Minister w uzasadnieniu decyzji wskazał, że postępowanie administracyjne w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji jest postępowaniem nadzwyczajnym, które stosownie do art. 157 § 3 kpa może być wszczęte przez organ z urzędu bądź na wniosek strony postępowania. Złożenie wniosku o wszczęcie postępowania o stwierdzenie nieważności obliguje organ administracji do ustalenia czy wniosek ten pochodzi od uprawnionego podmiotu, tj. strony postępowania w rozumieniu art. 28 kpa.
Analizując w tym kontekście złożony wniosek organ uznał powołując się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego, że jedynie byli członkowie stowarzyszenia mogą skutecznie żądać wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji dotyczącej rozwiązania stowarzyszenia. Natomiast z wnioskiem o stwierdzenie nieważności decyzji dotyczącej przeznaczenia majątku po zlikwidowanym stowarzyszeniu może wystąpić stowarzyszenie reaktywowane przez jego byłych członków.
W rozpatrywanej sprawie decyzje o rozwiązaniu Bractwa wydane zostały w oparciu o art. 24 i 16 rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 27 października 1932 r. Prawo o stowarzyszeniach (Dz. U. Nr 94, poz. 808 z późn. zm.). Przepisy te odnoszą się do kwestii związanych z rozwiązaniem stowarzyszenia, zatem dotyczą jego sfery organizacyjnej. W tych okolicznościach uprawnione jest stwierdzenie, że stroną postępowania (art. 28 Kodeksu postępowania administracyjnego) w sprawie dotyczącej stwierdzenia nieważności decyzji odnoszącej się do rozwiązania stowarzyszenia mogą być tylko osoby fizyczne - byli członkowie zlikwidowanego stowarzyszenia.
Organ nadto wskazał, że postępowanie regulacyjne prowadzone w oparciu o przepisy ustawy z dnia 14 maja 1989r., o stosunku państwa do kościoła katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej ( Dz. U. nr 29, poz. 154 ze zm.), nie może stanowić podstawy wywodzenia interesu prawnego, gdyż ustawa nie ma zastosowania w niniejszej sprawie.
Podsumowując swoje rozważania Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji wskazał, że negatywne rozstrzygnięcie w zakresie legitymacji Biskupa Diecezjalnego Ł. do wystąpienia o stwierdzenie nieważności decyzji w sprawie rozwiązania Bractwa nie dotyczy ewentualnego uprawnienia tego biskupa w zakresie majątku po zlikwidowanym Bractwie.
Skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na decyzję Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 30 czerwca 2010 r. wniósł pełnomocnik Diecezji Ł. zarzucając:
1. naruszenie norm prawa materialnego, poprzez nieuwzględnienie w zaskarżonych decyzjach :
norm prawnych zawartych w art. 4 w związku z art. 23 i art. 5 Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzeczypospolitą Polską z dnia 28 lipca 1993 r. - zgodnie z którymi Państwo przestrzegając prawa do wolności religijnej, zapewnia Kościołowi katolickiemu, bez względu na obrządek, zarządzanie -oraz administrowanie jego sprawami na podstawie prawa kanonicznego, norm prawnych zawartych w art. 2 i art. 34 ust. 1 pkt 1) i ust. 5 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej - zgodnie z którymi Kościół rządzi się w swoich sprawach własnym prawem, swobodnie wykonuje władzę duchowną i jurysdykcyjną oraz zarządza swoimi sprawami, a do organizacji kościelnych nie stosuje się prawa o stowarzyszeniach, norm prawnych zawartych w Kodeksie prawa kanonicznego, odnoszących się w szczególności do organizacji kościelnych nie podlegających prawu o stowarzyszeniach (kanony 113 do 123 - osoby prawne, kanony 1273 do 1289 - zarząd dóbr, ze szczególnym uwzględnieniem kanonu 1276);