Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marek Krawczak, Sędziowie Sędzia WSA Marek Kraus, Sędzia WSA Anna Wesołowska (sprawozdawca), Protokolant st. sekretarz sądowy Iwona Mazek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 maja 2012 r. sprawy ze skargi F. sp. z o.o. z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia [...] marca 2010 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną interpretację indywidualną, 2) stwierdza, że uchylona interpretacja indywidualna nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Ministra Finansów na rzecz F. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
W dniu 29 grudnia 2009 r. F. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (“Skarżąca") złożyła do Ministra Finansów wniosek o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od czynności cywilnoprawnych.
We wniosku przedstawiła następujący stan faktyczny. W dniach 8 stycznia 2008 r., 14 kwietnia 2008 r., 1 września 2008 r., 14 listopada 2008 r. i 21 stycznia 2009 r., nadzwyczajne zgromadzenie wspólników Spółki podjęło uchwały o zmianie umowy Spółki, na podstawie których doszło do podwyższeń kapitału zakładowego poprzez wniesienie wkładów pieniężnych w zamian za objęcie udziałów w podwyższonym kapitale zakładowym. Z tytułu podniesień kapitału zakładowego, stosownie do przepisów art. 10 ust. 2 i ust. 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. Nr 86, poz. 959 ze zm.), dalej - "u.p.c.c.", notariusz jako płatnik pobrał od Spółki podatek od czynności cywilnoprawnych.
W dniach 31 stycznia 2008 r., 6 czerwca 2008 r., 3 października 2008 r., 16 grudnia 2008 r. i 17 lutego 2009 r. Sąd Rejonowy dla W. [...] Wydział Gospodarczy KRS, dokonał wpisów do rejestru przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego wymienionych wyżej uchwał o zmianie umowy Spółki, na podstawie których doszło do podwyższeń kapitału zakładowego Spółki.
Skarżąca zadała pytanie czy podatek od czynności cywilnoprawnych pobrany od podwyższeń kapitału zakładowego na podstawie przepisów art. 1 ust. 1 pkt 2 w związku z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 3 pkt 2 oraz art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b) u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym w 2008 r. oraz w 2009 r., w przypadku powołania się przez Spółkę bezpośrednio na postanowienia art. 7 ust. 1 dyrektywy Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału oraz art. 5 ust. 1 lit. a, art. 7 i art. 16 dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, stanowi nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej?
W opinii Skarżącej, notariusz nienależnie pobrał podatek od powyższych czynności cywilnoprawnych. Przepisy u.p.c.c. obowiązujące w latach 2008-2009, przewidujące obowiązek zapłaty tego podatku z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego, były niezgodne z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG. Powołując się na art. 2 Aktu dotyczącego warunków przystąpienia Rzeczpospolitej Polskiej oraz dostosowań traktatów stanowiących podstawę Unii Europejskiej (Dz.U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864), a także wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej ("TSUE") z 21 czerwca 2007r. w sprawie C-366/05 Optimus Telecommunicacoes SA vs. Fazenda Publica, Skarżący wywiódł, że art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG nałożył na Polskę obowiązek zwolnienia z podatku kapitałowego czynności, które 1 lipca 1984r. były zwolnione lub opodatkowane stawką 0,50% lub niższą. Obowiązek ten w stosunku do Polski wszedł w życie z dniem jej przystąpienia do Unii Europejskiej ("UE"), tj. 1 maja 2004r.
Zdaniem Skarżącej, nie można twierdzić, że 1 lipca 1984 r. w prawie polskim podwyższenie kapitału zakładowego było opodatkowane podatkiem kapitałowym. Nie wynikało ono bowiem z obowiązującej wówczas ustawy z dnia 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej (Dz.U. Nr 45, poz. 226 ze zm.) - dalej: "u.o.s.", a z wydanego z naruszeniem zasad konstytucyjnych rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 16 maja 1983 r. w sprawie opłaty skarbowej (Dz.U. Nr 34, poz. 161 ze zm.) - dalej: "rozporządzenie z 16 maja 1983 r.".