Wójt Gminy Łysomice także sprzeciwił się wnioskowi wskazując, że projektowana inwestycja będzie także realizowana na działce [...] - co wynika z informacji uzyskanych od projektantów i organów ochrony środowiska (k 44,41).
Wojewoda zawiadomił strony (GDDKiA, Urząd Wojewódzki w Bydgoszczy i Spółkę Pomorska Specjalna Strefa Ekonomiczna ) w trybie art. 10 k.p.a. i wydał następnie decyzję z dnia [...] stycznia 2010 r. Nr. [...] o odmowie stwierdzenia wygaśnięcia decyzji z dnia [...] lipca 2008 r. w części obejmującej działkę [...].
Organ uznał, że wnioskujący nie udowodnili przesłanek niezbędnych do podjęcia rozstrzygnięcia zgodnie z ich wnioskiem, a sama rezygnacja wnioskodawcy z inwestycji, o jakiej była mowa w decyzji z dnia [...] lipca 2008 r. nie powoduje stanu bezprzedmiotowości.
Po rozpoznaniu odwołania GDDKiA decyzją z dnia [...] kwietnia 2012 r. Minister Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej uchylił zaskarżoną decyzję i orzekł o stwierdzeniu wygaśnięcia decyzji Wojewody Kujawsko Pomorskiego nr [...] w odniesieniu do realizacji inwestycji na działce [...]. Organ odwoławczy uznał, że decyzja z 2008 r. stała się bezprzedmiotowa. O jej bezprzedmiotowości decyduje wola inwestora i wola ta musi istnieć przez cały okres postępowania. Bezprzedmiotowość powstała z momentem złożenia wniosku wygaśnięciu decyzji i musiała być przez organ uwzględniona. Organ uznał, że organ I instancji nie miał prawa badania przyczyn złożenia wniosku o wygaśnięcie decyzji, ponieważ samo oświadczenie inwestora w tym przedmiocie było równoznaczne z odstąpieniem od zamiaru realizacji inwestycji. Poza tym została spełniona przesłanka z art. 162 k.p.a. tj. zgodność wygaszenia decyzji z interesem strony. Nadto organ uznał, że Spółka Pomorska Strefa Ekonomiczna, jako że nie była właścicielem działki [...], nie jest stroną tego postępowania.
Skargę na powyżej wskazane orzeczenie wniósł Wójt Gminy Łysomice wnosząc o uchylenie decyzji organu II instancji. Wójt Gminy Łysomice zarzucił naruszenie: art. 162 § 1 i 3 k.p.a. poprzez uznanie, że zaistniały przesłanki do stwierdzenie wygaśnięcia decyzji; art. 7 k.p.a. poprzez brak wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, co miało wpływ na jej rozstrzygnięcie oraz art. 16 § 1 k.p.a. poprzez stwierdzenie wygaśnięcia decyzji pomimo braku przesłanek uzasadniających to stwierdzenie, a tym samym naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na rozstrzygnięcie. Wskazywał na: nie wykazanie zamierzenia inwestycyjnego, które od 2009 r. jest w fazie bliżej nie określonego projektu, brak uwzględnienia negatywnego stanowiska Gminy Łysomice - istnienie interesu społeczności lokalnej przemawiającego za kontynuacją tej inwestycji - który to interes reprezentuje Gmina Łysomice, istnienie decyzji z dnia [...] sierpnia 2007 r. Starosty Powiatu Toruńskiego o pozwoleniu na budowę drogi dojazdowej ze zjazdem z drogi gminnej, kanalizacji deszczowej, oświetlenia drogi na działce nr [...], fakt wypłaty odszkodowania.
Wojewódzki Sąd Administracyjny uwzględniając skargę doszedł do wniosku, że rozstrzygnięcie organu II instancji zostało wydane bez należytego wyjaśnienia i rozważenia istotnych okoliczności sprawy, a tym samym z naruszeniem art. 7 i 77 k.p.a. oraz przepisu art. 162 § 1 k.p.a.