Nie można zgodzić się z tym, iż z faktu, że działalność usługowa, której przedmiotem jest najem nieruchomości, stanowi działalność gospodarczą, wynika, że podatek od tych nieruchomości będzie bezpośrednio związany z taką działalnością. Wskazać należy, iż obowiązek podatkowy będzie ciążył na danym podmiocie bez znaczenia, czy dana nieruchomość będzie związana z prowadzeniem działalności gospodarczej, czy też nie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Małgorzata Jarecka, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w dniu 30 maja 2005r. sprawy ze skargi Instytutu [...] w W. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w W. z dnia [...] kwietnia 2004r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Prezydenta W. z dnia [...] maja 2003r. Nr [...], 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w W. na rzecz skarżącego kwotę 9295 zł (dziewięć tysięcy dwieście dziewięćdziesiąt pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Decyzją z dnia [...] maja 2003r. Prezydent W. po rozpatrzeniu wniosku skarżącego odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2001 i 2002. Wskazał, iż podstawą wniosku skarżącego z 9 kwietnia 2003r. było opłacanie w tych latach podatku od nieruchomości za nieruchomości lub ich części wynajmowane innym podmiotom gospodarczym. Organ stwierdził, iż zwolnienie podatkowe jednostek badawczo-rozwojowych przewidziane w art. 18 ust. 1 ustawy z dnia 25 lipca 1985r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (tj. Dz. U. z 2001r. Nr 33, poz. 388 z późn. zm.; dalej u.j.b.r.) obejmujące również skarżącego, nie dotyczyło prowadzonej działalności gospodarczej co stwierdzono w ust. 2 tego przepisu - a za taką działalność organ uznał wynajem nieruchomości. W związku z powyższym nieruchomości wynajęte innym podmiotom gospodarczym jako związane z działalnością gospodarczą podlegały opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości i nie były od tego podatku zwolnione. Organ poparł swoje stanowisko orzeczeniami NSA dotyczącymi zwolnienia jednostek badawczo-rozwojowych w podatku rolnym i leśnym oraz wskazał, iż podatki te są zaliczane do kategorii podatków od majątku tak jak i podatek od nieruchomości.
W odwołaniu od powyższej decyzji skarżący podniósł, iż niezasadne było porównywanie podatków rolnego i leśnego z podatkiem od nieruchomości ponieważ są to rodzajowo inne podatki. Powołał się na uchwały NSA z 24 marca 2003r. (sygn. FPK 8 i 9/2002) podjęte na gruncie zwolnienia podatkowego szkół wyższych, w których Sąd ten stwierdził, iż analogiczne wyłączenie od zwolnienia podatkowego dotyczy jedynie działalności nie będącej działalnością statutową szkoły - a w pozostałym zakresie zostaje w mocy generalne zwolnienie, w tym od podatków majątkowych, jakim jest podatek od nieruchomości.
Decyzją z dnia [...] kwietnia 2004r. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w W. utrzymało w mocy zaskarżoną decyzję. Wskazało, iż zwolnienie od podatków, o jakim mowa w art. 18 ust. 1 u.j.b.r. dotyczy wyłącznie działalności określonej w art. 1 ust. 1 tej ustawy, natomiast jest wyłączone w stosunku do innej działalności, w tym gospodarczej bądź usługowej, przewidzianej w art.2 ust.3 u.j.b.r. W świetle obowiązujących przepisów działalność usługowa polegająca na wynajmie nieruchomości, powierzchni budynków, lokali jest działalnością gospodarczą, a ustawa z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tj. Dz. U. z 2002r. Nr 9 poz. 84 z późn. zm.; dalej u.p.o.l.) wprowadziła pojęcie budynków lub ich części związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej. W takiej sytuacji prowadzenie działalności gospodarczej wiąże się z obowiązkiem uiszczania podatku od nieruchomości, a więc wniosek skarżącego był niezasadny.
W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie pełnomocnik skarżącego wniósł o uchylenie decyzji organów obu instancji. W podniesionych zarzutach wskazał, iż przez błędną wykładnie naruszają one art. 7 ust. 1 pkt 11 u.p.o.l. w zw. z art. 18 u.p.o.l. bowiem uznają, iż wyłączenie zwolnienia, o którym mowa w art. 18 ust. 2 u.j.b.r. obejmuje również podatek od nieruchomości. W uzasadnieniu wskazał, iż wyłączenie zwolnienia od podatku dotyczy jedynie konieczności opodatkowania działalności nie będącej działalnością statutową jednostki, a więc działalności gospodarczej i dotyczy podatku dochodowego oraz podatku VAT. Natomiast podatek od nieruchomości jest podatkiem od majątku - należnym niezależnie od tego, czy majątek ten służy działalności gospodarczej i przynosi dochody. Nie można przyjąć, iż podatek ten jest podatkiem od działalności, w szczególności - od działalności gospodarczej prowadzonej przez jednostkę badawczo - rozwojową. Ze sformułowania art. 18 ust. 2 u.j.b.r. wynika, iż wyłączenie zwolnienia podatkowego jednostek badawczo-rozwojowych dotyczy działalności, o której mowa w art. 2 ust. 3 tej ustawy, a nie majątku jednostki nawet jeśli czasowo jest on związany z wykonywaniem takiej działalności. Z tego względu uznać należało, iż podatek wpłacony przez skarżącego uiszczony został nienależnie i winien podlegać zwrotowi w trybie art.75 § 2 ord. pod.