Przepis art. 200 par. 1, zawierający konkretyzację normy ujętej w art. 123 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, stanowi procesową gwarancję realizacji uprawnień strony postępowania podatkowego w zakresie jej pełnego udziału w tym postępowaniu. Nawet wtedy, gdy w postępowaniu odwoławczym nie doszło do zgromadzenia jakichkolwiek nowych dowodów lub materiałów w sprawie, organ odwoławczy przed wydaniem decyzji musi dokonać własnych ustaleń dotyczących stanu faktycznego i prawnego sprawy. Strona musi mieć zatem prawną możliwość ustosunkowania się do tych ustaleń w tej fazie postępowania podatkowego. Z uwagi bowiem na brak kontradyktoryjności postępowania podatkowego każda wypowiedź strony w sprawie może przyczynić się do realizacji zasady zupełności postępowania, o której mowa w art. 122 oraz 187 par. 1 Ordynacji podatkowej, w wyniku czego, ulec może zmianie dotychczasowa prawna kwalifikacja ustalonego stanu faktycznego. Konsekwencją braku zapewnienia stronie prawa do wypowiedzenia się w sprawie zgromadzonego materiału dowodowego na każdym etapie postępowania - może być podstawą wznowienie postępowania.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. Spółka z o.o. w H. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 grudnia 2003 r., III SA 1131/02 w sprawie ze skargi A. Spółka z o.o. w H. na decyzje Izby Skarbowej w W. Ośrodka Zamiejscowego w S. z dnia 27 marca 2002 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1998 r. i 1999 r. - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie, (...).
1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 11 grudnia 2003 r. III SA 1131/02 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę sp. z o.o. "A." na dwie decyzje Izby Skarbowej w W. z dnia 27.03.2002 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1998 i 1999 r. Izba Skarbowa powyższymi decyzjami uchyliła w całości decyzję Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w W. z dnia 14.12.2001 r. oraz określiła wysokość zobowiązania skarżącej spółki za poszczególne lata, zaległość podatkową oraz odsetki za zwłokę w nowych kwotach. Podatkowy organ odwoławczy stwierdził bowiem, iż żądanie podatnika uchylenia zaskarżonych decyzji nie znajduje oparcia w przepisie art. 17 ust. 1 pkt 28 oraz art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 15 lutego 1991 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./.
W rozpatrywanych sprawach organy prowadzące postępowanie przyjęły, że ustalenia w zakresie podziału części kosztów, których nie można było bezpośrednio przypisać do konkretnych rodzajów działalności podatnika ustalać należało według art. 15 ust. 2 powoływanej ustawy podatkowej. Natomiast sposób ustalania wskaźnika udziału wykorzystanych odpadów w ogólnej wartości zużytych surowców i odpadów odnosi się do procesu produkcji, o czym stanowi treść art. 17 ust. 1 pkt 28 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Izba Skarbowa stwierdziła także, że sprzedaż środków trwałych wykorzystywanych do przerobu odpadów nie jest tożsama z wykorzystaniem odpadów w działalności gospodarczej. Jednocześnie organ odwoławczy zauważył, iż wadliwie zastosowano w decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej za 1999 r. przepis art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3, co spowodowało wypaczenie sensu zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 28 powołanej ustawy podatkowej i prowadziło do ustalenia podatku w wysokości wyższej niż wynikałoby to z rozliczenia na zasadach ogólnych.
2. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w zaskarżonym wyroku stwierdził, iż zgadza się ze stanowiskiem strony skarżącej, że Izba Skarbowa naruszyła zasadę czynnego udziału strony w postępowaniu. Jednakże podzielił on pogląd, w świetle którego organ odwoławczy w postępowaniu nie zebrał żadnego materiału dowodowego. Wobec tego naruszenie art. 200 par. 1 Ordynacji podatkowej nie miało istotnego wpływu na wynik sprawy.
Przechodząc do kolejnej kwestii, która dla potrzeb rozstrzygnięcia miała kluczowe znaczenie sąd I instancji stwierdził, iż działalność gospodarcza polegająca na usługowym przetapianiu odpadów nie jest działalnością produkcyjną. Tymczasem, aby skorzystać ze zwolnienia, prowadzona przez podatnika działalność musi mieć charakter produkcyjny. Natomiast działalność gospodarcza polegająca na usługowym przetapianiu odpadów nie jest działalnością produkcyjną.
Ponadto, aby można ustalić tę część dochodu, która podlega zwolnieniu należało, zdaniem Sądu, ustalić wartość wykorzystywanych odpadów w ogólnej wartości surowców i odpadów. Dla obliczenia tej części dochodu niezbędne jest zatem uwzględnienie w ewidencji prowadzonej przez spółkę wartości wykorzystywanych odpadów. W tej sprawie wartość przyjętych przez podatnika odpadów nie była zaewidencjonowana, a zatem wartość odpadów dla skarżącej w zakresie podatku dochodowego była neutralna, bowiem przychodem była wartość świadczonych usług z wykorzystaniem odpadów.