Strefa ochronna dla ujęcia wody powierzchniowej z rzeki S. w km 71+200 w J. została ustanowiona na wniosek Urzędu Miasta J. z 17 grudnia 2012 r. Ustanowienie strefy ochronnej zostało uzasadnione koniecznością zapewnienia odpowiedniej jakości i ilości wody ujmowanej do zaopatrzenia ludności J. w wodę przeznaczoną do spożycia. Wraz z wnioskiem właściciel ujęcia przedłożył projekt strefy ochronnej, zawierający propozycje zakazów, które miałyby obowiązywać na terenie ochrony bezpośredniej oraz na terenie ochrony pośredniej strefy ochronnej tego ujęcia. Zaproponowane zakazy były w większości zgodne ze wskazaniami art. 54 ustawy Prawo wodne. Organ podkreślił, że lista zakazów przedstawionych w art. 54 ustawy jest listą otwartą i w związku z tym istnieje możliwość dodania innych zakazów, jeśli zastosowanie ich będzie konieczne z punktu widzenia ochrony jakości ujmowanej wody. Dodanie takich zakazów wiąże się ze szczegółowym uzasadnieniem konieczności ich wprowadzenia, zaś zasadność każdej zaproponowanej modyfikacji należy wyjaśnić w treści dokumentacji.
Dalej organ argumentował, że uchylenie w całości § 4 rozporządzenia jest sprzeczne z zasadą ustanawiania stref ochronnych, gdyż to właśnie zakazy i ograniczenia wykonywania robót oraz innych czynności powodujących zmniejszenie przydatności ujmowanej wody, umożliwiają osiągnięcie zamierzonego celu. Celem zaś jest zapewnienie odpowiedniej jakości wody ujmowanej do zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia.
Informacje zawarte w studium dotyczące gospodarki wodno-ściekowej na terenie S. uzasadniają potrzebę ustanowienia strefy ochronnej ujęcia wody z rzeki S. jak również wprowadzenia na terenie chronionym szeregu zakazów mających docelowo zapewnić mieszkańcom J. wodę o odpowiedniej jakości.
Ponadto zakaz "budowy autostrad i dróg publicznych, z wyłączeniem dróg zaliczanych do kategorii droga gminna" wprowadzony został w celu ograniczenia potencjalnego skażenia S. zanieczyszczeniami pochodzącymi ze źródeł liniowych. Nie obejmuje on dróg gminnych oraz dróg wewnętrznych, które nie są zaliczane do żadnej kategorii dróg publicznych W dniu 5 lutego 2014 r. Urząd Miasta J. wystąpił do Dyrektora Regionalnego Zarządu Gospodarki Wodnej w K. z wnioskiem o zmianę punktu 6 w § 4 ust. 1 rozporządzenia Nr [...] ustanawiającego strefę ochronną dla ujęcia wody powierzchniowej z rzeki S. w km 71+200 w J., gmina J., powiat s.. Zakaz w obecnej formie uniemożliwia realizację na terenie ochrony pośredniej strefy ochronnej ujęcia wody z rzeki S. w J. zaplanowanych inwestycji drogowych, które są elementem kluczowym dla zapewnienia komunikacji drogowej na terenie gmin objętych obszarem strefy ochronnej ujęcia wody. Dlatego też, w celu umożliwienia budowy dróg na tym terenie, właściciel chronionego ujęcia zawnioskował o zmianę treści przedmiotowego zakazu. Dyrektor RZGW w K. przychylił się do wniosku Urzędu Miasta J. i zmienił treść § 4 ust. 1 pkt 6 rozporządzenia Nr [...] z 24 stycznia 2014 r., który otrzyma teraz brzmienie: "budowy dróg publicznych bez ujmowania wód opadowych i roztopowych w systemy kanalizacji deszczowej zamkniętej lub otwartej w postaci rowów izolowanych oraz bez urządzeń zapewniających oczyszczanie ich przed wprowadzaniem do wód lub do ziemi, do poziomu wymaganego przepisami odrębnymi". Projekt zmiany rozporządzenia został przesłany w celu uzgodnienia do Wojewody M. w dniu 10 lutego 2014 r.