Powyższą decyzję zaskarżyła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie I. R., domagając się uchylenia w całości zarówno decyzji Ministra Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej jak i poprzedzającej ją decyzji Ministra Infrastruktury.
Zaskarżonej decyzji skarżąca zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. art. 1, art. 2, 5 ust. 1 i art. 8 ust. 1 dekretu z dnia 26 kwietnia 1949 r. o nabywaniu i przekazywaniu nieruchomości niezbędnych do realizacji narodowych planów gospodarczych (Dz. U. z 1952 r. Nr 4, poz. 31), zwanego dalej "dekretem z 1949 r."; § 20 Instrukcji Nr 92A o zasadach wyboru i trybie uzgadniania lokalizacji inwestycji będącej załącznikiem do zarządzenia Przewodniczącego Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego Nr 40 z dnia 11 marca 1955 r. (Biuletyn Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego Nr 7, poz. 24), zwanej dalej "Instrukcją Nr 92A".
Ponadto zarzucono naruszenie przepisów postępowania mające wpływ na wynik sprawy, a mianowicie art. 104 K.p.a.
W odpowiedzi na skargę Minister wniósł o jej oddalenie podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 23 maja 2012 r. sygn. akt IV SA/Wa 524/12, oddalając skargę wskazał, że kluczowe dla rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie jest to czy przedmiotowe zaświadczenie ma walor aktu władztwa publicznego, rozstrzygającego, co do istoty indywidualną sprawę z zakresu administracji publicznej skierowany do indywidualnie oznaczonego podmiotu. W ocenie Sądu, przedmiotowy dokument nie mógł samodzielnie kreować praw i obowiązków względem podmiotów spoza struktury administracji, ani z jego treści nie wynika, aby stanowił orzeczenie w takim zakresie. Sąd, przywołując procedurę inwestycyjną obowiązującą w dacie wydania zaświadczenia, stwierdził, że dokument ten wyłącznie miał za zadanie określić przybliżone miejsce planowanej inwestycji. Zaświadczenie o uzgodnieniu lokalizacji ogólnej było traktowane jako część składowa projektu (§ 4 Instrukcji Nr 92) i poprzedzało uzyskanie zaświadczenia o ustaleniu lokalizacji szczegółowej - dokładnego wyznaczenia terenu, gdzie obiekt miał być realizowany. Samo używanie przez ówczesnego prawodawcę pojęcia "zaświadczenie" także nie pozwala domniemywać, że chodzi o władcze rozstrzygnięcie. Sąd wskazał, że na taką ocenę nie ma wpływu treść aktów normatywnych, co oznacza, że z ich mocy przedmiotowe zaświadczenie nie rodziło żadnych skutków prawnych z punktu widzenia praw i obowiązków stron. Mogło ewentualnie stanowić wyłącznie element dokumentacji wymaganej wewnętrznymi procedurami dla uruchomienia postępowania administracyjnego w przedmiocie wywłaszczenia. Ponadto Sąd wskazał, że z regulacji normatywnych nie wynika, aby treść zaświadczenia lokalizacyjnego - wydanego w ramach wewnętrznych procedur kompletowania dokumentacji - była normatywnie wiążąca przy orzekaniu w przedmiocie wywłaszczenie (nie wynika nawet by musiała być przedłożona - art. 13 ust. 3 dekretu z 1949 r.). W ocenie Sądu, zasadność dokonania wywłaszczenia, o ile byłaby kwestionowana przez stronę musiała być oceniana, co do meritum na etapie wywłaszczenia (w kontekście reguły prawa materialnego wskazanej w art. 4 ust. 1 dekretu z 1949 r.), a zgromadzenie określonych dokumentów i zachowanie procedur wewnętrznych strawiło wyłącznie o spełnieniu wymagań formalnych (warunki niezbędne acz nie wystarczające dla wywłaszczenia). Nie było regulacji normatywnych, z których treści wynikałoby, jakoby zaświadczenie mogło stanowić podstawę do rozporządzenia cudzą nieruchomością na określone cele. Sąd podkreślił, że z treści przedmiotowego zaświadczenia z dnia 22 kwietnia 1954 r. nie wynika również, aby stanowiło ono o określonych uprawnieniach do nieruchomości dla inwestora. Jest ono lakoniczne - nie zawiera żadnych kategorycznych twierdzeń w tym zakresie (cechy ewentualnej decyzji dorozumianej).