Wojewódzki Sąd Administracyjny w S. oddalając skargę stwierdził, że decyzje organów nie naruszają prawa w stopniu uzasadniającym ich uchylenie.
Powołał się na utrwalony w orzecznictwie pogląd, że istotą stwierdzenia nieważności jest to, aby przesłanka mająca być przyczyną stwierdzenia nieważności istniała w dacie wydania decyzji. Ponadto, naruszenie prawa powoduje nieważność aktu administracyjnego wtedy, gdy ma ono charakter rażącego naruszenia prawa, tzn. gdy decyzja wbrew przesłankom zawartym w przepisie nadała prawa lub ich odmówiła, albo też wbrew przesłankom obarczono stronę obowiązkiem albo obowiązek uchylono. Aby zatem stwierdzić nieważność decyzji należy ustalić, że wada tkwi w samej decyzji, np. została wydana wbrew nakazowi lub zakazowi ustanowionemu w przepisie (gdy decyzja pozostaje w oczywistej, mającej charakter rażący, sprzeczności z treścią przepisu).
W świetle powyższego Sąd uznał za uprawnione stanowisko organu, że w trybie nadzwyczajnym wzruszenia decyzji ostatecznej, jakim jest tryb stwierdzenia nieważności decyzji, rozpatrzeniu podlegają jedynie wady decyzji wymienione w art. 247 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. Nr 137, poz. 926 ze zm.), nie zaś argumenty merytoryczne, które mogły być przedmiotem rozpoznania w postępowaniu odwoławczym. Postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ma na celu wyjaśnienie jej kwalifikowanej niezgodności z prawem, a nie ponowne rozpatrzenie sprawy zakończonej decyzją ostateczną. Za nieuzasadnione należało zatem uznać powoływanie się przez stronę na uchybienia procesowe organów celnych, popełnione przy rozstrzyganiu sprawy (art. 120-125, art. 180 i art. 187 Ordynacji podatkowej), skoro oceny dowodów dokonano w postępowaniu zakończonym decyzją z [...] czerwca 2002 r. Przesłanki stwierdzenia nieważności odnoszą się bowiem do decyzji wydanej w trybie wznowienia postępowania, a nie w postępowaniu w sprawie naruszenia procedury tranzytu. Wznowienie postępowania było oparte o wniosek wskazujący na istnienie nowych dowodów nieznanych organowi w dacie określania należności celnych, zatem przedmiotem postępowania wznowieniowego było zbadanie, czy przedstawione dowody miały przymiot nowych dowodów i czy miały wpływ na rozstrzygnięcie sprawy.
Zdaniem Sądu, zaskarżona decyzja zawiera stosowne uzasadnienie prawne i faktyczne rozstrzygnięcia i wyjaśnia, dlaczego decyzja odmawiająca uchylenia decyzji wymiarowej jest prawidłowa.
Sąd podniósł również, że we wskazanej przez stronę niezgodności pomiędzy treścią Konwencji o Wspólnej Procedurze Tranzytowej przywołaną przez organ a opublikowaną później w Dzienniku Ustaw aktem promulgacyjnym brak jest naruszenia przepisów w stopniu dającym podstawę do stwierdzenia nieważności decyzji. Organ celny wyjaśnił bowiem stronie, że był zobowiązany przywołać podstawę prawną w brzmieniu obowiązującym w chwili wydania rozstrzygnięcia, chociaż powołane przepisy Konwencji nie zostały jeszcze opublikowane w polskim dzienniku urzędowym. O ile zatem organ poinformuje stronę o aktualnej treści konwencji, to - zdaniem Sądu - nie można postawić zarzutu nieznajomości danej regulacji przez tę stronę. W niniejszej sprawie informacja taka zawarta była w decyzji określającej należności celne.