W ocenie Sądu w przypadku innych ustaleń faktycznych w zakresie okresu podlegającego odliczeniu, o rażącym naruszeniu prawa można by mówić, gdyby ustalenia organu pierwszej instancji były ewidentnie sprzeczne z materiałem dowodowym. Natomiast wyliczenie organu drugiej instancji co do okresów podlegających odliczeniom, które w jego ocenie wskazuje na rażące naruszenie przez Wojewodę art. 51 ust. 2c u.p.z.p. w zw. z art. 57 § 1 K.p.a., nie jest wystarczające do stwierdzenia, że rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji jest ewidentnie sprzeczne z wyraźnym i niebudzącym wątpliwości przepisem, a owa sprzeczność jest oczywista i można ją dostrzec już na pierwszy rzut oka. W ocenie Sądu o rażącym naruszeniu prawa można by mówić np. gdyby organy zastosowały inną stawkę, niż określona ustawowo, za każdy dzień zwłoki. Natomiast każde naruszenie prawa winno być szczegółowo uzasadnione i przeanalizowane w celu ustalenia, czy faktycznie można mu przypisać znamiona "rażącego naruszenia prawa".
W ocenie Sądu, ustalenia organu odwoławczego dotyczące zastosowania odstępstwa od zakazu wydania rozstrzygnięcia na niekorzyść strony należało zatem uznać za niepełne, przez co doszło do naruszenia art. 7 oraz art. 77 § 1 K.p.a., które z kolei skutkowało naruszeniem art. 107 § 3 K.p.a. w zakresie, w jakim uzasadnienie zaskarżonego postanowienia zmierza do wyjaśniania dopuszczalności odstępstwa od rzeczonego zakazu. Należy mieć na względzie, że kwestia tego odstępstwa powinna zostać także powiązana z podnoszoną w skardze i zażaleniu argumentacją Burmistrza Gminy [...], że z pisma Wojewody [...] z dnia [...] sierpnia 2012r. nr [...] uzyskał wiedzę, że okresy wynikające z obowiązku zapewnienia stronom czynnego udziału w postępowaniu administracyjnym, podlegają odliczeniu od terminu 65 dni, które zgodnie z art. 51 ust. 2 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym. Organ odwoławczy winien był szczegółowo rozważyć, czy można wyciągać negatywne konsekwencje w stosunku od strony, która zastosowała się do wytycznych płynących z pisma organu nadzoru. Oczywiście nie dotyczy to sytuacji, gdyby takie działanie pozostawało sprzeczne z prawem lub nie uwzględniało obowiązujących przepisów. Natomiast w niniejszej sprawie dotyczyła sposobu odliczania terminów na załatwianie sprawy, a więc kwestii interpretacyjnej.
Reasumując Sąd uznał, że organ odwoławczy w sposób nieprzekonujący wyjaśnił kwestię możliwości orzekania na niekorzyść wnoszącego zażalenie w szczególności, czy dostrzeżone uchybienie w postanowieniu Wojewody [...] faktycznie stanowiło rażące naruszenie prawa.
W tym stanie rzeczy Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał, że skarga zasługuje na uwzględnienie i na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi orzekł jak w pkt 1 sentencji.
W pkt 2 orzeczono na podstawie art. 152, zaś w pkt 3 na podstawie art. 200 i 205 § 1 cyt. ustawy.
Po uprawomocnieniu się niniejszego wyroku, przy ponownym rozpatrzeniu zażalenia Minister Infrastruktury i Rozwoju zastosuję się do wytycznych w nim zawartych.