Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Zofia Skrzynecka, Sędziowie Sędzia WSA Wiesława Pierechod,, Sędzia WSA Renata Kantecka (spr.), Protokolant Krzysztof Dzieliński, po rozpoznaniu w Olsztynie na rozprawie w dniu 3 lutego 2010r. sprawy ze skargi spółki A na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia "[...]" nr "[...]" w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
W dniu 1 czerwca 2009 r. Grupa A.Spółka Akcyjna (poprzednia nazwa Zakłady Mięsne "A." Spółka Akcyjna) złożyła do Naczelnika Urzędu Skarbowego wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 979.605 zł pobranego przez płatnika w dniu 28 lutego 2007 r. w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego Spółki Grupa A. S.A. z siedzibą w O. W złożonym wniosku Pełnomocnik Spółki wyjaśnił, że na mocy uchwały Nadzwyczajnego Walnego Zgromadzenia Spółki objętej aktem notarialnym z dnia "[...]" r. (repertorium A nr "[...]") dokonano podwyższenia kapitału zakładowego Spółki o kwotę 195.939.000 zł, to jest do kwoty 225.807.600 zł, poprzez emisję akcji imiennych. Podwyższony kapitał zakładowy został w całości pokryty wkładem niepieniężnym w formie przedsiębiorstwa spółki GRUPA A. sp. z o. o. z siedzibą w M., w rozumieniu art. 551 Kodeksu cywilnego, to jest zorganizowanego zespołu składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności gospodarczej. W związku z dokonaną czynnością, przy sporządzaniu aktu notarialnego notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 979.605 zł. Jako podstawę prawną poboru podatku płatnik wskazał przepis art. 7 ust. 1 pkt 9 w zw. z art. 6 ust. 9 pkt 1, 2, 3 ustawy z dnia 9 września 2000 roku o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 450 z późn zm.).
Zdaniem Spółki, przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie podwyższenia kapitału zakładowego spółki kapitałowej są niezgodne z prawem wspólnotowym, zwłaszcza z art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady z 17 lipca 1969 r. nr 69/335/EWG, który wniesienie aportu zwalnia z opodatkowania podatkiem kapitałowym. W konsekwencji Spółka wywodzi, iż zgodnie z zasadą nadrzędności prawa wspólnotowego oraz zasadą bezpośredniej skuteczności dyrektywy ukształtowaną przez liczne orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich (ETS), w przedmiotowej sprawie powinien zostać bezpośrednio zastosowany art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335. Oznacza to zakaz stosowania przepisów o opodatkowaniu czynności cywilnoprawnych, które zgodnie z prawem wspólnotowym powinny zostać zwolnione z opodatkowania. Mając na uwadze powyższe, strona stwierdziła, iż pobranie przez płatnika, w przedmiotowej sprawie, podatku od czynności cywilnoprawnych było nieuzasadnione, dlatego wniosła o stwierdzenia nadpłaty ww. podatku oraz o naliczenie stosownego oprocentowania od nadpłaty, na podstawie art. 78 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2005r. nr 8, poz.60 z późn. zm.).
Naczelnik Urzędu Skarbowego, decyzją z dnia "[...]" r., odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 979.605 zł, wskazując, że płatnik (notariusz), mając na uwadze treść art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 3 pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, zasadnie obliczył i pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych od zmiany umowy spółki polegającej na podwyższeniu kapitału zakładowego.