Ponadto, w wyniku poczynionej przez Dyrektora Izby Celnej w P. wykładni art. 246 § 6 Kodeksu celnego uwadze organu uszedł fakt wskazywanej przez stronę przewlekłości postępowania odwoławczego w sprawie uznania zgłoszenia celnego SAD z dnia 2 kwietnia 2004 r. za nieprawidłowe. Tak prowadzone postępowanie przed organem drugiej instancji, naruszające przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące terminów załatwiania spraw, nie pozwalało skarżącej spółce na trafną ocenę sytuacji w zakresie przysługujących jej praw lub ciążących na niej obowiązków celnych. W ocenie Sądu, w realiach państwa prawnego nie można wymagać od podmiotu, by w sytuacji toczącego się postępowania przed organem administracyjnym co do jego praw i obowiązków, równocześnie był on zobowiązany do wszczęcia innego - równoległego postępowania w sprawie tych samych praw, mimo że pierwsze - właściwe postępowanie nie zakończyło się jeszcze w sposób ostateczny. Takie stanowisko zaprezentował Dyrektor Izby Celnej w P., który z tej sytuacji wywiódł negatywne dla spółki konsekwencje prawne, wskazując, że nic nie stało na przeszkodzie, by spółka złożyła wniosek o zwrot cła we właściwym terminie, nie czekając na rozstrzygnięcie w toczącym się postępowaniu w sprawie określenia prawidłowej klasyfikacji spornych towarów i odnoszących się do nich stawek celnych. Jednocześnie należy podkreślić, że organ celny nie zbadał w żaden sposób aktywności spółki jako strony toczącego się w sposób przewlekły postępowania odwoławczego w sprawie uznania przedmiotowego zgłoszenia celnego za nieprawidłowe, lecz stwierdził w sposób arbitralny, że w sprawie nie zaszły okoliczności, które mogłyby zostać uznane za nieprzewidziane w rozumieniu § 6 art. 246 Kodeksu celnego.
Następstwem naruszenia art. 246 § 6 Kodeksu celnego było uchybienie art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 262 Kodeksu celnego, który nakazuje organowi wydającemu decyzję zawarcie w niej uzasadnienia faktycznego i prawnego rozstrzygnięcia, w tym w szczególności wyjaśnienia podstawy prawnej decyzji. Jak wskazano powyżej, w niniejszym przypadku Dyrektor Izby Celnej w P. odniósł się w decyzji pierwszoinstancyjnej w niewystarczającym stopniu do przesłanek z § 6 art. 246 Kodeksu celnego, umożliwiających wydłużenie terminu do zwrotu należności celnych. Natomiast w decyzji odwoławczej organ odwołał się jedynie do oceny poczynionej przez siebie w orzeczeniu wydanym w pierwszej instancji - co nie pozostaje w zgodzie z zasadą ogólną dwuinstancyjności postępowania (art. 127 Ordynacji podatkowej i art. 78 Konstytucji RP).
Ponownie rozpoznając sprawę organ powinien dokonać prawidłowej wykładni art. 246 § 6 Kodeksu celnego oraz oceny poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych, uwzględniając wyjaśnienia dokonane w tym względzie przez Sąd, zwłaszcza odnoszące się do zasad konstytucyjnych oraz znaczenia na gruncie analizowanej sprawy prawomocnego wyroku Sądu z dnia 12 października 2011 r., sygn. akt III SA/Po 548/11, o uchyleniu wskazanych decyzji wydanych w przedmiocie uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe. Rezultat tak przeprowadzonego procesu myślowego organu winien znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji.
Mając powyższe na uwadze, orzeczono jak w punktach: I i III sentencji wyroku na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) oraz art. 152 p.p.s.a.
O kosztach orzeczono w punkcie II sentencji wyroku zgodnie z art. 200 i art. 205 § 4 p.p.s.a. oraz § 3 ust. 1 pkt 1 lit. f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 31 stycznia 2011 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz. U. Nr 31, poz. 153).