Powyższe rozwiązania prawne uzasadniają, w ocenie organu odwoławczego, stanowisko, że jakiekolwiek rozważania dotyczące braku uzasadnienia w przedmiocie traktowania terenu, na którym planowana jest realizacja inwestycji, jako zamkniętego ze względu na obronność i bezpieczeństwo państwa oraz badania możliwości zrealizowania przedmiotowej inwestycji na tym terenie, do czasu wyłączenia go spod działania powołanej decyzji nr [...] są bezprzedmiotowe. O tym, czy właściwy wojewoda uwzględni wniosek inwestora, decyduje bowiem uznanie tego organu, że zamiar wnioskodawcy da się pogodzić z celem ustanowienia terenu zamkniętego, którym jest wzgląd na obronność i bezpieczeństwo państwa. W przypadku wnioskowanej inwestycji powyższa okoliczność nie zachodzi, co musi skutkować wydaniem decyzji odmawiającej ustalenia warunków zabudowy dla wymienionego przedsięwzięcia.
Jako bezzasadny organ odwoławczy ocenił jednocześnie zarzut skarżącej, że organ I instancji zbyt ogólnikowo i lakonicznie uzasadnił, dlaczego projektowane zamierzenie budowlane nie może być zrealizowane na terenie zamkniętym. Wskazał, że decyzja ma charakter uznaniowy, co ma związek ze szczególnym charakterem terenu zamkniętego i celem jego ustanowienia, dlatego też organ nie ma obowiązku prowadzenia wnikliwego postępowania wyjaśniającego w przedmiocie sytuowania danej inwestycji na takim terenie. Organ odwoławczy powołał się przy tym na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 września 2008 r., sygn. akt lI OSK 1075/07, w którym Sąd ten stwierdził, że nie ma żadnego znaczenia, czy w konkretnym miejscu, w którym inwestor zamierza zrealizować przedmiotową inwestycję, znajdują się linie kolejowe lub jakiekolwiek inne obiekty objęte obszarem kolejowym. Wystarczające jest normatywne określenie w powyższej decyzji, wydanej w wykonaniu upoważnienia ustawowego, poprzez umieszczenie terenu w załączniku do tej decyzji, jako zamkniętego ze względu na obronność i bezpieczeństwo państwa.
W skardze na przedmiotową decyzję, skarżąca, wnosząc o jej uchylenie, zarzuciła: 1/ naruszenie art. 7, 8 oraz 107 § 1 i 3 kpa w zw. z art. 140 kpa; 2/ błędną wykładnię art. 2 pkt 9 oraz art. 4 ust. 2b ustawy - Prawo geodezyjne i kartograficzne poprzez przyjęcie, że przepisy te wprowadzają ograniczenia co do możliwości realizacji inwestycji na terenach zamkniętych; 3/ błędne zastosowanie art. 61 ust. 1 pkt 5 upzp poprzez przyjęcie, że w niniejszej sprawie istnieją przepisy odrębne ograniczające możliwość realizacji przedmiotowej inwestycji na terenie zamkniętym.
W uzasadnieniu skarżąca podniosła, że organy administracji dopuściły się dowolności interpretacyjnej. Nie wyjaśniły bowiem, w jaki sposób przepis art. 2 pkt 9 ustawy - Prawo geodezyjne i kartograficzne ogranicza zakres możliwych rodzajów inwestycji na terenie zamkniętym. W ocenie skarżącej, z normy tej nie wynika automatycznie żadne ograniczenie swobody w zagospodarowaniu przestrzennym strefy terenu zamkniętego, a organy nie wyjaśniły dlaczego projektowanego zamierzenia inwestycyjnego nie można zrealizować na przedmiotowej nieruchomości. Organ w ogóle nie wskazał, jaki związek ma przepis art. 4 ust. 2b ustawy - Prawo geodezyjne i kartograficzne z niniejszą sprawą. Nie wyjaśnił także, jakie znaczenie ma wprowadzony tym przepisem obowiązek informowania Głównego Geodety Kraju o klauzuli tajności ani tym bardziej nie wykazał, żeby miało to jakikolwiek wpływ na możliwość wydania decyzji o ustaleniu warunków zabudowy. Skarżąca, powołując się na błędne zastosowanie art. 61 ust. 1 pkt 5 upzp, podniosła również, że organ nie wskazał, aby wydanie pozytywnej decyzji w niniejszej sprawie rzeczywiście naruszało jakiekolwiek odrębne przepisy, a w szczególności powołane regulacje ustawy - Prawo geodezyjne i kartograficzne. Dodatkowo podniosła zarzut naruszenia zasady równości wobec prawa, tj. art. 32 ust. 1 i 2 Konstytucji RP, wskazując, że w sąsiedztwie zamierzonej inwestycji zrealizowane zostało podobne przedsięwzięcie.