Także w tej kwestii wiążąco wypowiedział się już w tej sprawie NSA wskazując w poprzednim wyroku z 19 lipca 2017 r., że art. 11 ust. 9 u.s.d.g. "znajduje zastosowanie w sprawach przedsiębiorców rozstrzyganych na podstawie przepisów ustawy z 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, co znajduje wyraz w orzecznictwie" (str. 15 uzasadnienia wyroku o sygn. akt II GSK 3905/16). NSA wyraźnie w tej sprawie wskazał, że "fikcja pozytywnego rozstrzygnięcia wniosku przedsiębiorcy dotyczy tylko terminu załatwienia sprawy (rozpoznania tego wniosku) przez organ I instancji". A zatem NSA przesądził, że art. 11 ust. 9 u.s.d.g. miałby zastosowanie w sprawie zmiany zezwolenia na etapie rozstrzygania przed organem pierwszej instancji, a zastrzeżenia NSA wyrażone w wyroku z 19 lipca 2017 r. dotyczyły jedynie niedopuszczalności zastosowania tego przepisu do postępowania toczącego się na skutek wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy. NSA wyraźnie stwierdził, że art. 11 ust. 9 u.s.d.g. ma zastosowanie do postępowania przed organem pierwszej instancji (str. 15 ostatni akapit uzasadnienia wyroku o sygn. akt II GSK 3905/16), a więc na takim etapie postępowania jak w rozpoznawanej obecnie sprawie, tj. w ponownie (po wyroku NSA) prowadzonym postępowaniu przed organem pierwszej instancji.
Niedopuszczalne było odstąpienie od tego wiążącego poglądu w tej sprawie. Zasadnie więc sąd pierwszej instancji stwierdził, że wskutek trwającego 8 miesięcy ponownego rozpoznawania tej sprawy przez organ, doszło do naruszenia art. 11 ust. 9 u.s.d.g. Uwzględniając zatem związanie poprzednim wyrokiem NSA z 19 lipca 2017 r., sąd pierwszej instancji trafnie wskazał, że zgodnie z przewidzianą w art. 11 ust. 9 u.s.d.g. fikcją pozytywnego rozstrzygnięcia wniosku przedsiębiorcy, w braku wyraźnego rozstrzygnięcia sprawy w ściśle określonym terminie, uznaje się, że sprawa została pozytywnie załatwiona, tj. rozstrzygnięta zgodnie z wnioskiem przedsiębiorcy. Za niezasadne uznać więc należy zarzuty podniesione w punktach I.2 i I.3 petitum skargi kasacyjnej kwestionujące dopuszczalność zastosowania w tej sprawie art. 11 ust. 9 u.s.d.g.
Z tych samych powodów nie zostały przez NSA uwzględnione wnioski Ministra o rozstrzygnięcie - przez poszerzony skład siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego - zagadnień prawnych dotyczących możliwości zastosowania art. 11 ust. 9 u.s.d.g. W tej sprawie kwestia zastosowania art. 11 ust. 9 u.s.d.g. do postępowań w przedmiocie zmiany zezwoleń na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej już została wiążąco przesądzona. Nie istniała zatem podstawa do tego, by zwracać się do składu poszerzonego NSA o rozstrzygnięcie wątpliwości sygnalizowanych przez skarżącego kasacyjnie. Z takim wnioskiem można się bowiem zwrócić, gdy wyjaśnienie tych wątpliwości jest konieczne dla rozstrzygnięcia danej sprawy, a taka sytuacja w tej sprawie nie miała miejsca.
Mając na uwadze powyższe Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że wniesiona w tej sprawie skarga kasacyjna nie miała usprawiedliwionych podstaw i z tego powodu orzekł o jej oddaleniu, działając na podstawie art. 184 p.p.s.a. (pkt 1 sentencji).
NSA był związany granicami skargi kasacyjnej, nie mógł więc w tej sprawie rozważać kwestii niepodniesionych w skardze kasacyjnej, w tym ocenić zgodności z prawem rozstrzygnięcia sądu o wyeliminowaniu decyzji ze skutkiem ex nunc (uchyleniu) z powodu ich wydania w warunkach res iudicata, z uwagi na fikcję pozytywnego załatwienia sprawy.
O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a/ w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c/ rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2018 r., poz. 265 ze zm.). Zasądzona kwota 360 zł stanowi zwrot kosztów za sporządzenie i wniesienie w terminie przewidzianym w art. 179 p.p.s.a. odpowiedzi na skargę kasacyjną oraz udział w rozprawie przed NSA pełnomocnika Spółki, który występował przed sądem pierwszej instancji (pkt 2 sentencji).