Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Dariusz Kurkiewicz (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Anna Sękowska, sędzia WSA Alojzy Skrodzki, Protokolant starszy referent Karol Kodym, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 listopada 2014 r. sprawy ze skargi M. S.A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] kwietnia 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz M. S.A. z siedzibą w W. kwotę 27 574 zł (słownie: dwadzieścia siedem tysięcy pięćset siedemdziesiąt cztery złote) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Na podstawie aktu notarialnego z dnia 5 listopada 2012 r. rep. A nr [...] Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników K. Sp. z o. o. S.K.A. podjęło uchwalę nr [...] o podwyższeniu kapitału zakładowego Spółki o kwotę 50.000,00 zł poprzez emisję 100 akcji imiennych zwykłych serii B o wartości nominalnej 500,00 zł każda. Akcje serii B miały zostać objęte powyżej wartości nominalnej. Cena emisyjna akcji wynosiła 3.198.000.00 zł brutto za każdą akcję. Nadwyżka została przekazana na kapitał zapasowy Spółki. Nowoutworzone akcje serii B zostały objęte przez dotychczasowego akcjonariusza K. Sp. z o. o. sp. k. i pokryte w całości wkładem niepieniężnym o łącznej wartości 319.800.000,00 składającym się ze znaków towarowych.
Notariusz, jako płatnik podatku od czynności cywilnoprawnych, pobrał od tej czynności podatek w kwocie 1.598.991,00 zł.
Następnie Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników K. Sp. z o. o. S.K.A. aktem notarialnym z dnia 25 marca 2013 r. rep. A nr [...] podjęło uchwałę nr [...] o podwyższeniu kapitału zakładowego Spółki o kwotę 50.000,00 zł poprzez emisję 100 akcji imiennych zwykłych serii C o wartości nominalnej 500,00 zł każda. Akcje serii C miały zostać objęte powyżej wartości nominalnej. Cena emisyjna akcji wynosiła 873.300.00 zł brutto za każdą akcję. Nadwyżka została przekazana na kapitał zapasowy Spółki. Nowoutworzone akcje serii C zostały objęte w trybie subskrypcji prywatnej przez K. S.A. i pokryte w całości wkładem niepieniężnym o łącznej wartości 87.330.000,0 zł składającym się z prawa do 10 znaków towarowych i jednego wzoru przemysłowego.
Notariusz, jako płatnik podatku od czynności cywilnoprawnych, pobrał od tej czynności podatek w kwocie 436.641,00 zł.
Wnioskiem z dnia 26 listopada 2013 r. M. S.A. z siedzibą w W., dalej jako Skarżąca lub Spółka, następca prawny K. Sp. z o.o. (dawniej K. Sp. z o. o. S.K.A.), wystąpił do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 2.035.632,00 zł, który został pobrany przez płatnika w dniach: 5 listopada 2012 r. i 25 marca 2013 r. z tytułu dwóch zmian umowy spółki komandytowo-akcyjnej K.. Jako podstawę swojego żądania wskazał art. 75 § 1 i art. 72 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem wnioskodawcy, przedmiotowe czynności nie podlegały opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 5 ust 1 lit. a) oraz art. 7 ust. 1 Dyrektywy 2008/7/WE w związku z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r. Nr 41. poz. 399 z późn. zm.) - dalej "u.p.c.c.", w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2006 r., a w konsekwencji - pobrany przez płatnika podatek został pobrany nienależnie. Tym samym podatek został pobrany nienależnie z uwagi na wyrażoną w Dyrektywie 2008/7/WE zasadę stand still, zgodnie z którą wniesienie aportu do spółki komandytowo-akcyjnej nie może podlegać opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, skoro czynność taka podlegała wyłączeniu z opodatkowania na dzień 1 stycznia 2006 r. Państwa członkowskie mogą bowiem nakładać podatek kapitałowy jedynie wówczas, gdy naliczały go w dnu 1 stycznia.2006 r.