Przeprowadzenie postępowania w sprawie karnej skarbowej nie może zastąpić wszczęcia i przeprowadzenia właściwego postępowania podatkowego, mającego na celu ustalenie wysokości zobowiązań podatkowych.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Mariana B., Grzegorza B. i Jacka Z. na decyzję Podatkowej Komisji Odwoławczej przy Izbie Skarbowej w Sieradzu z dnia 28 grudnia 1988 r. w przedmiocie wymiaru podatku obrotowego oraz podatku dochodowego za rok 1986 i na podstawie art. 207 par. 2 pkt 3 Kpa uchylił zaskarżoną decyzję, a także - zgodnie z art. 208 Kpa - zasądził od Izby Skarbowej w Sieradzu kwotę złotych trzynaście tysięcy pięćset trzydzieści pięć tytułem zwrotu kosztów postępowania na rzecz skarżących.
W okresie od września do grudnia 1986 r. Marian B. prowadził w spółce z Grzegorzem B. i Jackiem Z. działalność w zakresie przetwórstwa owoców i warzyw, opłacając podatki na zasadach ogólnych i prowadząc księgę podatkową nr 1 oraz ewidencję sprzedaży.
W dniu 13 listopada 1986 r. pracownicy Izby Skarbowej w Sieradzu przeprowadzili oględziny przetwórni, w czasie których stwierdzili między innymi stan surowców i opakowań, w tym buraków ćwikłowych w ilości około 5000 - 6000 kg oraz chrzanu surowego nie oczyszczonego w ilości około 8000 kg. W dniu 3 grudnia 1987 r. Marian B. złożył pisemne oświadczenie, że w 1986 r. do zakładu sprowadził z własnego gospodarstwa chrzan w ilości 10000 - 12000 kg, buraki ćwikłowe 5000 kg oraz szczaw 2000 - 2500 kg. Dane te potwierdził w oświadczeniu do protokołu kontroli z dnia 5 marca 1987 r., podpisanego przez wszystkich wspólników. W dniu 10 marca 1987 r. Marian B. złożył pisemne wyjaśnienie do wspomnianego protokołu kontroli, w którym podał, że buraki ćwikłowe w ilości około 5000 kg nie zostały wprowadzone do produkcji, lecz zostały zużyte na paszę z powodu nie wyrośniętych korzeni. Buraki te zebrane zostały po kontroli w dniu 13 listopada 1986 r., natomiast buraki znajdujące się w magazynie pochodziły całkowicie z zakupu od rolników. Chrzan, podany do protokołu w ilości około 10-12 ton, znajdował się poza terenem przetwórni i nie został w 1986 r. wprowadzony do produkcji. W dniu 3 stycznia 1987 r. został on dokładnie zważony i po odrzuceniu przemarzniętej wierzchniej warstwy ilość jego wynosiła 8 ton; ilość ta została wpisana do księgi podatkowej w 1987 r. Podana do protokołu kontroli ilość szczawiu, po uwzględnieniu ubytków, wyniosła 1680 kg.
Na podstawie ustaleń kontrolnych pracownik Izby Skarbowej sporządził projekt wymiaru podatków obrotowego i dochodowego za okres wrzesień - grudzień 1986 r. z działalności w zakresie przetwórstwa warzyw, proponując szacunkowe wyliczenie obrotu na podstawie zużycia surowców, z uwzględnieniem zużycia do produkcji 10 ton chrzanu i 5 ton buraków pochodzących z gospodarstwa rolnego Mariana B. Ustalony w ten sposób obrót wyniósł 7.268.480 zł i był wyższy od wynikającego z ewidencji sprzedaży prowadzonej przez spółkę o 3.022.212 zł. Z projektem wymiaru podatków wspólnicy zostali zapoznani i złożyli pisemne oświadczenie, że "nie zgłaszają uwag i zastrzeżeń co do kwoty uszczuplonych podatków".
Decyzjami z dnia 4 czerwca 1987 r. Urząd Skarbowy w W. dokonał wymiaru podatku obrotowego dla spółki oraz wymiarów podatku dochodowego dla trzech wspólników zgodnie ze wspomnianym wyżej projektem wymiaru. W decyzjach tych nie wskazano powodu pominięcia ksiąg jako dowodów w postępowaniu, a w zakresie uzasadnienia podstaw wymiaru odesłano do projektu wymiaru podatków sporządzonego przez pracownika Izby Skarbowej.
Od tych decyzji podatnicy wnieśli odwołanie, w którym zakwestionowali zaliczenie w celu ustalenia obrotu zużycia 10 ton chrzanu i 5 ton buraków ćwikłowych pochodzących z gospodarstwa rolnego Mariana B., powołując się na złożone uprzednio oświadczenia, że surowce te w 1986 r. nie były do produkcji zużyte. Błąd ten spowodował podwyższenie ustalonego obrotu w stosunku do obrotu przez nich wykazanego o przeszło 3 mln zł. Odwołujący się wyjaśnili, że z projektem wymiaru podatków zostali zapoznani i wyrazili zgodę na wysokość zaproponowanych podatków, mimo nasuwających się wątpliwości, gdyż konieczność wyrażenia takiej zgody zasugerował im inspektor Izby Skarbowej, z równoczesnym zapewnieniem, że będą mogli odwołać się od tych wymiarów. Nadmienili, że nie mają zastrzeżeń co do matematycznych wyliczeń, natomiast nie zgadzają się z pominięciem niektórych oczywistych faktów, wynikających z prowadzonej dokumentacji.