Odnosząc się do argumentu strony, że znowelizowana ustawa Prawo farmaceutyczne obowiązująca od 11 maja 2007 r. regulująca obecność w obrocie produktów spełniających jednocześnie kryteria środka spożywczego (suplementu diety) i produktu leczniczego w stosunku do spornego preparatu nie ma zastosowania, organ wskazał, iż istotnie ustawa Prawo farmaceutyczne w przepisie przejściowym (art. 9) stanowi, że do 31 grudnia 2009 r. produkty spełniające jednocześnie kryteria produktów leczniczych i środków spożywczych mogą pozostawać w obrocie na dotychczasowych zasadach. Podany przepis dotyczy jednak tych produktów, które przed wejściem w życie nowelizacji ustawy Prawo farmaceutyczne tj. przed 11 maja 2007 r. przeszły pozytywnie procedurę określoną w art. 29 - 31 ustawy o bezpieczeństwie żywności i żywienia, tzn. gdy Główny Inspektor Sanitarny nie zgłosił zastrzeżeń do bezpieczeństwa ich stosowania. Powyższa interpretacja wynika z faktu, że nowelizacja ustawy Prawo farmaceutyczne nie wprowadza żadnych zmian do ustawy o bezpieczeństwie żywności i żywienia z dnia 25 sierpnia 2006 r., w tym do procedur dotyczących powiadamiania o pierwszym wprowadzeniu do obrotu (art. 29-31), uprawnień organów Państwowej Inspekcji Sanitarnej określonych wart. 8 i 32 ustawy i w szczególności obowiązku przestrzegania przez podmioty działające na rynku spożywczym zasady określonej w art. 3 ust. 2 i art. 6 ustawy. Cytowany okres przejściowy jest okresem pozwalającym producentom produktów leczniczych i środków spożywczych na dostosowanie się do wymogów Prawa farmaceutycznego.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku M. K. zarzuciła zaskarżonej decyzji rażące naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 154 § 1 i 2 k.p.a. w zw. z art. 7 oraz 77 § 1 k.p.a., polegające na nie zebraniu i nie rozważeniu całego materiału dowodowego, co miało istotny wpływ na wynik sprawy.
W uzasadnieniu skarżąca ponownie podniosła, iż organy administracji obu instancji próbują "rozszerzyć" podstawy wydania decyzji z dnia 5 marca 2007 r. o elementy dotyczące niespełnienia wymagań zdrowotnych przez środek "[...]", powołując się na treść art. 6 ust. 1 i 2 ustawy o bezpieczeństwie żywności i żywienia. W ocenie skarżącej organy nie mogły oprzeć się na opinii Głównego Inspektora Sanitarnego, gdyż opinia ta ani nie zakazuje wprowadzania do obrotu ani też nie kwestionuje spełniania wymagań zdrowotnych przez środek "[...]". Ponadto opinia ta nie uwzględnia nowelizacji ustawy Prawo farmaceutyczne. Skoro zatem przepisy prawa dopuszczają taką sytuację, że produkt spełniający zarówno kryteria środka spożywczego, jak i leczniczego może pozostawać w obrocie na dotychczasowych zasadach do dnia 31 grudnia 2009 r., to zarówno decyzja z dnia 5 marca 2007 r., jak również stanowisko Głównego Inspektora Sanitarnego winny ulec modyfikacji. Zdaniem skarżącej zmiana stanu prawnego wypełnia dyspozycję art. 154 k.p.a., gdyż nie może istnieć w obrocie prawnym decyzja administracyjna zakazująca wprowadzania do obrotu produktu, w sytuacji, gdy później wprowadzona nowelizacja przepisów dopuszcza do obrotu produkt do końca 2009 r.