Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Renata Kantecka, Sędziowie Sędzia WSA Tadeusz Piskozub,, Sędzia WSA Wojciech Czajkowski (spr.), Protokolant Krzysztof Dzieliński, po rozpoznaniu w Olsztynie na rozprawie w dniu 17 lutego 2010r. sprawy ze skargi spółki A na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia "[...]" nr "[...]" w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
Pismem z dnia 2 lipca 2009 r., Spółka A z siedzibą w O. wystąpiła do Naczelnika Urzędu Skarbowego o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 644.957 zł. Uzasadniając powyższy wniosek podniosła, iż zgodnie z Dyrektywą Rady Wspólnot Europejskich nr 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969r. dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. Urz. UE L z dnia 28 października 1969 r.), dokonana uchwałą Nadzwyczajnego Zgromadzenia Wspólników z dnia 31 lipca 2008 r., zmiana umowy Spółki polegająca na podwyższeniu kapitału zakładowego, powinna być od tego podatku zwolniona.
Naczelnik Urzędu Skarbowego decyzją z "[...]" o nr "[...]", odmówił podatnikowi stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnych. W motywach podjętego rozstrzygnięcia przywołał treść obowiązującego w dniu 1 maja 2004 r. przepisu art. 7 ust. 1 wymienionej wyżej Dyrektywy, zgodnie z którym Państwa Członkowskie zwolnią z podatku kapitałowego operacje, inne niż operacje określone w art. 9, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,5 % lub niższą. Organ stwierdził, że podwyższenie kapitału zakładowego, stosownie do obowiązującego w Polsce na dzień 1 lipca 1984 r. stanu prawnego, podlegało opodatkowaniu na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 3 lit d ustawy z dnia 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. Nr 45, poz. 226). Zgodnie z § 54 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 16 maja 1983 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz. U. Nr 34, poz. 181), opłata skarbowa od umowy spółki wynosiła wówczas 10% lub 5%. Mając to na uwadze, organ uznał, iż przewidziane w art. 7 ust. 1 Dyrektywy nr 69/335/EWG zwolnienie nie miało w przedmiotowej sprawie zastosowania.
Podzielając w całości stanowisko organu I instancji, w uzasadnieniu wydanej w związku z wniesionym odwołaniem decyzji z dnia "[...]", o nr "[...]", Dyrektor Izby Skarbowej podniósł, że poza sporem w sprawie pozostawała prawidłowość ustaleń w zakresie stanu faktycznego. Zgodnie z aktem notarialnym z dnia 31 lipca 2008 r., Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników Spółki podjęło uchwałę w przedmiocie podwyższenia kapitału zakładowego Spółki o kwotę 129.000.000 zł poprzez ustanowienie 2.580.000 nowych, równych i niepodzielnych udziałów o wartości nominalnej 50 zł każdy. Wszystkie nowe udziały objęła Spółka B z siedzibą w O., która pokryła je w całości wkładem niepieniężnym o łącznej wysokości 129.000.000 zł, w postaci prowadzonego przez tę Spółkę przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 Kodeksu cywilnego. W związku z dokonaną czynnością zmiany umowy Spółki notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 644.957 zł.
Odnosząc się do argumentacji strony wskazującej na brak podstaw opodatkowania czynności cywilnoprawnej, organ odwoławczy zgodził się z oceną, że Polska, jako członek Unii Europejskiej, związana jest postanowieniami Traktatów założycielskich i aktów przyjętych przez instytucje Wspólnot przed dniem przystąpienia. Jednak interpretacja i stosowanie Dyrektywy nr 69/335/EWG powinno następować z uwzględnieniem szczególnej sytuacji Polski, która stała się członkiem Wspólnot Europejskich dopiero z dniem 1 maja 2004 r.. Wspólnotowy dorobek prawny na zasadach określonych w Traktacie o przystąpieniu do Wspólnot Europejskich i związanych z nim aktach zaczął obowiązywać Polskę od dnia akcesji. Jedyną wersją wymienionej Dyrektywy wiążącą Polskę, jest jej wersja obowiązująca na dzień 1 maja 2004 r., a zatem z uwzględnieniem m.in. nowelizacji wprowadzonej Dyrektywą Rady z dnia 10 czerwca 1985 r. nr 85/303/EWG (zmieniającej Dyrektywę 69/335/EWG dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału - Dz. U. UE L z dnia 15 czerwca 1985 r.).