Od 1 stycznia 1990 r. organami podatkowymi właściwymi do ustalania i poboru podatków /także i obrotowego/ są urzędy skarbowe.
Dyrektor urzędu celnego, wydając decyzję o zwolnieniu od podatku obrotowego, działał jako organ niewłaściwy.
Michał S. wrócił do kraju na stałe w grudniu 1989 r. Potem powoli przywoził swój dobytek, którego dorobił się na Zachodzie /m.in. w styczniu przywiózł samochód/. Gdy wracał w grudniu poinformowano go na granicy, że od samochodu /który stanowi mienie przesiedleńcze/ nie będzie płacił Podatku obrotowego. Wkrótce potem - bo od 1 stycznia 1980 r. - weszły w życie nowe przepisy: diametralnie w tym względzie różne od poprzednich. Michał S. nie widział o tym /albo nie chciał wiedzieć/ i spokojnie w styczniu 1990 r. sprowadził samochód marki "Audi". Cło zapłacił, zaś od podatku został zwolniony. Taką decyzję podjął dyrektor urzędu celnego.
Prezes Głównego Urzędu Ceł - działając w trybie nadzoru - w maju 1990 r. stwierdził nieważność decyzji dyrektora. Argumentował, że narusza ona rażąco prawo, gdyż podatek obrotowy nie został właściwie obliczony, a w dodatku nie pobrano go.
Michał S. wniósł skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego zarzucał w niej naruszenie art. 7 i art. 9 Kpa a także domagał się uchylenia zaskarżonej decyzji. Cały czas argumentował, że samochód sprowadził w ramach mienia przesiedleńczego, a w dodatku jeszcze wprowadzono go w błąd na granicy. Skoro celnicy działali nieprawidłowo, to on nie może z tego tytułu ponosić strat.
Jego zdaniem, zaskarżona decyzja stwierdzająca nieważność decyzji zwalniającej od podatku obrotowego, narusza jego słuszny interes.
Prezes GUC wnosił o oddalenie skargi. Argumentował, że skoro wprowadzano podatek obrotowy, a odprawa celna miała miejsce już po wejściu w życie nowych przepisów, to Michał S. powinien go zapłacić. Zdaniem prezesa, na granicy nie udzielono Michałowi S. błędnych informacji, gdyż w końcu grudnia 1989 r. gdy pytał o podatek, nie został on jeszcze wprowadzony.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że prezes Głównego Urzędu Ceł stwierdził nieważność decyzji dyrektora urzędu celnego w sposób prawidłowy. Oparł się jednak przy tym na błędnej przesłance. Zaskarżona decyzja przyjmuje bowiem, że decyzja dyrektora dotknięta była wadą nieważności, jaką jest rażące naruszenie prawa. Jednakże naruszenia tego dopatruje się w niewłaściwym wyliczeniu i niepobraniu podatku obrotowego. Taka ocena organu nadzoru nie jest jednak właściwa. Z treści decyzji dyrektora urzędu celnego wynika jednak, że rozstrzyga ona o zwolnieniu z obowiązku zapłacenia obliczonego podatku obrotowego. Zdaniem NSA. należy więc rozważyć czy dyrektor w pierwszej instancji był właściwy do tego, by rozstrzygać o zwolnieniu od podatku obrotowego.
NSA w swoich rozważaniach uwzględnił również zmiany przepisów i wprowadzenie od 1 stycznia 1990 r: obowiązku opodatkowania podatkiem obrotowym towarów sprowadzanych z zagranicy przez osoby fizyczne, bądź też im nadesłanych z zagranicy. Na podstawie nowych przepisów urzędy celne powinny obliczać należny podatek obrotowy i przekazywać go za okresy miesięczne na rachunek Pierwszego Urzędu Skarbowego w Warszawie. Dyrektorzy urzędów celnych powinni więc przekazywać do urzędu skarbowego podatek obrotowy od towarów sprowadzonych z zagranicy: Ich zadania sprowadzają się wyłącznie do tego. Natomiast organami podatkowymi właściwymi do ustalania i poboru podatków /także i obrotowego/ są urzędy skarbowe. jako organy podatkowe pierwszej instancji. Oprócz tego mogą one również rozstrzygać w kwestii zwolnienia od podatku obrotowego. Dyrektor urzędu celnego, wydając decyzję o zwolnieniu od podatku obrotowego, działał jako organ niewłaściwy. Dlatego jego decyzja jest nieważna. W tej sytuacji prezes GUC miał prawo stwierdzić jej nieważność /prezes GUC jest bowiem organem wyższego stopnia w stosunku do dyrektora urzędu celnego/.
NSA uznał, że stwierdzenie nieważności decyzji dyrektora urzędu celnego przez organ nadzoru z powodu innej przesłanki stanowi naruszenie prawa przez ten organ. Jednakże nie jest to takie uchybienie, które wywarłoby istotny wpływ na treść rozstrzygnięcia.
Sąd uznał więc. że skarga Michała S. jest nieuzasadniona, i oddalił ją na podstawie art. 207 par. 5 Kpa. Przy okazji sąd pouczył Michała S., że gdy będzie się skarżył od nowej decyzji dyrektora Urzędu Celnego o obliczeniu i pobraniu podatku obrotowego to może wystąpić na podstawie art. 175 par. 1 Kpa/ do właściwego organu podatkowego w kwestii obliczenia, bądź ustalenia istnienia obowiązku podatkowego.