WSA wskazał również, że skoro u.s.s.e. nie zawiera przepisu wyłączającego stosowanie art. 11 ust. 9 u.s.d.g., przepis ten znajduje zastosowanie w sprawach przedsiębiorców rozstrzyganych na podstawie przepisów u.s.s.e. Nie budzi wątpliwości, że skarżąca jest przedsiębiorcą (art. 4 ust. 1 u.s.d.g.) i prowadzi działalność gospodarczą (art. 2 u.s.d.g.) na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej (SSE). Ponieważ wykonywanie działalności gospodarczej przez przedsiębiorcę na terenie specjalnej strefy ekonomicznej prowadzone jest na podstawie zezwolenia na prowadzenie tej działalności i na warunkach określonych w zezwoleniu, to sprawy związane z uzyskaniem zezwolenia, czy zmianą jego warunków są sprawami przedsiębiorcy w rozumieniu art. 11 ust. 1 u.s.d.g. i dotyczą wykonywania działalności gospodarczej przez przedsiębiorcę. W konsekwencji, w ocenie sądu, wniosek skarżącej o zmianę zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie [...] SSE w zakresie zmiany terminu, na jaki zostało ono udzielone, stanowi sprawę przedsiębiorcy, a jego nierozpatrzenie w terminie rodzi skutki określone w art. 11 ust. 9 u.s.d.g. WSA uznał również, że skoro na skutek uchylenia wcześniejszych decyzji organu, sprawa z wniosku Spółki trafiła ponownie do rozpoznania przez organ pierwszej instancji, zastosowanie mają do tego postępowania przepisy dotyczące rozpatrywania spraw (wydawania decyzji) przez organy pierwszej instancji, w tym art. 35 k.p.a. (w zw. z art. 11 ust. 9 u.s.d.g.), a jedyną różnicą pomiędzy całkiem nowym postępowaniem, a postępowaniem prowadzonym wskutek uchylenia decyzji przez sąd jest związanie organu oceną prawną sądu dokonaną w tej konkretnej sprawie. Organ zajmując się w tej sytuacji wnioskiem de facto od nowa, zobowiązany jest do wyjaśnienia sprawy, w tym przestrzegania tych samych przepisów i zasad postępowania, jak przy pierwotnym procedowaniu w sprawie tego wniosku. Termin do załatwienia sprawy, w świetle art. 286 § 1 i 2 p.p.s.a., liczy się od daty doręczenia akt organowi z prawomocnym orzeczeniem sądu, którymi organ musi dysponować w sposób możliwy do podjęcia rozstrzygnięcia, zatem kompletnymi, analogicznie jakby procedował po raz pierwszy w sprawie. Po uchyleniu przez NSA poprzednich decyzji i zwrocie akt sprawy do organu, Minister nie wydał decyzji w czasie przewidzianym na jej wydanie (czyli w terminie miesiąca liczonym od dnia doręczenia akt - art. 286 § 1 i 2 p.s.s.a. w zw. z art. 35 § 3 i 36 k.p.a.), tylko po upływie ok. 8 miesięcy. Przyjmując, że w świetle obowiązującego wówczas art. 11 ust. 9 u.s.d.g. moment pozytywnego/milczącego rozstrzygnięcia sprawy należy łączyć z upływem czasu na wydanie decyzji (co w realiach tej sprawy nastąpiło z dniem 12 października 2017 r.), późniejsze decyzje odmowne organu zostały wydane w warunkach zgodnego z wnioskiem wcześniejszego rozstrzygnięcia sprawy, a więc z naruszeniem tego przepisu. Zadziałała bowiem w sprawie wynikająca z art. 11 ust. 9 u.s.d.g. fikcja pozytywnego rozstrzygnięcia sprawy zgodnie z wnioskiem Spółki. Powyższe w ocenie WSA świadczy o ewidentnej wadliwości zaskarżonej decyzji organu i poprzedzającej ją decyzji pierwszej instancji, stanowiąc podstawę ich uchylenia.