Powyższe wątpliwości nie zostały wyjaśnione przez organy w toku postępowania. Do zadań organów administracji publicznej należy dokonanie oceny, czy operat zawiera wymagane elementy oraz odpowiada zasadom określonym przepisami prawa. Nie sposób jednak przyjąć, że zadania organów w tym zakresie ograniczyć się mają wyłącznie do tej oceny. Zgodnie bowiem z art. 77 § 1 Kodeksu postępowania administracyjnego organ administracji publicznej jest obowiązany w sposób wyczerpujący zebrać i rozpatrzyć cały materiał dowodowy. Faktem jest, że w sprawie o odszkodowanie organ ustalając wysokość tego odszkodowania ma obowiązek posłużenia się operatem szacunkowym sporządzonym przez uprawnioną osobę, co nie oznacza jednak bezkrytycznego przyjęcia ustaleń takiego operatu, w szczególności, kiedy nie wyjaśnia on okoliczności przyjęcia do wyceny takich, a nie innych transakcji i danych.
W myśl art. 130 ust. 2 ustawy o gospodarce nieruchomościami ustalenie odszkodowania następuje po uzyskaniu opinii rzeczoznawcy majątkowego, określającej wartość nieruchomości. Opinia taka nie jest jednak wiążąca dla organów orzekających. Sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego operat szacunkowy stanowi dowód, że opisana w nim nieruchomość ma określoną wartość, a z kolei wartość ta jest podstawą określenia ceny. Rzeczoznawca ma pewien wpływ na ustalenie wartości nieruchomości, skoro organ dokonuje tego określenia na podstawie sporządzonego przez niego oszacowania nieruchomości. Nie oznacza to jednak związania organu ustaleniami uzyskanej opinii rzeczoznawcy majątkowego. O wysokości odszkodowania decyduje bowiem właściwy organ, który obowiązany jest ocenić wiarygodność i rzetelność otrzymanej opinii. Na organie spoczywa więc obowiązek dokładnego wyjaśnienia sprawy oraz podjęcia niezbędnych działań zmierzających do prawidłowego ustalenia wartości nieruchomości i należnego za nią odszkodowania.
Według art. 134 ustawy o gospodarce nieruchomościami podstawę ustalenia wysokości odszkodowania stanowi (z zastrzeżeniem art. 135) wartość rynkowa nieruchomości (ust. 1), przy określeniu, której uwzględnia się w szczególności jej rodzaj, położenie, sposób użytkowania, przeznaczenie oraz aktualnie kształtujące się ceny w obrocie nieruchomościami (ust. 2). Wartość rynkową nieruchomości stanowi najbardziej prawdopodobna jej cena, możliwa do uzyskania na rynku, określona z uwzględnieniem cen transakcyjnych (art. 151 ust. 1 ustawy).
Niewątpliwie ustalenie wartości nieruchomości wymaga wiadomości specjalnych, którymi dysponuje rzeczoznawca majątkowy. Jeżeli jednak przyjęta w operacie szacunkowym wartość nieruchomości nasuwa uzasadnione wątpliwości, to organ zobowiązany jest podjąć w tym zakresie dodatkowe czynności. Może między innymi zwrócić się do innego rzeczoznawcy o dokonanie wyceny tej samej nieruchomości lub do organizacji zawodowej rzeczoznawców majątkowych o ocenę prawidłowości sporządzonego operatu.
Z powyższych przepisów wynika, że proces wyceny nieruchomości powinien być poprzedzony wnikliwą analizą rynku nieruchomości, w tym wszechstronną, opartą na wszelkich dostępnych danych, analizą cen występujących na tym rynku, przy czym obszar tego rynku musi być określony z uwzględnieniem różnic występujących na terenie danego terenu, co w niniejszej sprawie nie zostało wystarczająco wykazane.