Skarżący podniósł, iż wszystkie te czynności były bardzo pracochłonne i wymagały ogromnego zaangażowania. Następny termin rozstrzygnięcia - do dnia 15.05.2008 r., wskazany w zawiadomieniu z dnia 1.02.2008 r., podyktowany był koniecznością dalszego uzupełnienia materiału dowodowego ze względu na skomplikowany charakter sprawy. Organ zwrócił się z do szeregu instytucji publicznych o nadesłanie dotyczącego przedmiotowej nieruchomości zaświadczenia lokalizacyjnego nr (...), wydanego dla Biura Projektów Przemysłu Organicznego E. pod budowę obiektu biurowego. Poszukiwania zakończyły się niepowodzeniem, gdyż żadna z monitowanych instytucji nie była w posiadaniu ww. zaświadczenia.
Skarżący wskazał, iż o wszystkich czynnościach organu skarżąca była informowana, jak również została powiadomiona w piśmie z dnia 29.05.2008 r., w trybie art. 10 K.p.a., o zebraniu materiału dowodowego niezbędnego do rozstrzygnięcia w sprawie. W wyniku podjęcia dalszych czynności okazało się jednak, iż nastąpiła zmiana stron postępowania - doszło do zbycia prawa użytkowania wieczystego działek (...) z obrębu (...), o czym dotychczasowa strona postępowania N. sp. z o.o. nie poinformowała organu. Zaistniała więc konieczność skompletowania dokumentacji dotyczącej zbycia ww. działek oraz ustalenia danych niezbędnych do prowadzenia postępowania, dotyczących następcy prawnego spółki N. - spółki L., co spowodowało kolejne przesunięcie przewidywanego terminu zakończenia sprawy do dnia 30.09.2008 r., o czym strony zostały poinformowane zawiadomieniem z dnia 30.06.2008
Kolejne dwa zawiadomienia w trybie art. 10 K.p.a. (skierowane do różnych stron), o skompletowaniu całości materiału dowodowego, zostały wysłane odpowiednio w dniu 14 i 31.10.2008 r. Minister Infrastruktury decyzję (...) wydał w dniu (...).11.2008 r.
Skarżący podniósł, iż z przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego wyraźnie wynika, iż jest możliwe odstępstwo od terminów rozpoznania sprawy wskazanych w art. 35 K.p.a. Organ ma jedynie obowiązek powiadomić strony o następnym terminie rozstrzygnięcia. W jego opinii zadośćuczynił on temu obowiązkowi wysyłając zawiadomienia z dnia: 28.09.2007 r., 01.02.2008 r. oraz 30.06.2008 r., a przyczyny zwłoki były niezależne od organu i podjęte czynności były usprawiedliwione okolicznościami sprawy.
Poza tym skarżący stwierdził, iż nie wyznaczenie kolejnych terminów rozpoznania sprawy wynikało z wydania, w trybie art. 10 K.p.a., zawiadomień z dnia 29.05.2008 r. oraz 13 i 31.10.2008 r., spełniających analogiczną rolę, jak zawiadomienia informujące o przewidywanym terminie rozstrzygnięcia sprawy, wydawane na podstawie art. 36 § 2 K.p.a. W zawiadomieniach tych wyznaczono stronom termin na zapoznanie się z materiałem dowodowym i składanie dodatkowych wyjaśnień, dlatego też w ww. okresie organ nie mógł wydać rozstrzygnięcia, gdyż naruszyłoby to przepisy postępowania.
Skarżący zarzucił Sądowi I instancji, iż wydając wyrok naruszył przepisy art. 154 § 1 i § 3 P.p.s.a poprzez uznanie, iż sprawa mogła zostać rozpatrzona przez organ do chwili złożenia skargi na bezczynność, tj. do dnia 19 czerwca 2008 r., pomijając wyżej wskazane ważne okoliczności w sprawie, wynikające w szczególności z wiążących organ wytycznych zawartych w wyroku z dnia 24.05.2007 r., sygn. akt I SA/Wa 411/07 oraz konieczności ustalenia wszystkich stron postępowania.