Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" i "c" ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie innych niż wymienione w lit. a) środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także wydatków na ulepszenie środków trwałych, które zgodnie z art. 16g ust. 13 powiększają wartość środków trwałych, stanowiącą podstawę naliczania odpisów amortyzacyjnych - wydatki te, zaktualizowane zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 1, są jednak kosztem uzyskania przychodów, z zastrzeżeniem pkt 8a, w przypadku odpłatnego zbycia środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na czas ich poniesienia.
Na podstawie art. 16b ust. 2 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, amortyzacji podlegają, z zastrzeżeniem art. 16c, niezależnie od przewidywanego okresu używania, koszty prac rozwojowych zakończonych wynikiem pozytywnym, który może być wykorzystany na potrzeby działalności gospodarczej podatnika, jeżeli:
a) produkt lub technologia wytwarzania są ściśle ustalone, a dotyczące ich koszty prac rozwojowych wiarygodnie określone, oraz
b) techniczna przydatność produktu lub technologii została przez podatnika odpowiednio udokumentowana i na tej podstawie podatnik podjął decyzję o wytwarzaniu tych produktów lub stosowaniu technologii, oraz
c) z dokumentacji dotyczącej prac rozwojowych wynika, że koszty prac rozwojowych zostaną pokryte spodziewanymi przychodami ze sprzedaży tych produktów lub zastosowania nowych technologii
Zgodnie z treścią art. 16g pkt 13 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, jeżeli środki trwałe uległy ulepszeniu w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji, wartość początkową tych środków ustaloną zgodnie z ust. 1 i 3-11, powiększa się o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 3.500 zł. Środki trwałe uważa się za ulepszone, jeżeli wydatki poniesione na przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję adaptację lub modernizację powodują wzrost ich wartości użytkowej w stosunku do wartości z dnia przyjęcia środków trwałych do używania, mierzonej w szczególności okresem używania, zdolnością wytwórczą, jakością produktów uzyskiwanych za pomocą ulepszonych środków trwałych i kosztami ich eksploatacji.
Mając na względzie treść powyższych przepisów, poprzedni zarząd Spółki, w latach poprzedzających rok 2000 oraz w tym roku, nie zaliczał bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów spornych wydatków. Zasadność zmiany kwalifikacji spornych wydatków dokonana przez nowy zarząd po zakończeniu roku podatkowego powinna być poprzedzona uzupełnieniem materiału dowodowego w stopniu wystarczającym do jednoznacznego potwierdzenia słuszności skorygowania wartości kosztów uzyskania przychodów. Z akt sprawy wynika, że nowy zarząd nie podjął żadnych działań w celu uzyskania obiektywnego potwierdzenia swojego stanowiska przez instytucję (osobę) postronną. Organy podatkowe nie posiadają kompetencji rozstrzygania sporów pomiędzy organami Spółki, a nowy zarząd nie powołał się na żadne okoliczności lub fakty, które mogłyby stanowić podstawę do uznania, że poprzedni zarząd, działając na szkodę Spółki, doprowadził do naruszenia obowiązujących przepisów prawa podatkowego i prawa karnego. Z akt sprawy wynika, że dokumentacja księgowa Spółki stanowiła podstawę do odstąpienia od zaliczenia spornych wydatków do kosztów uzyskania przychodów.
W ocenie Sądu, organy podatkowe nie naruszyły reguł postępowania dowodowego i ustaliły istotne dla rozstrzygnięcia sprawy okoliczności. Wnioski organów podatkowych wyprowadzone z zebranego w sprawie materiału dowodowego nie wykraczają poza swobodną ocenę tego materiału, a więc nie stanowią naruszenia prawa. W związku z powyższym, Sąd nie znalazł podstaw do stwierdzenia, że zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa w takim stopniu, który miał wpływ na wynik sprawy. Za niedopuszczalne należy uznać obarczanie organów podatkowych ciężarem dowodu, na etapie postępowania sądowoadministracyjnego.
Mając na względzie powyższe, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia - Prawo o postępowaniu przez sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270), Sąd orzekł, jak w sentencji.