nr 1. Czy w opisanym stanie faktycznym alokacja kosztów wspólnych (tj. takich w stosunku do których brak jest możliwości bezpośredniej alokacji do działalności opodatkowanej lub zwolnionej) dokonana w proporcji, w jakiej pozostają przychody z działalności zwolnionej lub opodatkowanej za cały 2011 r. do ogólnej kwoty przychodów spółki w roku 2011 jest zgodna z art. 15 ust. 2 i ust. 2a u.p.d.o.p.? nr 2. Czy w opisanym stanie faktycznym zastosowanie klucza przychodowego obliczonego w oparciu o przychody opodatkowane i zwolnione z całego roku 2011 r. do alokacji kosztów wspólnych poniesionych w całym roku 2011 (to jest zarówno kosztów poniesionych przed jak i po uzyskaniu pierwszych przychodów z działalności zwolnionej) jest zgodne z art. 15 ust. 2 i ust. 2a u.p.d.o.p.?
Spółka przedstawiając własne stanowisko stwierdziła, że odpowiedź na oba pytania jest twierdząca, tzn. zarówno w kwestii alokacji kosztów wspólnych, jak też zastosowania tzw. klucza przychodowego, które są zdaniem Spółki zgodne z art. 15 ust. 2 i ust. 2a u.p.d.o.p. Skarżąca w stosunku do alokacji kosztów wspólnych odwołała się do brzmienia art. 7 ust. 3 pkt 1 i pkt 3, art. 15 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. i podniosła, że brak było możliwości przyporządkowania kosztów ogólnego zarządu i kosztów sprzedaży oraz pozostałych kosztów operacyjnych i finansowych do poszczególnych źródeł przychodów. Z jednej strony w okresie styczeń-kwiecień 2011 r. Skarżąca prowadziła działalność produkcyjną poza obszarem SSE (zakład w R.), jednocześnie prowadząc intensywne działania związane z przyszłą działalnością zwolnioną, tj. dotyczące planowanego umieszczenia działalności spółki w nowej fabryce na terenie SSE. Z drugiej strony, po zlokalizowaniu nowej fabryki na terenie SSE, działalność Spółki obejmowała nie tylko działalność zwolnioną, ale także działalność niemieszczącą się w ramach zezwolenia. W takiej sytuacji zastosowanie znajdował art. 15 ust. 2 i ust. 2a u.p.d.o.p. Brzmienie przywołanego powyżej przepisu, zdaniem Skarżącej, nie daje podstawy dla wyodrębnienia dwóch okresów rozliczeniowych w ramach jednego roku podatkowego, tj. okresu osiągania przychodów jedynie ze źródeł podlegających opodatkowaniu oraz okresu osiągania przychodów zarówno ze źródeł opodatkowanych jak i zwolnionych, w celu wyliczenia klucza przychodowego. Odnośnie zaś pytania związanego z tzw. kluczem przychodowym, który według Spółki powinien być obliczony na bazie przychodów z całego roku podatkowego, a nie jedynie jego części, Skarżąca podkreśliła, że zgodnie z obowiązującymi przepisami podatkowymi ma ona obowiązek przypisania do przychodów z działalności zwolnionej również tych kosztów, które dotyczą tej działalności, choć zostały poniesione jeszcze przed osiągnięciem pierwszych przychodów z działalności zwolnionej.
1.3. Minister Finansów w wydanych w dniu 15 maja 2012 r. w dwóch interpretacjach uznał stanowisko Spółki w obu kwestiach za nieprawidłowe. Odpowiadając na zagadnienie opisane w pytaniu nr 1, na wstępie przytoczył przepisy art. 12 i art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz.U. z 2007 r. Nr 42, poz. 274 ze zm., dalej zwana : "ustawa o s.s.e.") oraz w kolejności: art. 7 ust. 2 , art. 17 ust. 1 pkt 34, art. 9 ust. 1, art. 15 ust. 2 i art. 15 ust. 2a u.p.d.o.p. i w kontekście tych przepisów uznał, że rozliczanie tzw. kosztów wspólnych poprzez zastosowanie proporcji, możliwe jest tylko wówczas, gdy części kosztów przypadających na poszczególne źródła (dochody opodatkowane i zwolnione) w sposób obiektywny nie można ustalić na podstawie treści dowodów źródłowych, załączonych do nich specyfikacji, odpowiednich ewidencji, będących w posiadaniu podatnika, narzędzi do pomiaru kosztów (np. systemy pomiaru czasu pracy, liczniki zużycia energii). Dlatego według Ministra Finansów, ustalenie kosztów uzyskania przychodów zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 15 ust. 2 u.p.d.o.p., ma zastosowanie jedynie w stosunku do niektórych kosztów Spółki dotyczących działalności zwolnionej i działalności poza strefą, tj. w odniesieniu do tzw. kosztów wspólnych. Zastosowanie proporcji o której mowa w art. 15 ust. 2a u.p.d.o.p. możliwe było według Ministra, z tytułu przychodów z działalności objętej zwolnieniem w okresie od maja do grudnia 2011 r. i w tym samym okresie - od przychodów ogółem. W okresie od stycznia do kwietnia 2011 r. Spółka nie miała podstaw do stosowania proporcji, ponieważ dla zastosowania proporcji rozpoznawania kosztów wymagane jest uzyskiwanie przychodów ze źródła, z którego część dochodów jest opodatkowana i część zwolniona. Fakt uzyskiwania przychodów jedynie z jednego źródła wyklucza możliwość rozliczenia kosztów w myśl art. 15 ust 2 a u.p.d.o.p. Minister Finansów nie zgodził się także ze stanowiskiem Skarżącej odnośnie zagadnienia poruszonego w pytaniu nr 2 uznając, że zastosowanie klucza przychodowego obliczonego w oparciu o przychody opodatkowane i zwolnione z całego roku 2011 do alokacji kosztów wspólnych poniesionych w całym roku 2011, jest nieprawidłowe. Zdaniem organu uprawnionego do wydania indywidualnej interpretacji Spółka nie miała podstaw do stosowania proporcji, ponieważ dla jej zastosowania musiałaby uzyskiwać przychody ze źródła, z którego część jest opodatkowana i część zwolniona, na co wyraźnie wskazuje treść przepisu art. 15 ust. 2a u.p.d.o.p.