Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Grażyna Jarmasz, Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Sędzia WSA del. Wojciech Stachurski (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 11 grudnia 2013 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej D. L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 23 października 2012 r. sygn. akt I SA/Bd 23/12 w sprawie ze skargi D. L. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w I. w przedmiocie niedokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym za miesiąc czerwiec 2003 r. oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 23 października 2012 r., sygn. I SAB/Bd 23/12 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił skargę D. L. (dalej zwany także jako "Skarżący") na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w I. w przedmiocie niedokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym za miesiąc czerwiec 2003 r.
Z przedstawionego przez Sąd I instancji stanu sprawy wynika, że decyzją z dnia 16 sierpnia 2010 r. (uzupełnioną decyzją z dnia 22 października 2010 r.) Naczelnik Urzędu Skarbowego w I. dokonał wobec Skarżącego rozliczenia podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od marca do czerwca 2003 r. Decyzją z dnia 29 marca 2011 r. Dyrektor Izby Skarbowej w B. uchylił decyzję organu I instancji w części dotyczącej określenia za miesiąc czerwiec 2003 r. kwoty zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości 4.487 zł oraz kwoty podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 98.651 zł i w tej części umorzył postępowanie w sprawie. W pozostałej części organ odwoławczy utrzymał zaskarżoną decyzję w mocy.
Pismem z dnia 17 stycznia 2012 r. Skarżący zwrócił się do Naczelnika Urzędu Skarbowe w I. o zwrot kwoty różnicy podatku VAT za czerwiec 2003 r. w wysokości 75.513 zł. W odpowiedzi Naczelnik Urzędu Skarbowego w I. pismem z dnia 21 lutego 2012 r. poinformował Skarżącego, że kwotę nadwyżki z miesiąca czerwca 2003 r. wysokości 98.651 zł podatnik w całości rozliczył w deklaracji podatkowej VAT -7 za miesiąc lipiec 2003 r. Wykazana przez podatnika w deklaracji VAT-7 za lipiec 2003 r. kwota do zwrotu w wysokości 64.386 zł została w części zaliczona na poczet zaległości w podatku VAT za kwiecień 2004 r., tj. 21.757,50 zł plus koszty upomnienia 8,80 zł, kwotę 4.331,60 zł przekazano na zajęcia egzekucyjne, a pozostałą kwotę 38.288,10 zł plus odsetki 17.965 zł przekazano na rachunek bankowy podatnika w dniu 24 lutego 2010 r.
Pismem z dnia 17 lutego 2012 r. strona wystosowała ponaglenie do Dyrektora Izby Skarbowej w B. na przewlekłość postępowania Naczelnika Urzędu Skarbowego w I. w sprawie dokonania zwrotu kwoty różnicy podatku od towarów i usług za miesiąc czerwiec 2003 r. w wysokości 75.513 zł.
Postanowieniem z dnia 21 marca 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w B. umorzył postępowanie wywołane w/w ponagleniem z uwagi na zapłatę przez organ należności głównej 71.026 zł (tj. kwoty 75.513 zł po pomniejszeniu: kwoty 4.348 zł i kwoty 139 zł, która w dniu 31 sierpnia 2010 r. została zwrócona na rachunek bankowy Skarżącego) wraz z odsetkami.
Pismem z dnia 12 kwietnia 2012 r. Skarżący zwrócił się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w I. o podanie szczegółowego sposobu wyliczenia "stosownych odsetek" od kwoty 71.026 zł.
Pismem z dnia 30 kwietnia 2012 r. D. L. złożył do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy skargę na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w I. w związku z wezwaniem wystosowanym przez podatnika w dniu 17 stycznia 2012 r. o dokonanie zapłaty kwoty 75.513 zł tytułem zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym za czerwiec 2003 r. zgodnie z deklaracją podatnika VAT - 7 za czerwiec 2003 r. wraz z odsetkami od w/w kwoty oraz w związku z kolejnym wezwaniem podatnika z dnia 12 kwietnia 2012 r. Skarżący wniósł o nakazanie Urzędowi Skarbowemu w I. dokonania zapłaty całej wymienionej wyżej kwoty.