1. Gdy obliczenie i pobranie podatku następowało za pośrednictwem płatnika, a podatnik kwestionował obliczenie podatku, zwrot nadpłaconego lub nienależnie pobranego podatku mógł nastąpić na podstawie art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych tylko na mocy wcześniej wydanej na podstawie art. 175 Kpa decyzji w przedmiocie obliczenia tego podatku bądź braku obowiązku podatkowego. Na podstawie art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ organ podatkowy nie mógł bowiem weryfikować ustaleń płatnika co do istnienia obowiązku podatkowego po stronie podatnika, jak też prawidłowości obliczenia podatku pobranego przez płatnika od podatnika.
2. Terminem rozpoczęcia biegu przedawnienia roszczeń wynikających z nadpłat powstałych przed datą wejścia w życie ustawy z dnia 16 grudnia 1993 r. o zmianie niektórych ustaw regulujących zasady opodatkowania i niektórych innych ustaw /Dz.U. nr 134 poz. 646/ jest dzień jej wejścia w życie tj. dzień 1.01.1994 r. Tym samym wcześniej powstałe nadpłaty podlegały zwrotowi jedynie do dnia 31.12.1996 r.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Jacek M. na decyzją (...) Izby Skarbowej w przedmiocie zwrotu nadpłaty podatku - oddala skargę.
Wnioskiem z dnia 29.06.1998 r. Jacek M. zwrócił się do Urzędu Skarbowego W.-B. o zwrot nadpłaty w podatku granicznym /VAT i Akcyza/, uiszczonym w dniu 4.10.1993 r., z uwagi na korzystną dla niego decyzję Prezesa GUC z dnia 2.12.1997 r. (...), którą ostatecznie ustalono wartość celną sprowadzonego przez niego w roku 1993 samochodu osobowego marki Jaguar XJ 40 w wysokości niższej niż wzięta pod uwagę przy wymiarze podatku. Decyzja Prezesa GUC zakończyła trwające od października 1993 r. postępowanie w tej sprawie.
Urząd Skarbowy W.-B. decyzją z dnia 7 grudnia 1999 r. (...), wydaną na podstawie art. 207, art. 72 par. 1 pkt 2 lit. "e" i art. 79 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, stwierdził nadpłatę w podatku akcyzowym w wysokości 437,70 zł oraz nadpłatę w podatku od towarów i usług w wysokości 738,20 zł i orzekł ich zwrot. W toku postępowania nie udało się zebrać pełnej dokumentacji dotyczącej postępowania prowadzonego przez organy celne m.in. Urząd Celny w W. poinformował Urząd Skarbowy o zniszczeniu /archiwizacji/ kopii pisma strony z dnia 6.10.1993 r.
W odwołaniu od tej decyzji podatnik zarzucił nieprawidłowości w obliczeniu należnej mu do zwrotu kwoty w podatku akcyzowym i VAT, a także wniósł o ustalenie, że od nadpłaconej kwoty należą mu się odsetki od dnia 6.10.1993 r., tj. od daty złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
Po rozpatrzeniu odwołania Izba Skarbowa w W. decyzją z dnia 5.05.2000 r., wydaną na podstawie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "a", art. 330, art. 74 par. 1 pkt 1, art. 208 par. 1 Ordynacji podatkowej, art. 29 ust. 4 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, art. 11, art. 15 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ uchyliła zaskarżoną decyzję i umorzyła postępowanie w sprawie.
W uzasadnieniu stwierdziła, że z uwagi na dokonanie wpłaty podatku w dniu 4.10.1993 r., zgodnie z art. 330 Ordynacji podatkowej, sprawę należało rozpatrzeć na podstawie art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Zgodnie zaś z ust. 4 tego art. nadpłata nie może być zwrócona po upływie 3 lat od końca roku, w którym powstała. Wobec tego Urząd Skarbowy wydał decyzję mimo braku podstawy prawnej do takiego działania. Tym samym decyzja ta rażąco naruszała prawo, wobec czego w świetle art. 234 Ordynacji podatkowej zaistniała możliwość wydania w postępowaniu odwoławczym rozstrzygnięcia na niekorzyść strony. Dodatkowo organ stwierdził, że sprzeczne z interesem publicznym było ubieganie się o zwrot nadpłaty w sytuacji gdy podatnik nie wykazał należytej staranności dotyczącej ubiegania się o zwrot nienależnie pobranego podatku bowiem złożył wniosek dopiero w 1998 r.
W skardze do NSA Jacek M. zarzucił decyzji Izby Skarbowej naruszenie:
1. art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych w związku z art. 330 Ordynacji podatkowej, polegające na nieuwzględnieniu, że zwrot nadpłaty powstałej przed dniem wejścia w życie Ordynacji podatkowej powinien być dokonany na podstawie przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych według której zwrot nadpłaty winien nastąpić z urzędu w ciągu miesiąca od dnia powstania nadpłaty, a nadto błędnym przyjęciu, że nadpłata nie podlega zwrotowi wraz z oprocentowanymi odsetkami wskutek upływu 3 - letniego terminu, podczas gdy nie zachodziła okoliczność, aby nie można było ustalić osoby uprawnionej do jej odbioru /art. 29 ust. 2 i 3 Ordynacji podatkowej/,