W skardze na powyższą decyzję Z. W. i Józef W. wskazali, że przed wydaniem decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej były prowadzone z nimi negocjacje przez przedstawicieli [...] S.A., które zostały zaniechane przez Spółkę. Podnieśli, że w wyniku tych negocjacji została ustalona cena 40 zł za 1 m2, na okoliczność czego zostały sporządzone protokoły. Podnieśli też, że szacując wartość działki nr [...] powinno się ją porównać do działek sąsiednich i transakcji kupna-sprzedaży gruntów w najbliższej okolicy, że działki sąsiadują w bliskim otoczeniu z działkami budowlanymi, a działka 14/2, po wykonaniu drogi gminnej, najprawdopodobniej przekształcona zostanie na działkę budowlaną, co nie zostało uwzględnione w operacie, zaś porównanie przedmiotowej działki do działek rolnych powoduje znaczne zaniżenie ich ceny, a ponadto, że droga kolejowa na działce [...] powinna zostać uznana za drogę komunikacyjną. Ostatecznie wskazali, że mogliby zaakceptować cenę wynikającą z operatu szacunkowego z dnia 11 maja 2011 r.
Odpowiadając na skargę, Minister Infrastruktury i Rozwoju wniósł o jej oddalenie.
Rozpoznając skargę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wskazał: Sformułowania sporządzonego w sprawie operatu szacunkowego budzą zasadniczą wątpliwość w zakresie nieruchomości przyjętych do porównań. Autorka operatu stwierdziła, że przedmiotem analizy były grunty stanowiące tereny komunikacji kolejowej położone na rynku lokalnym gminy Działdowo oraz regionalnym - województwo warmińsko-mazurskie będące przedmiotem prawa własności. Ze względu na brak na tak zdefiniowanym rynku transakcji kupna-sprzedaży gruntów przeznaczonych pod budowę/przebudowę/modernizację linii kolejowych, zgodnie z § 36 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r. przeanalizowano transakcje kupna-sprzedaży gruntów niezabudowanych stanowiących tereny rolne, będących przedmiotem prawa własności, położonych na rynku lokalnym gminy Działdowo. Określając wartość przedmiotowej nieruchomości zgodnie z powyższymi założeniami, biegła zwiększyła uzyskaną wartość o 50% podając, że zwiększenia dokonano na podstawie przeprowadzonej analizy cen gruntów rolnych do cen gruntów nabywanych na cele budowy/rozbudowy linii kolejowych, z której wynika, iż ich wartość jest niższa średnio o 90% niż wartość gruntów nabywanych na ww. cele inwestycyjne. Z powyższych sformułowań wynika brak konsekwencji i spójności wniosków biegłej, bowiem jeżeli transakcje dotyczące gruntów nabywanych pod budowę czy rozbudowę linii kolejowych istnieją - a do takich odwołuje się biegła zwiększając otrzymaną wartość wycenianej nieruchomości o 50% - to okoliczność ta czyni niezgodnym z przepisami prawa odniesienie procedury wyceny do gruntów stanowiących tereny rolne. Jeżeli zatem takie transakcje miały miejsce na terenie rynku lokalnego lub regionalnego, to biegła powinna posłużyć się nimi jako materiałem porównawczym, jeżeli natomiast są to dane z rynku krajowego to biegła powinna wyjaśnić powód ich przywołania. Specyfika nabywania nieruchomości na cele budowy lub przebudowy linii kolejowej, może czynić uzasadnionym wykorzystanie do porównań i wyceny transakcji z szerszego rynku, co wymaga jednak wyczerpującego i spójnego uzasadnienia. Powyższe naruszenia procedury wyceny nieruchomości mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, który w przedmiotowej sprawie sprowadza się do wysokości odszkodowania.