Ocena faktyczna i prawna przedstawiona przez Sąd Wojewódzki jest wnikliwa. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego zgromadzony w aktach materiał dowodowy, w sposób wyczerpujący wskazuje na zaistnienie przesłanki "uzasadnionego przypadku". Stwierdzić zatem należy, iż w przedmiotowej sprawie nie zachodziła konieczność przeprowadzenia dowodu uzupełniającego z dokumentu. W tej sytuacji zarzut naruszenia przepisu art. 106 § 5 P.p.s.a. oraz pozostających w związku przepisów regulujących postępowanie cywilne jest o tyle bezpodstawny, że w sytuacji, gdy Sąd pierwszej instancji nie przeprowadził żadnego dowodu w trybie art. 106 § 3 P.p.s.a., powoływanie się na przepisy Kodeksu postępowania cywilnego dotyczące postępowania dowodowego i art. 106 § 5 P.p.s.a. jest bezprzedmiotowe.
Nietrafny jest zarzut naruszenia przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie art. 17 ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg krajowych (Dz. U. Nr 80, poz. 721 ze zm.), , poprzez jego błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie, tj. brak prawidłowo wszczętego postępowania wywłaszczeniowego oraz brak zaistnienia "uzasadnionych przypadków". Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, Sąd I instancji dokonał właściwej wykładni powyższego przepisu. Zarówno bowiem, zawarty we wskazanej normie warunek dotyczący wszczęcia postępowania wywłaszczeniowego, jak i warunek związany z koniecznością zaistnienia uzasadnionego przypadku, zostały spełnione.
Przystępując do analizy pierwszej z wyżej wymienionych przesłanek art. 17 ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. wskazać należy, iż Wojewoda Małopolski pismami z dnia [...] czerwca 2005 r. zawiadomił współwłaścicieli , iż na wniosek Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad zostało wszczęte postępowanie wywłaszczeniowe w stosunku do nieruchomości oznaczonych w ewidencji gruntów jako działki nr [...],[...],[...], i [...]. Znaczenie tej przesłanki polega na tym, że decyzja zezwalająca na niezwłoczne zajęcie nieruchomości, nie może być podjęta wcześniej, niż po wszczęciu postępowania wywłaszczeniowego. W świetle powołanego przepisu, koniecznym jest jedynie, aby postępowanie wywłaszczeniowe zostało wszczęte, nie jest natomiast istotne na jakim etapie się znajduje.
Stwierdzić także należy, iż Sąd I instancji zasadnie przyjął, iż w przedmiotowej sprawie zachodzi "uzasadniony przypadek" dla wydania na podstawie art. 17 powołanej ustawy zezwolenia na niezwłoczne zajęcie nieruchomości oraz nadanie tej decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności. Z analizy treści wniosku Generalnego Dyrektora Dróg Krajowych i Autostrad. wynika, że planowana inwestycja została zakwalifikowana do zadań, które mają być współfinansowane przez budżet państwa oraz Fundusz Spójności, zatem brak prawa do dysponowania przedmiotową nieruchomością powstrzymuje rozpoczęcie i prowadzenie robót zgodnie z harmonogramem. Nie rozpoczęcie robót może doprowadzić do cofnięcia przyznanych na ten cel środków z Unii Europejskiej. Podano także, za niezwłocznym zajęciem nieruchomości i nadaniem decyzji o zajęciu rygoru natychmiastowej wykonalności przemawia ważny interes społeczny, polegający na konieczności zmiany dotychczasowej sytuacji komunikacyjnej, co znacznie przyczyni się do wzrostu znaczenia gospodarczego tego regionu. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego powyższe argumenty stanowią wyczerpanie znamion przesłanki zaistnienia w sprawie uzasadnionego przypadku, a w związku z tym, przy spełnieniu przesłanki dotyczącej wszczęcia postępowania, uzasadniają wydanie na podstawie art. 17 powołanej ustawy zezwolenia na niezwłoczne zajęcie nieruchomości oraz nadanie tej decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności.
W uzasadnieniu wyroku pierwszej instancji zasadnie podniesiono, że ochrona własności, wpisana w normy ustawy zasadniczej, nie ma charakteru absolutnego (por. orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego: z dnia 3.07.2001 r. sygn. akt K.3/01 OTK 2001/5/125, a także z dnia 20.07.2004 r. sygn. akt OTK-A 2004/7/66). Konstytucja w art. 21 ust. 2 dopuszcza wywłaszczenie, jeżeli jest dokonywane w celach publicznych i za słusznym odszkodowaniem.. Nie można zatem twierdzić, że zaskarżoną decyzją organ administracji dopuścił się obrazy art. 31 ust. 3 i art. 64 us.2 i 3 Konstytucji RP.
Jeśli zaś chodzi o słuszne odszkodowanie za zajęcie nieruchomości to właściciel ma prawo dochodzenia rekompensaty z tego tytułu w postępowaniu cywilnym. Ustawodawca w art. 17 ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. określił, o czym ma rozstrzygać organ wydając decyzję w trybie tego przepisu. W decyzji zezwalającej na niezwłoczne zajęcie nieruchomości organ administracji nie jest uprawniony do orzeczenia o odszkodowaniu za ograniczenie możliwości władania nieruchomością przez właściciela.
W zaistniałym stanie rzeczy Naczelny Sąd Administracyjny, orzekł jak w sentencji, na postawie art. 184 p.p.s.a.