Błędny jest pogląd i nie znajdujący umocowania w obowiązującym ówcześnie stanie prawnym, regulującym postępowanie przed sądem administracyjnym, że Sąd administracyjny dokonujący kontroli legalności decyzji administracyjnej, nie ma prawa zapoznać się z innymi aktami spraw związanych ze sprawą rozstrzyganą, ani też nie może uwzględnić w procesie orzekania i w uzasadnieniu swego orzeczenia informacji, co do których powziął wiadomość z urzędu, w związku z rozpoznawaniem sprawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 8 listopada 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "A." Spółki z o.o. Zakładu Pracy Chronionej w G. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodek Zamiejscowy w Gdańsku z dnia 11 grudnia 2003 r. I SA/Gd 2068/02 w sprawie ze skargi "A." Spółki z o.o. Zakładu Pracy Chronionej w G. na decyzję Izby Skarbowej w G. z dnia 26 sierpnia 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy zwrotu podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2002 r. - oddala skargę kasacyjną; (...).
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 11 grudnia 2003 r. /I SA/Gd 2068/02/ Naczelny Sąd Administracyjny - Ośrodek Zamiejscowy w Gdańsku oddalił skargę firmy "A." sp. z o.o. Zakładu Pracy Chronionej w G. na decyzję Izby Skarbowej w G. z dnia 28 sierpnia 2002 r., (...) w przedmiocie odmowy zwrotu podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2002 r. Izba Skarbowa powyższą decyzją utrzymała w mocy decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego w G. z dnia 26 kwietnia 2002 r., który odmówił zwrotu podatku od towarów i usług w wysokości 23.006 zł wynikającej z deklaracji podatkowej VAT-7 za miesiąc styczeń 2002 r. Organ podatkowy drugiej instancji stwierdził, iż prawo do zwrotu wpłaconej uprzednio kwoty podatku od towarów i usług uzależnione jest od złożenia przez prowadzącego Zakład Pracy Chronionej deklaracji VAT-7, wpłacenia kwoty zobowiązania wynikającego z tej deklaracji oraz złożenia wraz z deklaracją wniosku o zwrot podatku. W niniejszym przypadku strona skarżąca nie wpłaciła w terminie tj. do dnia 25 lutego 2002 r. kwoty podatku należnego za styczeń 2002 r., co powodowało niemożliwość jego zwrotu. Niezasadne było stanowisko strony o dysponowaniu przez Urząd Skarbowy kwotą 27.317,10 zł z podatku należnego za grudzień 2001 r. Kwota ta została bowiem zaliczona na poczet zaległości podatkowej z tytułu zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych /PIT-8A/, a jedynie na skutek oczywistej omyłki w postanowieniu z dnia 13 lutego 2002 r. Pierwszy Urząd Skarbowy w G. podał, że zarachował tę kwotę na zaległość w PIT-4. Strona skarżąca nie miała wątpliwości, że postanowienie dotyczy zaległości w PIT-8A.
Naczelny Sąd Administracyjny - Ośrodek Zamiejscowy w Gdańsku w zaskarżonym wyroku stwierdził, iż zaskarżona decyzja nie zawiera wad uzasadniających jej uchylenie. W ocenie NSA - bez względu na nieskuteczność postanowień Pierwszego Urzędu Skarbowego w G. tj. z dnia 13 lutego 2002 r. oraz z dnia 9 października 2002 r. - należało stwierdzić, iż istniała podstawa prawna do wydania decyzji o odmowie zwrotu podatku wynikającego z deklaracji VAT-7 za styczeń 2002 r., luty 2002 r. i marzec 2002 r. Podstawę tę stanowił przepis art. 14a ust. 7 pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ stanowiący, że prawa do otrzymania zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług nie stosuje się do podatników, u których w dniu złożenia wniosku o dokonanie zwrotu podatku występują zaległości w podatkach stanowiących dochód budżetu państwa.
W niniejszym przypadku strona skarżąca zalegała z wpłatą zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu dywidend za 1999 r. Zaległość podatkowa wynikała ze złożonej przez skarżącą deklaracji PIT-8A za listopad 2001 r. Korekta tej deklaracji wraz z żądaniem stwierdzenia nadpłaty wpłynęła do Pierwszego Urzędu Skarbowego w G. w dniu 28 lutego 2002 r. Organ podatkowy niezwłocznie wszczął postępowanie na wniosek podatnika /stosownie do art. 165 par. 3 Ordynacji podatkowej/ i decyzją z dnia 29 maja 2002 r. określił skarżącej spółce zaległość podatkową w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób fizycznych za 2001 r. Strona zaległość uregulowała wpłatą dnia 18 czerwca 2002 r. Zatem w dniu złożenia wniosku o zwrot podatku skarżąca posiadała zaległość podatkową wynikająca z deklaracji PIT-8A, a następnie - z decyzji z dnia 29 maja 2002 r. NSA stwierdził, iż zaległość wynikała z deklaracji PIT-8A za listopad 2001 r. Skoro tak, strona nie dopełniła warunku z art. 14a ust. 1 ustawy o VAT uzasadniającego zwrot kwoty wpłaconej. Strona nie dokonała wpłaty ani w formie bezpośredniej, ani pośredniej /rzekoma nadpłata za poprzedni miesiąc/. Ponadto kwota zobowiązania w podatku VAT za grudzień 2001 r. była wyższa od wskazanej przez podatnika w deklaracji VAT-7 za ten miesiąc. Sąd wskazał także, iż sama strona nie kwestionowała ustaleń organów podatkowych odnośnie braku podstaw dla odliczenia podatku wynikającego z faktur dokumentujących zakup paliwa z uwagi na wady formalne tych dokumentów.