Skargę na powyższe postanowienie do WSA w Warszawie wniósł Wójt Gminy Radomyśl nad Sanem domagając się jej uchylenia. Organ ponownie wskazał, że jego zdaniem do 65 dniowego terminu na wydanie decyzji w sprawie ustalenia lokalizacji celu publicznego nie wilcza się terminów określonych w art. 51 ust. 2 Upzp, w tym okresu oczekiwania na zajęcie stanowiska przez inny organ, okresu oczekiwania aż postanowienie wydane w trybie art. 106 K.p.a. stanie się ostateczne a także okresu niezbędnego na otrzymanie postanowienia od organu uzgadniającego. Wójt zaznaczył także, że do terminów podlegających odliczeniu powinien zostać zaliczony okres oczekiwania na dostarczenie przez Pocztę Polską postanowienia uzgadniającego od Podkarpackiego Zarządu Dróg Wojewódzkich w Rzeszowie. Zdaniem skarżącego zachował on 65-dniowy termin do wydania decyzji w sprawie, gdyż odliczeniu podlegało: 14 dni na zajęcie stanowiska przez organ uzgadniający, 2 dni na przesłanie projektu decyzji przez Wójta do organu uzgadniającego, 4 dni na przesłanie przez Pocztę Polską postanowienia uzgadniającego oraz 7 dni na uprawomocnienie się postanowienia uzgadniającego.
W odpowiedzi na skargę Minister wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje stanowisko w sprawie zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.
Oddalając skargę wymienionym na wstępie wyrokiem sąd I instancji wskazał, że Wójt przekroczył 65-dniowy termin na wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego o 27 dni. Z czego, zdaniem organów orzekających, 16 dni (od dnia 29 września 2010 r. do dnia 14 października 2010 r.) podlega odliczeniu na podstawie art. 51 ust. 2c Upzp, zaś 11 dni stanowi opóźnienie uzasadniające wymierzenie grzywny. Ustalenia te sąd wojewódzki uznał za prawidłowe. Sąd ten wyjaśnił, że zgodnie z art. 53 ust. 5 Upzp organ uzgadniający winien wydać postanowienie w przedmiocie uzgodnienia w terminie dwóch tygodni, w warunkach przedmiotowej sprawy do dnia 14 października 2010 r., w przeciwnym razie, uzgodnienie uważa się za dokonane. Mimo, że Podkarpacki Zarząd Dróg Wojewódzkich w Rzeszowie postanowienie uzgadniające projekt decyzji wydał [...] listopada 2010 r., to 65-dniowy termin, o którym nowa w art. 51 ust. 2 Upzp, wznowił bieg 15 października 2012 r. Sąd a quo stwierdził ponadto, że inne terminy, w tym wskazane przez skarżącego (czas na doręczenie postanowienia uzgadniającego oraz oczekiwanie na jego uprawomocnienie), nie zaliczały się do okresów usprawiedliwiających opóźnienie w wydaniu decyzji lokalizacyjnej. Podkreślił również, że długotrwałe uzgadnianie projektu decyzji i powstałe z tej przyczyny opóźnienie nie może zostać uznane za przyczynę niezależną od organu prowadzącego postępowanie w sprawie wydania decyzji lokalizacyjnej. Zaznaczył ponadto, że art. 51 ust. 2a Upzp jednoznacznie wskazuje, że w przypadku przekroczenia przez właściwy organ 65-dniowego terminu, organ wyższego stopnia, zobowiązany jest do wymierzenia kary pieniężnej w odpowiedniej wysokości i nie ma znaczenia, czy inwestor kwestionuje termin wydania decyzji lokalizacyjnej.