Za nietrafny należy też uznać zarzut naruszenia art. 72 § 1 Op w zw. z art. 1 pkt 1 i 3 oraz w zw. z art. 2 § 1 pkt 1 Op, przez odmowę zastosowania tych przepisów. Instytucja zwrotu należności celnych została uregulowana w dziale V Kodeksu celnego. Regulacja ta jest kompletna, a Kodeks celny nie odsyła w tym zakresie do stosowania innych ustaw. W związku z tym Naczelny Sąd Administracyjny za oczywiście niesłuszne uznaje stanowisko skarżącej, zgodnie z którym rozpatrzenie złożonego przez nią wniosku o zwrot uiszczonych należności, powinno nastąpić na podstawie art. 72 § 1 Op. Skoro bowiem Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że zastosowanie w rozpoznawanej sprawie mają przepisy celne obowiązujące przed dniem 1 maja 2004 r., to oznacza że przepisy Ordynacji podatkowej mają zastosowanie tylko w takim zakresie, jaki wskazują przepisy Kodeksu celnego. Zgodnie z art. 262 Kodeksu celnego, do postępowania w sprawach celnych stosuje się odpowiednio przepis art. 12 oraz przepisy działu IV ustawy - Ordynacja podatkowa. Podobną regulację zawiera obowiązująca od 1 maja 2004 r. ustawa - Prawo celne, w art. 73 ust. 1.
Oznacza to, że żaden z wyżej wymienionych przepisów Op (pkt I.4 petitum skargi) nie mógł mieć w sprawie zastosowania.
Odnosząc się do zarzutów naruszenia prawa materialnego, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza, że nie mają one usprawiedliwionych podstaw. Zarzuty te są w istocie polemiką z wykładnią prawa dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 października 2011 r., sygn. akt I GSK 791/10. Jak już wyżej wykazano, Sąd pierwszej instancji w zgodzie z tą wykładnią stwierdził, że w przedmiotowej sprawie mają zastosowanie przepisy Kodeksu celnego z 1997 r., w tym art. 246 § 2 i § 4.
Z tych względów, wobec brzmienia art. 190 zd. 2 ppsa, zarzuty oparte na podstawach sprzecznych z powyższą wykładnią prawa, tj. zarzuty zawarte w punkcie II petitum skargi, należy uznać za niedopuszczalne.
Biorąc powyższe pod uwagę, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw i na podstawie art. 184 ppsa orzekł jak w sentencji wyroku.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 ppsa w związku z art. 207 § 2 ppsa, mając na uwadze zmniejszony nakład pracy pełnomocnika Dyrektora Izby Celnej w T. związany ze zbieżnym stanem faktycznym i prawnym rozpatrywanych spraw.