Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Tomasz Zborzyński (sprawozdawca), Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędzia del. WSA Bogusław Woźniak, Protokolant Alina Buwaj, po rozpoznaniu w dniu 12 maja 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej J. Z. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 5 grudnia 2012 r. sygn. akt III SA/Wa 2903/12 w sprawie ze skargi J. Z. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 6 października 2009 r., nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania kontrolnego oddala skargę kasacyjną.
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględnił skargę J. Z. i uchylił decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej oraz poprzedzające ją decyzje Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. z dnia 15 oraz 13 maja 2009 r. w przedmiocie umorzenia postępowania kontrolnego.
Stan sprawy Sąd przedstawił w sposób następujący:
Postanowieniem Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. z dnia 20 listopada 2008 r. wszczęto w stosunku do skarżącego postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób fizycznych za okres od 1 stycznia 2003 r. do 31 grudnia 2004 r. oraz kontroli przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych za powołany okres. W toku tego postępowania skarżący, powołując się na treść art. 84c ust. 1, ust. 2 i ust. 4 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. z 2007 r. Nr 155, poz. 1095 ze zm., dalej: u.s.d.g.) w związku z art. 64 ust. 2 i art. 72 pkt 1 ustawy z dnia 19 grudnia 2008 r. o zmianie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2009 r. Nr 18, poz. 97, dalej: ustawa zmieniająca u.s.d.g.) skierował do Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. pisma oznaczone jako "sprzeciw", w których wniósł o umorzenie postępowania kontrolnego z uwagi na przekroczenie w dniu 7 maja 2009 r. 60-dniowego terminu prowadzenia kontroli, o którym stanowi art. 64 ust. 2 w związku z art. 72 pkt 1 ustawy zmieniającej u.s.d.g. Decyzjami z dnia 13 oraz 15 maja 2009 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. umorzył postępowanie wszczęte wskazanymi pismami z uwagi na jego bezprzedmiotowość, uznając, iż skoro w toku postępowania kontrolnego prowadzonego w stosunku do skarżącego nie została wszczęta kontrola podatkowa, o której stanowi art. 13 ust. 3 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65 ze zm., dalej: u.k.s.) to skarżącemu nie przysługuje wniesienie sprzeciwu w trybie art. 84c u.s.d.g.
W wyniku rozpoznania odwołania skarżącego Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z dnia 6 października 2009 r. uchylił zaskarżone decyzje i umorzył postępowania organu pierwszej instancji. Wskazał, że kontrola podatkowa nie obejmowała działalności gospodarczej skarżącego, stąd też w sprawie nie mógł mieć zastosowania art. 84c u.s.d.g., a tym samym merytoryczne rozpoznanie przez organ pierwszej instancji zarzutów skarżącego było niedopuszczalne. Ponadto u.s.d.g. nie zawiera uregulowań dotyczących sposobu i terminu załatwienia sprzeciwu wniesionego na podstawie art. 84c ust. 1 u.s.d.g. w sytuacji, gdy sprzeciw taki stronie nie przysługuje, dlatego też organ kontrolny winien uznać pisma skarżącego zatytułowane jako "sprzeciw" za pisma wniesione w toku postępowania kontrolnego i poinformować go, że skoro w tym postępowaniu nie występuje jako przedsiębiorca, to środek zaskarżenia, jakim jest sprzeciw, nie przysługuje mu.