W ocenie organu w ramach tego postępowania nie miała miejsca fikcja pozytywnego rozstrzygnięcia wniosku. Odnosząc ocenę prawną wyrażoną przez NSA w wyroku z 19 lipca 2017 r. do rozpatrywanej sprawy organ wskazał, że rzeczywiście jest na etapie rozpatrywania wniosku inicjującego postępowanie, ale jest to de facto ponowne rozpatrzenie sprawy, która już została (wcześniej) rozpatrzona, a decyzja została wydana w terminie. Etap, na którym ewentualnie możliwe jest przyjęcie wystąpienia fikcji pozytywnego rozstrzygnięcia wniosku, został już zakończony.
Zaskarżoną decyzją z [...] września 2018 r. Minister Przedsiębiorczości i Technologii (dalej: Minister), po rozpatrzeniu wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, utrzymał w mocy ww. decyzję z [...] maja 2018 r. Dokonując analizy zasad udzielania pomocy publicznej wynikających z przepisów dostosowujących wydanych w związku z przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej podkreślono, że przedłużenie daty zezwolenia naruszałoby przepisy unijne.
W skardze Spółka domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji oraz zobowiązania Ministra do wydania w określonym przez sąd terminie decyzji zgodnie z wnioskiem skarżącej oraz zasądzenia kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę Minister podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniósł o jej oddalenie.
Powołanym na wstępie wyrokiem z 4 kwietnia 2019 r. WSA w Warszawie uwzględnił skargę Spółki na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a/ i c/ ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn.: Dz. U. z 2018 r. poz. 1302 ze zm.; dalej cyt. jako: p.p.s.a.) i uchylił decyzje organów obu instancji jako nieodpowiadające prawu uznając, że w procesie subsumpcji okoliczności stanu faktycznego sprawy pod mające w niej zastosowanie przepisy prawa organ nie dostosował się w wymaganym zakresie do wcześniejszego wyroku NSA z 19 lipca 2017r. II GSK 3905/16, którym był związany. Doszło zatem do naruszenia art. 153 p.p.s.a. Sąd stwierdził, że skoro w tej sprawie między datą wyrokowania przez NSA, a datą podjęcia przez organ zaskarżonej decyzji nie doszło do zmiany stanu faktycznego ani prawnego, organ obowiązany był rozpatrzyć sprawę ponownie stosując się do oceny prawnej zawartej w uzasadnieniu wyroku NSA. W tym wyroku NSA uchylił wcześniejsze decyzje z powodu wydania ich z naruszeniem prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, precyzując te naruszenia i dokonując wiążącej dla organu wykładni zastosowanych przepisów, wyznaczając przez to kierunek ostatecznego załatwienia sprawy. NSA w sposób jednoznaczny w uzasadnieniu ww. wyroku z 19 lipca 2017 r. wskazał na możliwość przedłużenia obowiązywania zezwolenia do końca okresu na jaki ustanowiono strefę, dokonując w tym względzie precyzyjnej analizy przepisów objętych tymi nowelizacjami, która doprowadziła do tej konkluzji. NSA wskazał, że błędna jest interpretacja przepisów zastosowana w sprawie przez organ, prowadząca do nierównego traktowania podmiotów korzystających z przywilejów/ulg strefowych (beneficjentów zezwoleń), którzy z jednej strony otrzymują pomoc publiczną na jednakowych zasadach, a z drugiej strony tylko niektórzy z nich mają możliwość jej efektywnego wykorzystania w pełnym okresie, na jaki została ustanowiona strefa, zgodnie z art. 19 ust. 1 u.s.s.e. Zdaniem NSA wnioskowana zmiana zezwolenia powinna nastąpić niejako automatycznie, zmierza bowiem do umożliwienia spółce działania na terenie specjalnej strefy ekonomicznej tak długo, jak pozostałym beneficjentom, którym wydano zezwolenia po 1 stycznia 2001 r. i nie spowoduje zwiększenia przyznanej już spółce wysokości pomocy publicznej. Pomimo tej wiążącej oceny prawnej, organ nie zmienił swojego stanowiska i ponownie odmówił Spółce wnioskowanej zmiany zezwolenia.