1. Organy publiczne działające w ramach uznania muszą w swoich rozstrzygnięciach respektować przede wszystkim porządek prawny wynikający z Konstytucji /m. in. art. 74 ust. 1, 2 i 4/ i nie mogą ograniczać się przy prowadzeniu postępowania tylko do przepisów ustawowych, mających bezpośrednie zastosowanie w danej sprawie.
2. Samorząd, który zgodnie z art. 163 Konstytucji jest władzą publiczną, musi w przypadku konstytucyjnego lub ustawowego nakazu respektować w swych działaniach interes państwa, nawet gdyby wydawał się on sprzeczny z doraźnymi potrzebami wspólnoty samorządowej, do których niewątpliwie należy dochodzenie zaległości podatkowych.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Przedsiębiorstwa Rolnego "J." Spółka z o. o. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w (...) z dnia 10 sierpnia 1998 r. w przedmiocie odmowy umorzenia podatku rolnego za 1997 r. i na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 i 3 ustawy w dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, a także - zgodnie z art. 55 ust. 1 tej ustawy zasądził od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w (...) na rzecz skarżącego kwotę tysiąca złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Przedsiębiorstwo Rolne sp. z o.o., od marca 1995 r. prowadzi gospodarstwo rolne na gruntach dzierżawionych od Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa. W skład gospodarstwa wchodzi obszar o powierzchni 339,3 ha, tworzący polder zalewany w czasie wiosennych powodzi przez rzekę. Początkowo po wiosennych wylewach woda była wypompowywana przez przedsiębiorstwo zajmujące się gospodarką wodną na tym terenie. Jednak z uwagi na wartości przyrodnicze polderu, który stanowi obszar żerowania i gniazdowania rzadkich i chronionych gatunków ptaków, zaniechano jego odwadniania. Wojewódzki Konserwator Przyrody uznał bowiem polder za ostoję dzikiego ptactwa i w 1996 r. podjął działania zmierzające do przekształcenia go w użytek ekologiczny i objęcia ochroną rezerwatową. W związku z tym spółka zaprzestała rolniczego użytkowania tego terenu i w grudniu 1996 r. zwróciła się do Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa o wyłączenie z dzierżawy gruntów polderu, w celu umożliwienia utworzenia rezerwatu przyrody.
Do 1 stycznia 1997 r. spółka nie ponosiła z tytułu dzierżawionego polderu obciążeń podatkowych. Chociaż grunty te zostały sklasyfikowane jako użytki rolne, to jednak na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 12 listopada 1984 r. o podatku rolnym - w brzmieniu obowiązującym do końca 1996 r. - z uwagi na zaprzestanie na nich produkcji rolnej, były zwolnione z podatku rolnego. Zmiana tego przepisu, dokonana art. 1 pkt 7 lit. "a" tiret drugi ustawy z dnia 4 lipca 1996 r. o zmianie ustaw o podatku rolnym, o lasach, o podatkach i opłatach lokalnych oraz o ochronie przyrody, wprowadziła obszarowe i czasowe ograniczenie takiego zwolnienia. Od wejścia w życie tej noweli, to jest od 1 stycznia 1997 r., zwolnienie może dotyczyć nie więcej niż 20 procent powierzchni użytków rolnych gospodarstwa rolnego, lecz nie więcej niż 10 ha i na okres nie dłuższy niż 3 lata.
W związku z tym, że polder nie kwalifikował się w świetle nowej regulacji do ustawowego zwolnienia, 3 października 1997 r. spółka zwróciła się do burmistrza miasta i gminy o umorzenie zaległości podatkowej w podatku rolnym za rok 1997 - w kwocie 19.988 zł. W swoim piśmie nawiązała do wniosku Wojewódzkiego Konserwatora Przyrody o wyłączenie tego obszaru z użytkowania rolniczego i podniosła, że polder jako obszar zalany wodą nie jest wykorzystywany rolniczo, zaś względy społeczne związane z ochroną środowiska wykluczają taki sposób jego użytkowania. Wcześniej spółka kilkakrotnie monitowała, aby konserwator przyrody przyspieszył załatwianie sprawy przejęcia polderu na rezerwat przyrody.
Z prośbą o umorzenie spółce do końca 1997 r. podatku rolnego od tego obszaru zwrócił się także w piśmie z 12.08.1997 r. dyrektor Wydziału Ochrony Środowiska w Urzędzie Wojewódzkim w O. Poinformował on burmistrza, że przygotowywane jest rozporządzenie wojewody ustanawiające na terenie polderu użytek ekologiczny podlegający ochronie prawnej. Grunty te zostaną przejęte od Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa i przekazane w zarząd Parku Krajobrazowego. Z tych względów administracja rządowa była zainteresowana, co podniesiono w piśmie, bezkonfliktową realizacją projektu i nieobciążaniem dzierżawcy podatkiem z tytułu posiadania gruntu, który nie może być użytkowany rolniczo.