Decyzją z dnia 7 maja 2015 r. DIC uchylił w całości zaskarżoną decyzję z dnia [...] sierpnia 2010 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. W uzasadnieniu organ wskazał, że przy ponownym rozpoznaniu sprawy niezbędne jest ustalenie wystąpienia przesłanek siły wyższej i nieprzewidzianych okoliczności w oparciu o przepis art. 246 § 6 Kodeksu celnego.
Decyzją z dnia [...] sierpnia 2015 r. DIC odmówił zwrotu należności celnych. W uzasadnieniu wskazał, że nie sposób podzielić stanowiska spółki, że złożenie odwołania od decyzji z dnia [...] czerwca 2001 r. stanowiło jednocześnie wniosek o zwrot należności celnych. Sądy administracyjne rozpoznając sprawę przesądziły bowiem, że spółka złożyła wniosek o zwrot należności celnych po terminie. Organ stwierdził, iż strona zwlekała ze złożeniem wniosku o zwrot cła - z uwagi na niezakończone postępowanie odwoławcze. Jednakże jej zachowanie było wynikiem świadomego i suwerennego wyboru czasu, w którym zdecydowała się ona z tym wnioskiem wystąpić. Decyzja ta okazała się jednak niewłaściwą i nie zapobiegła zajściu negatywnych zdarzeń i jego skutków. Organ wskazał, że postępowanie trwające 9 lat jest okolicznością niepożądaną z punktu widzenia interesu obywatela (publicznego), ale okoliczność ta nie uniemożliwiała złożenia wniosku w przewidzianym przepisami prawa terminie. Na marginesie organ zauważył, że długotrwałe postępowania celne i sądowoadministracyjne nie są jednak okolicznością nadzwyczajną i nieprzewidywalną.
Orzekając na skutek odwołania spółki, w dniu [...] września 2015 r. DIC wydał decyzję, w której utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję z dnia [...] sierpnia 2015 r. Organ II instancji zaaprobował pogląd wyrażony w decyzji z dnia [...] sierpnia 2015 r., że odwołanie od decyzji z dnia [...] czerwca 2001 r. nie stanowiło jednocześnie wniosku o zwrot należności celnych. Organ podkreślił, że okoliczność przedłużającego się postępowania odwoławczego nie może być uznana za nieprzewidzianą okoliczność. Strona natomiast mogła przewidzieć, że postępowanie nie zakończy się w terminie 3 lat i złożyć wniosek chociażby z ostrożności procesowej.
Skarżąca nie zgadzając się z rozstrzygnięciem wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu.
Sąd I instancji oddalając skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r. poz. 270 ze zm., dalej: p.p.s.a.) i uzasadniając motywy podjętego rozstrzygnięcia, wskazał na okoliczność potwierdzoną wcześniejszymi wyrokami sądów, że spółka złożyła wniosek o zwrot należności celnych po terminie.
W ocenie WSA organ, ponownie rozpatrując niniejszą sprawę, zastosował się do wiążącej oceny prawnej, zawartej w wyroku oraz wykonał wskazania i zalecenia co do dalszego postępowania. Sąd I instancji zaznaczył, że DIC w swojej decyzji zawarł obszerne rozważania w kwestii zaistnienia "nieprzewidzianych okoliczności". Uznał jednak trafnie, że w rozważanym przypadku nie nastąpiły nieprzewidziane okoliczności, które uzasadniałyby złożenie przez stronę wniosku o zwrot należności w terminie.