W odpowiedzi na skargę organ podtrzymał argumenty zawarte w zaskarżonej decyzji i wniósł o oddalenie skargi.
W motywach wyroku stwierdzającego nieważność zaskarżonej decyzji oraz utrzymanej nią w mocy decyzji Ministra Infrastruktury z dnia [...] września 2011 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podniósł, że w niniejszej sprawie o rażącym naruszeniu prawa, a konkretnie - art. 153 w związku z art. 193 i art. 170 P.p.s.a. - stanowi niewzięcie pod uwagę przez organy orzekające w trybie nieważnościowym, oceny prawnej Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażonej w wyroku z dnia 25 sierpnia 2010 r., sygn. akt II OSK 1255/10, z której wynika, że E. S. nie ma interesu prawnego w kwestionowaniu decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi krajowej, na co zwrócono uwagę także w skardze.
Organy orzekające w trybie nieważnościowym (jak i Sąd rozpoznający niniejszą sprawę), wobec braku zmiany okoliczności faktycznych lub prawnych, były tą oceną prawną związane na podstawie art. 153 i art. 170 P.p.s.a. Nie powinny więc były rozpatrywać merytorycznie wniosku E. S. o stwierdzenie nieważności decyzji lokalizacyjnych, lecz w myśl art. 61a K.p.a. wydać postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności tych decyzji. Merytoryczne rozpatrzenie wniosku E. S. poprzez odmowę stwierdzenia nieważności decyzji lokalizacyjnych jest w tej sytuacji rażącym naruszeniem zarówno art. 153, jak i art. 170 P.p.s.a., uwzględnianym przez WSA z urzędu, skutkującym stwierdzeniem nieważności zaskarżonej decyzji, jak i ją poprzedzającej.
Sąd skonstatował, że z formalnego punktu widzenia postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji jest innym postępowaniem od postępowania prowadzonego w trybie zwykłym. Niemniej jednak, w realiach niniejszej sprawy, z materialnego punktu widzenia, zarówno w postępowaniu w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji, jak i w postępowaniu zwykłym występuje ten sam podmiot - E. S., którego prawa i obowiązki mają być konkretyzowane w każdym z tych postępowań. Istnieje tu, więc tożsamość podmiotowa i przedmiotowa między postępowaniem o ustalenie lokalizacji drogi krajowej a postępowaniem w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji wydanych w postępowaniu o ustalenie lokalizacji drogi krajowej. Skoro, więc Naczelny Sąd Administracyjny w prawomocnym wyroku wydanym w sprawie o sygn. akt II OSK 1255/10 uznał, że E. S. nie ma interesu prawnego w kwestionowaniu decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi krajowej, nie ma go również w postępowaniu w sprawie stwierdzenia nieważności tej decyzji.
Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniósł E. S. Zaskarżonemu orzeczeniu zarzucono naruszenie:
1) prawa materialnego poprzez nie zastosowanie w sprawie przepisów art. 11g ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych, jak też art. 59 ust. 1 i art. 153 ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko (Dz. U. z 2008 r. Nr 199, poz. 1227) w związku z § 2 ust. 1 pkt 7, § 3 ust. 1 pkt 8 oraz § 4 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 9 listopada 2004 r. w sprawie określenia rodzajów przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko oraz szczegółowych uwarunkowań związanych z kwalifikowaniem przedsięwzięć do sporządzenia raportu o oddziaływaniach na środowisko (Dz. U. z 2004 r. Nr 257, poz. 2573 ze zm.), a także art. 46 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska - poprzez nie rozważenie oraz błędne przyjęcie, iż decyzja Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska z dnia [...] lutego 2010 r. znak [...] uznająca, iż planowana inwestycja stanowi przedsięwzięcie mogące zawsze bądź potencjalnie znacząco oddziaływać na środowisko, jak też na nieruchomość skarżącego, któremu odjęto znaczną cześć nieruchomości nie ma wpływu na zmianę stanu prawnego oraz stanu faktycznego nie objętego ani sentencją, ani uzasadnieniem wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 25 sierpnia 2010 r., sygn. akt II OSK 1255/10, uzasadniającego legitymację do złożenia wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji Ministra Infrastruktury z dnia [...] marca 2009 r. i utrzymanej nią w mocy decyzji Wojewody Małopolskiego z dnia [...] grudnia 2008 r. oraz uznanie go obecnie za stronę nie tylko w rozumieniu art. 28 k.p.a. z wszelkimi tego konsekwencjami w rozumieniu art. 50 § 1 P.p.s.a. wyłączającą zastosowanie art. 153 P.p.s.a. pomimo wydania wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 25 sierpnia 2010 r. wobec bezsporności, że E. S. jest właścicielem sąsiadujących i w znacznej części wywłaszczanych na ten cel nieruchomości, mając także interes prawny wynikający z art. 140 k.c. w tym, aby projektowana inwestycja nie oddziaływała negatywnie na jego nieruchomość, np. w zakresie ponadnormatywnego hałasu, zważywszy, iż przymiot strony w zwykłym postępowaniu o wydanie pozwolenia na budowę mają właściciele nieruchomości sąsiadujących bezpośrednio z tą nieruchomością, na której obiekt ma być wzniesiony, co tym bardziej należy odnieść do jego uprawnienia w zakresie skutecznego zainicjowania postępowania nieważnościowego;