Oceniając sporządzony operat pod kątem zapisów rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r. w sprawie wyceny nieruchomości i sporządzania operatu szacunkowego (Dz. U. z 2004r., Nr 207, poz. 2109 ze zm.), a szczególności zapisów § 36 tego rozporządzenia Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej uznał, że został on sporządzony prawidłowo. Odnosząc się natomiast do zarzutu Prezydenta Miasta Gdańska dotyczącego nieprawidłowego określenia podmiotu zobowiązanego do wypłaty odszkodowania Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej zauważył, że w myśl przepisu art. 1 ust. 2 specustawy w odniesieniu do dróg innych niż zarządzane przez Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad uprawnienia, obowiązki i zadania Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad wynikające z ustawy wykonuje właściwy zarządca drogi. Dodał również, że zgodnie z treścią art. 22 ust. 1 specustawy koszty nabycia nieruchomości pod drogi, w tym odszkodowania, finansowane są na podstawie przepisów o finansowaniu infrastruktury transportu lądowego, przepisów o drogach publicznych oraz przepisów o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym. W ocenie organu odwoławczego nie ulega wątpliwości, że użyte w powołanym przepisie sformułowanie "koszty nabycia pod drogę, w tym odszkodowania" obejmuje również obowiązek wypłaty odszkodowania z tytułu przejęcia nieruchomości pod drogę publiczną. Organ odwoławczy podkreślił, że specustawa jest regulacją szczególną (lex specialis) w stosunku do u.g.n., ponieważ określa ona zasady i warunki przygotowania inwestycji w zakresie dróg publicznych, w tym lokalizację, nabywanie nieruchomości, jak i organy właściwe do orzekania w tych sprawach. Dlatego zdaniem organu wbrew twierdzeniom odwołującego się o obowiązku zastosowania w niniejszej sprawie art. 132 ust. 5 u.g.n. nie można wywodzić z treści art. 12 ust. 5 specustawy. Minister wskazał również, że stosownie do treści art. 12 ust. 5 ww. ustawy do ustalenia wysokości i wypłacenia odszkodowania, o którym mowa w ust. 4a, stosuje się odpowiednio przepisy u.g.n. z zastrzeżeniem art. 18. Organ zauważył, że użycie przez ustawodawcę określenia "odpowiednio" wskazuje, iż jego wolą nie było stosowanie przepisów u.g.n. w sposób bezpośredni, a jedynie w zakresie niezbędnym do przeprowadzenia postępowania odszkodowawczego i z uwzględnieniem jego specyfiki. Kwestia finansowania inwestycji drogowych została rozstrzygnięta w art. 22 ust. 1 specustawy, a zatem nie zachodzi konieczność stosowania w tym zakresie przepisów u.g.n.
Biorąc pod uwagę powyższe ustalenia Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej przyjął, że do wypłaty odszkodowania nie ma zastosowania art. 132 ust. 5 u.g.n., ponieważ jest on wyłączony przez uregulowanie szczególne zawarte w art. 22 ust. 1 specustawy. Ponadto zauważył, że stosownie do treści przepisu art. 1 ust. 2 specustawy w odniesieniu do dróg innych niż zarządzane przez Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad uprawnienia, obowiązki i zadania Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad wynikające z ustawy wykonuje właściwy zarządca drogi. Natomiast stosownie do treści przepisu art. 19 ust. 5 ustawy z dnia 21 marca 1985 roku o drogach publicznych (Dz. U. 2007 r. Nr 19, poz. 115 ze zm.) w granicach miast na prawach powiatu zarządcą wszystkich dróg publicznych, z wyjątkiem autostrad i dróg ekspresowych, jest prezydent miasta, do którego należy zatem w myśl art. 20 tej ustawy, m.in. pełnienie funkcji inwestora oraz nabywanie nieruchomości pod pasy drogowe dróg publicznych. Organ powołał się również na przepis art. 3 ust. 3 ustawy z dnia 16 grudnia 2005 roku o finansowaniu infrastruktury transportu lądowego (Dz. U. 2005 r. Nr 267, poz. 2251 ze zm.), który stanowi, że w granicach miast na prawach powiatu zadania w zakresie finansowania, budowy, przebudowy, remontu, utrzymania, ochrony i zarządzania drogami publicznymi, z wyjątkiem autostrad i dróg ekspresowych, finansowane są z budżetów tych miast. Mając na uwadze powyższe ustalenia organ uznał, że odszkodowanie powinno być wypłacone przez Prezydenta Miasta Gdańska. Odnosząc się natomiast do kwestii tożsamości podmiotu uprawnionego do otrzymania odszkodowania i do jego wypłaty, Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej uznał, iż nie jest on zasadny. Organ wskazał, że obowiązek ustalenia odszkodowania za przejętą nieruchomość nakłada na organ administracji publicznej specustawa. Ustawa ta nie przewiduje od tego żadnych wyjątków. Z kolei kwestia sposobu spełnienia zobowiązania do wypłaty odszkodowania nałożonego w/w decyzją pozostaje poza właściwością organów administracji.