W toku postępowania Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji zwrócił się do wnioskodawców o nadesłanie uzasadnienia oraz dokumentów mogących potwierdzić, iż Biskup [...] oraz Parafia Katolicka p.w. [...] w [...] są legitymowani do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nieważności ww. decyzji.
W piśmie z dnia 10 grudnia 2008 r. wnioskodawca podtrzymał stanowisko, iż Bractwo [...] p.w. [...] było organizacją ściśle kościelną, która nie podlegała prawu o stowarzyszeniach. Organizacje kościelne zarówno pod rządami Konkordatu z 1925 r., jak i obecnie - pod rządami Konkordatu obowiązującego od 1998 r. oraz ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej, nie podlegają działaniu prawa o stowarzyszeniach. Dodatkowo wskazał, że skoro Bractwo jest organizacją kościelną, to stosowanie w tej sprawie kryteriów strony postępowania, o jakich mowa w art. 28 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego (t. j.: Dz. U. z 2000 r. nr 98, poz. 1071 ze zm.), opartych na ocenach właściwych dla stowarzyszeń podlegających działaniu prawa o stowarzyszeniach, nie jest zasadne. W rozumieniu art. 61 ust. 1 w związku z art. 62 ust. 2 cyt. ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej, stroną (uczestnikiem postępowania regulacyjnego) jest oprócz wnioskodawcy jego organ nadrzędny, czyli Biskup [...]. W niniejszej sprawie Biskup [...] wyznaczył Parafię p.w. [...] w [...] jako podmiot uprawniony do ubiegania się o zwrot majątku Bractwa [...] p.w. [...]. Wnioskodawca wskazał także na brak akt Bractwa w archiwach kościelnych oraz w Archiwum Państwowym w [...].
Mając na uwadze przedstawione przez wnioskodawcę okoliczności i dokumenty, organ podjął czynności mające na celu ustalenie charakteru prawnego zlikwidowanego Bractwa oraz umocowania Biskupa Diecezji [...] do występowania z wnioskiem o stwierdzenie nieważności decyzji z dnia [...] grudnia 1962 r. o rozwiązaniu Bractwa.
Departament Wyznań Religijnych oraz Mniejszości Narodowych i Etnicznych w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji w piśmie z dnia [...] grudnia 2009 r. stwierdził, że z przedstawionych okoliczności faktycznych i prawnych nie jest możliwe ustalenie charakteru prawnego Bractwa. Natomiast Prezydent Miasta [...] wskazał, że na podstawie dokumentów, którymi dysponuje, będących kopiami dokumentów znajdujących się w posiadaniu Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji, można ustalić, że Stowarzyszenie nie miało charakteru kościelnego i podlegało przepisom rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia [...] października 1932 r. - Prawo o stowarzyszeniach (Dz. U. nr 94, poz. 808 ze zm.)
Dodatkowo ustalono, że postępowanie regulacyjne z wniosku Parafii Katolickiej p.w. [...] w [...] o sygn. [...] w dniu [...] kwietnia 2008 r. zostało zakończone nieuzgodnieniem treści orzeczenia w sprawie (pismo Komisji Majątkowej z dnia [...] października 2009 r.).
W dalszych wywodach uzasadnienia Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji wskazał, że postępowanie administracyjne w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji jest postępowaniem nadzwyczajnym, które stosownie do art. 157 § 3 kpa, może być wszczęte przez organ z urzędu bądź na wniosek strony postępowania. Złożenie wniosku o wszczęcie postępowania o stwierdzenie nieważności obliguje organ administracji do ustalenia, czy wniosek ten pochodzi od uprawnionego podmiotu, tj. strony postępowania, w rozumieniu art. 28 kpa.