Choć ustawa z dnia 26 listopada 1998 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego w latach 1999 i 2000 /Dz.U. nr 150 poz. 983 ze zm./ nie zawierała uregulowań intertemporalnych, to jednak nie można z tego względu wyciągać tak daleko idących wniosków, jakoby odwołanie nie mogło być rozpatrzone przez organ odwoławczy w związku z treścią art. 17 ust. 4 tej ustawy. W trakcie prowadzonego postępowania nie można utracić prawa do rozpatrzenia zażalenia złożonego w terminie i przed wejściem w życie powołanej ustawy, jako nowej regulacji prawnej. Taka bowiem interpretacja art. 66 tej ustawy jest niezgodna z całą doktryną zasad państwa prawnego wypracowaną przez orzecznictwo Trybunału Konstytucyjnego. Zgodnie z tą doktryną interpretacja uregulowań intertemporalnych nie może powodować utraty słusznie nabytych praw podmiotowych obywateli. Dlatego w sytuacji milczenia ustawodawcy na temat sposobu rozstrzygnięcia zażalenia złożonego przez podatnika przed wejściem w życie nowej ustawy, należało dać pierwszeństwo nabytemu przez podatnika prawu do złożenia i rozpoznania go zgodnie z ustawą poprzednio obowiązującą, to jest z dnia 10 grudnia 1993 r. o finansowaniu gmin /Dz.U. nr 129 poz. 600 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Waldemara S. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. z dnia 15 listopada 1999 r. (...) w przedmiocie odmowy umorzenia odsetek od zaległości z tytułu opłaty skarbowej - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
W dniu 28 maja 1993 r. Waldemar S. nabył samochód osobowy marki Honda CRX. W dniu 1 czerwca 1993 r. samochód został zatrzymany do dyspozycji Prokuratury Rejonowej Ł.-W. Zatrzymany został również dowód rejestracyjny samochodu. Wskutek prowadzonego postępowania karnego, które zakończyło się uniewinnieniem podatnika od zarzutu paserstwa celnego. Dopiero pod koniec września 1996 r. podatnikowi zwrócono zatrzymany samochód wraz z dokumentami. W dniu 12 października 1998 r. podatnik złożył umowę kupna samochodu w Urzędzie Skarbowym Ł.-P. do opodatkowania wraz z podaniem o umorzenie odsetek.
Decyzją z 19 października 1998 r. organ podatkowy wymierzył skarżącemu opłatę skarbową i określił odsetki od zaległości w wysokości 962,90 zł przyjmując, że termin płatności opłaty upłynął dnia 11 czerwca 1993 r. Jednocześnie organ pierwszej instancji zwrócił się do Urzędu Miasta Ł. na podstawie art. 10 ust. 2 i 3 ustawy z dnia 10 grudnia 1993 r. o finansowaniu gmin /Dz.U. nr 129 poz. 600 ze zm./ o wydanie przez ten Urząd decyzji w sprawie wyrażenia zgody na umorzenie odsetek. Prezydenta Miasta Ł. postanowieniem z dnia 1 grudnia 1998 r. odmówił skarżącemu wyrażenia zgody na umorzenie odsetek za zwłokę. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Ł. rozpatrzyło natomiast złożone przez skarżącego zażalenie w trybie przewidzianym przez ustawę z dnia 26 listopada 1998 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego w latach 1999-2001 /Dz.U. nr 150 poz. 983 ze zm./ i ze względu na treść art. 17 ust. 4 tej ustawy umorzyło postępowanie. W związku z tym. Urząd Skarbowy Ł.-P. w dniu 14 lipca 1999 r. odmówił skarżącemu wyrażenia zgody na umorzenie odsetek, natomiast Izba Skarbowa w Ł. zaskarżoną decyzją z dnia 15 listopada 1999 (...) utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego, podobnie jak w odwołaniu, skarżący podniósł, że w związku z zatrzymaniem pojazdu wraz z dokumentami w postępowaniu karnym nie był w stanie uiścić w terminie opłaty skarbowej, a zatem wymierzenie odsetek już od dnia 11 czerwca 1993 r. uważa za krzywdzące. W odpowiedzi na skargę Izba Skarbowa w Ł. wniosła o jej oddalenie podtrzymując swoje stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie.
Należy zgodzić się co prawda z wyjaśnieniami organu odwoławczego dotyczącymi zależności wydanej decyzji od uprzednich decyzji organów samorządowych. Jednak odwołanie skarżącego zawierało również zarzuty dotyczące zasadności określenia przez organy podatkowe odsetek już od dnia 11 czerwca 1993. Skarżący w odwołaniu wyjaśnił, że w związku z zatrzymaniem samochodu i jego dokumentacji na potrzeby postępowania karno-celnego nie mógł uiścić w terminie opłaty skarbowej i że odsetki należało w związku z tym określić od dnia wydania pojazdu wraz z dokumentacją po zakończeniu postępowania karnego. Organy podatkowe do tego zarzutu skarżącego się nie ustosunkowały w swych decyzjach mimo, że zawarte w aktach sprawy uzasadnienie wyroku Sądu Rejonowego w Ł. (...) zdaje się potwierdzać wyjaśnienia skarżącego zawarte w odwołaniu. Organy podatkowe nie wyjaśniły tej okoliczności, mimo że jest ona istotna dla sprawy i mogła wpłynąć nawet na stanowisko zajęte przez organy samorządowe. Naruszony został zatem w sprawie art. 187 par. 1 i Ordynacji podatkowej. Prowadząc ponownie postępowanie odwoławcze organ odwoławczy powinien zatem wyjaśnić, czy skarżący po 11 czerwca 1993 r. nie dysponował dokumentami koniecznymi do wymierzenia opłaty skarbowej /np. umową kupna pojazdu/ i wyjaśnić na jakiej podstawie przyjmuje datę, w której powstała zaległość podatkowa. Ponownie zwracając się ze stosownym zapytaniem do organów samorządowych organy podatkowe powinny zaznajomić je ze wszystkimi okolicznościami sprawy.