Minister Budownictwa, ponownie rozpoznając sprawę, decyzją z dnia [...] listopada 2006 r., nr [...] stwierdził nieważność orzeczenia Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie dnia [...] lutego 1955 r., sprostowanego postanowieniem Naczelnika Dzielnicy Kraków - Krowodrza z dnia [...] maja 1977 r. w części dotyczącej wywłaszczenia nieruchomości oznaczonej jako parcela 1. kat. [...].
W uzasadnieniu organ stwierdził, że postępowanie wywłaszczeniowe w sprawie niniejszej toczyło się w stosunku do nieżyjącego właściciela przedmiotowej nieruchomości K. R. Skierowanie zaś decyzji do osoby zmarłej stanowi rażące naruszenie przepisów art. 9 § 1 i 2 oraz art. 10 rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 22 marca 1928 r. o postępowaniu administracyjnym (Dz. U. Nr 36, poz. 341 ze zm.). Ponieważ w dacie wydania kwestionowanej decyzji K. R. już nie żył, to nie można było go wywłaszczyć, skoro osobie nieżyjącej nie przysługują żadne prawa, to nie może być ich pozbawiona.
Minister Budownictwa wskazał ponadto, że z wypisu z rejestru gruntów z dnia 15 kwietnia 2005 r. oraz pisma Urzędu Miasta Krakowa Wydziału Geodezji z dnia 16 maja 2007 r., wynika, że działka nr [...] o pow. 2,4777 ha, w skład której weszła wywłaszczona parcela nr [...] o pow. 1873 m2, jest własnością Skarbu Państwa we władaniu Polskich Kolei Państwowych S.A. Możliwość uwłaszczenia PKP przedmiotową nieruchomością nie oznacza nieodwracalnego skutku prawnego, gdyż nabycie prawa użytkowania wieczystego nie może naruszać praw osób trzecich. Skoro w niniejszej sprawie nie zaszły nieodwracalne skutki prawne w rozumieniu art. 156 § 2 kpa, to zachodziły przesłanki do stwierdzenia nieważność orzeczenia z dnia [...] lutego 1955 r. jako wydanego z rażącym naruszeniem prawa.
Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, na skutek wniosku Polskich Kolei Państwowych S.A. i Prezydenta Miasta Krakowa, Minister Infrastruktury decyzją z dnia [...] marca 2008 r., nr [...] utrzymał w mocy decyzję Ministra Budownictwa z dnia [...] lipca 2007 r. Minister Infrastruktury podzielił stanowisko organu I instancji, że orzeczenie z dnia [...] lutego 1955 r. w części dotyczącej wywłaszczenia nieruchomości oznaczonej jako parcela 1. kat. [...] dotknięte jest kwalifikowaną wadą prawną. Rozstrzygnięcie o sytuacji prawnej osoby, która zmarła, należy bowiem uznać za rażąco naruszające prawo, w rozumieniu art. 156 § 1 pkt 2 kpa.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Prezydent Miasta Krakowa wykonujący zadania starosty domagał się uchylenia decyzji Ministra Infrastruktury z dnia [...] marca 2008 r., zarzucając jej naruszenie art. 6 i 7 kpa poprzez brak działania organów na podstawie i w granicach prawa, a tym samym naruszenie zasady praworządności oraz błędną wykładnię art. 4 ust. 1 dekretu z dnia 7 kwietnia 1948 r. Skarżący podał, że z przepisów dekretu z dnia 7 kwietnia 1948 r. oraz rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 24 września 1934 r. - Prawo o postępowaniu wywłaszczeniowym i rozporządzenia z dnia 22 marca 1928 r. o postępowaniu administracyjnym wynika, że wniosek o wywłaszczenie oraz orzeczenie wywłaszczające nieruchomość na podstawie powołanego dekretu nie muszą zawierać w swej treści: wyciągów z ksiąg hipotecznych wywłaszczanych nieruchomości, imion, nazwisk i adresów właścicieli wywłaszczanych gruntów oraz osób trzecich, którym służą prawa rzeczowe do danej nieruchomości. Zatem fakt, iż w dacie wydania decyzji o wywłaszczeniu K. R.