Sąd pierwszej instancji wskazał, iż jak wynika z akt sprawy, warunek uprzedniego pisemnego wezwania organu do dokonania czynności został dopełniony przez skarżącą. Skoro zatem Minister Infrastruktury, mimo uprzedniego wezwania, nie załatwił w prawem przewidzianych terminach sprawy, a na rozprawie w dniu 25 listopada 2008 r. pełnomocnik skarżącej (po zapoznaniu przez Sąd z treścią wniosku organu o umorzenie postępowania sądowego) podtrzymał złożoną skargę w zakresie wymierzenia organowi grzywny, to Sąd pierwszej instancji uznał, że mimo wydania przed rozpatrzeniem przez Sąd skargi merytorycznej decyzji administracyjnej, obie ustawowe przesłanki, o których była już mowa, w niniejszej sprawie zostały spełnione, a zatem skarga o wymierzenie Ministrowi grzywny jest zasadna.
Skargę kasacyjną od powyższego wyroku złożył Minister Infrastruktury zarzucając mu naruszenie przepisów postępowania:
1. art. 154 § 1 P.p.s.a. poprzez uznanie, iż wyznaczenie, jak również formalny brak wyznaczenia kolejnych terminów zakończenia sprawy, pomimo podejmowanych przez organ czynności zmierzających wprost do wydania decyzji, świadczy o pozostawaniu organu w bezczynności,
2. art. 154 § 1 i § 3 P.p.s.a. poprzez uznanie, z pominięciem ważnych okoliczności w sprawie, iż sprawa mogła zostać rozpatrzona przez organ do chwili złożenia skargi na bezczynność,
3. art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez pominięcie w uzasadnieniu wyroku istotnych okoliczności sprawy wskazanych w odpowiedzi organu na skargę oraz nie uwzględnienie całokształtu tej sprawy,
4. art. 133 § 1 P.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie stanu faktycznego przedmiotowej sprawy
Powołując się na wymienione podstawy skargi kasacyjnej strona skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy Sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.
W motywach skargi kasacyjnej strona skarżąca wskazała, iż po wyroku Sądu pierwszej instancji z dnia 24.05.2007 r., sygn. akt I SA/Wa 411/07, uchylającym wcześniejsze decyzje organu nadzoru, organ ten otrzymał zwrot akt w dniu 30.08.2007 r. Pierwsze czynności w formie zawiadomienia o ponownie prowadzonym postępowaniu zostały dokonane w dniu 28.09.2007 r. Strony zostały poinformowane o niemożności rozpoznana sprawy w terminie wskazanym w art. 35 K.p.a., z uwagi na konieczność uzupełnienia materiału dowodowego oraz jego analizy geodezyjno-prawnej. Organ wskazał, iż był zobligowany do podjęcia ww. czynności ze względu na treść wyroku WSA w Warszawie z dnia 24.05.2007 r. Na podstawie art. 36 § 2 K.p.a. wskazano przewidywany termin rozstrzygnięcia - do dnia 31.01.2008 r.
Strona skarżąca podkreśliła, iż zgodnie z wiążącymi wytycznymi Sądu, podjęła szereg czynności zmierzających do ustalenia czy uchwała Prezydium Rady Narodowej w m.st. Warszawie z dnia (...).01.1961 r. zatwierdzająca Plan Ogólny m.st. Warszawy - Etapowy i Kierunkowy Dzielnicy Śródmieście Nr 24, została opublikowana zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami prawa. Skarżący podkreślił, iż długotrwałe poszukiwania doprowadziły go do jednoznacznej konkluzji, iż ww. Uchwała nie mogła stanowić podstawy do orzekania przez Ministra Infrastruktury, z powodu braku należytej publikacji. W związku z powyższym oraz nie dysponowaniem przez Archiwum Państwowe m.st. Warszawy miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego dla przedmiotowej nieruchomości, zaistniała konieczność analizy geodezyjno-prawnej Ogólnego Planu Zabudowania m.st. Warszawy z dnia (...).08.1931 r.