie ustawowego terminu - w dniu 16 czerwca 2010 r. Wniosek został złożony po upływie terminu z art. 246 § 4 Kodeksu celnego, wobec czego organ był zobligowany do zbadania również przesłanek z art. 246 § 6 Kodeksu celnego. Zaznaczył, że w sprawie należało zbadać przesłankę w postaci "nieprzewidzianych okoliczności".
Po ponownym rozpatrzeniu wniosku strony o zwrot należności celnych DIC decyzją z dnia [...] października 2015 r. odmówił dokonania zwrotu tych należności.
W ocenie organu w sprawie nie zachodziły przesłanki z art. 246 § 6 Kodeksu celnego w postaci siły wyższej czy nieprzewidzianych okoliczności. Organ nie podzielił stanowiska strony, że odwołanie z dnia [...] października 2000 r. od decyzji organu I instancji z dnia [...] września 2000 r. stanowiło jednocześnie wniosek o dokonanie zwrotu należności celnych wymierzonych tą decyzją. Odwołanie to nie zawierało bowiem żądania o treści tego rodzaju. Po uchyleniu powyższej decyzji wymiarowej minął 3 letni ustawowy termin wydania z urzędu decyzji o zwrocie należności celnej. Wbrew tezom strony organ stwierdził, że wniosek o zwrot należności celnych mógł być złożony przez stronę również do czasu uchylenia decyzji wymiarowej, czyli w okresie, kiedy funkcjonowała ona w obrocie prawnym. Wniosek taki nie mógł być uznany za przedwczesny czy bezprzedmiotowy. Zdaniem organu za nieprzewidziane okoliczności nie można uznać faktu prowadzenia postępowania celnego w zakresie wymiaru cła przez 9 lat. Jedynym kryterium złożenia wniosku o zwrot należności celnych jest 3 letni okres ustawowy a nie sugerowane przez stronę kryterium uchylenia decyzji wymiarowej. Strona zwlekała ze złożeniem wniosku do czasu ostatecznego zakończenia postępowania w przedmiocie wymiaru cła, jednak był to świadomy wybór samej strony. Ta świadoma decyzja doprowadziła ostatecznie do negatywnych skutków procesowych dla strony.
Orzekając na skutek odwołania spółki, w dniu [...] listopada 2015 r. DIC wydał decyzję, w której utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję z dnia [...] października 2015 r. Organ II instancji zaaprobował pogląd wyrażony w decyzji z dnia [...] października 2015 r., że odwołanie od decyzji z dnia [...] września 2000 r. nie stanowiło jednocześnie wniosku o zwrot należności celnych. Organ podkreślił, że okoliczność przedłużającego się postępowania odwoławczego nie może być uznana za nieprzewidzianą okoliczność. Strona natomiast mogła przewidzieć, że postępowanie nie zakończy się w terminie 3 lat i złożyć wniosek chociażby z ostrożności procesowej.
Skarżąca nie zgadzając się z rozstrzygnięciem wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu.
Sąd I instancji oddalając skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 ze zm., dalej: p.p.s.a.) i uzasadniając motywy podjętego rozstrzygnięcia, wskazał na okoliczność potwierdzoną wcześniejszymi wyrokami sądów, że spółka złożyła wniosek o zwrot należności celnych po terminie.