Organ wskazał, że w okolicznościach rozpatrywanej sprawy spółka "X" została powiadomiona o konieczności uiszczenia niedoboru cła w momencie doręczenia jej decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [...] stycznia 2007 r., czyli w dniu [...] stycznia 2007 r. Oznacza to, że po wpłaceniu tych należności podmiot ten posiadał uprawnienie do domagania się ich zwrotu do dnia 22 stycznia 2010 r. W okresie tym jednak toczyło się jeszcze postępowanie odwoławcze w przedmiocie określenia długu celnego w wyższej kwocie, które zresztą zakończyło się utrzymaniem w mocy decyzji nakładającej na stronę obowiązek uiszczenia niedoboru cła. Dopiero uchylenie decyzji stwierdzającej nieprawidłowe określenie w zgłoszeniu celnym kwoty długu celnego uczyniło prawnie nienależną sporną kwotę, co nastąpiło z chwilą wydania wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego z dnia 12 października 2011 r. Organ zauważył, że niedochowanie terminu wyznaczonego przez ustawodawcę powoduje, iż wniosek o zwrot cła, nawet mimo stwierdzenia, że pobrana kwota nie była prawnie należna, nie może być pozytywnie rozpatrzony.
Według organu, długotrwałe prowadzenie postępowania dotyczącego merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy nie zamykało stronie możliwości złożenia wniosku we właściwym terminie. Braku działania wnioskodawcy nie można usprawiedliwiać nieprzewidzianymi okolicznościami czy działaniem siły wyższej. Wprawdzie spółka "X" w swoim wystąpieniu wskazała właśnie na istnienie tego rodzaju przesłanek w badanym przypadku, gdyż nie mogła ona przewidzieć momentu zakończenia prowadzonych postępowań w zakresie prawidłowości obciążenia jej obowiązkiem uiszczenia długu celnego w wyższej kwocie. Jednak zgodnie z definicją zawartą w Uniwersalnym słowniku języka polskiego (pod red. Stanisława Dubisza, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2003), o nieprzewidzianych okolicznościach można mówić wówczas, gdy wykraczają one poza przewidywania, nie dają się przewidzieć, są niespodziewane, nieoczekiwane, mają nieprzewidziany rezultat, skutek. W ocenie organu, trudno też uznać, że przekroczenie 3-letniego terminu było spowodowane działaniem siły wyższej. Definicja siły wyższej zawarta we wskazanym słowniku określa ją jako zdarzenie, którego nie można przewidzieć, ani któremu nie można zapobiec nawet przy największych staraniach, np. klęska żywiołowa. Muszą być to przeszkody o charakterze bezpośrednim, które uniemożliwiły złożenie wniosku w zakreślonym terminie. Organ stwierdził, że z pewnością nie można uznać za siłę wyższą lub za okoliczność o charakterze nieprzewidywalnym - długotrwałego postępowania dotyczącego merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. W niniejszej sprawie nic nie stało na przeszkodzie, by spółka złożyła wniosek o zwrot cła we właściwym terminie, nie czekając na rozstrzygnięcie w toczącym się postępowaniu w sprawie określenia prawidłowej klasyfikacji spornych towarów i odnoszących się do nich stawek celnych.
Konkludując, Dyrektor Izby Celnej w P. stwierdził, że w sprawie z wniosku strony z dnia 5 lipca 2012 r. trzyletni termin wyznaczony w art. 246 § 4 Kodeksu celnego upłynął w dniu 22 stycznia 2010 r., a niedochowanie terminu wyznaczonego przez ustawodawcę powoduje, iż wniosek o zwrot cła, nawet pomimo stwierdzenia, że pobrana kwota nie była prawnie należna, nie może być pozytywnie rozpatrzony.