Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Marek Krawczak, Sędziowie sędzia WSA Aneta Lemiesz, sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Katarzyna Smaga, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 20 września 2013 r. sprawy ze skargi B. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lutego 2013 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz B. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 16 717 zł (słownie: szesnaście tysięcy siedemset siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
I. Stan sprawy przedstawia się następująco:
1. B. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej zwana: "Skarżącą") następca prawny B. sp. z o.o. (dalej zwana: "B.") wnioskiem z 21 września 2011r. wystąpiła o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych (dalej zwany: "p.c.c."), który pobrał notariusz (płatnik) od podwyższenia o [...] zł kapitału zakładowego B., w wysokości [...] zł. Do podwyższenia kapitału doszło przez ustanowienie nowych 380.000 udziałów o wartości nominalnej 500 zł, które objęła P. Sp. z o.o. (dalej zwana: "Sp. z o.o.") i pokryła wkładem niepieniężnym w postaci przedsiębiorstwa (zorganizowany zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do realizacji zadań gospodarczych).
Skarżąca wskazała m.in., że p.c.c. pobrany od ww. czynności, na mocy przepisów ustawy z 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. z 2005r. Nr 41, poz. 399 ze zm.; dalej zwana "u.p.c.c.") nie jest należny, bo prawo krajowe jest niezgodne z dyrektywą kapitałową i dyrektywami ją zmieniającymi. Od 1 maja 2004r. podwyższenie kapitału zakładowego nie powinno podlegać opodatkowaniu, lub powinno być zwolnione z opodatkowania, gdyż od 1 stycznia 1986r. państwa członkowskie były zobligowane do zwolnienia z podatku kapitałowego czynności, które zgodnie z przepisami obowiązującymi 1 lipca 1984r. były zwolnione z p.c.c. lub opodatkowane stawką 0,50% lub niższą. Obowiązek ma zastosowanie do państw członkowskich przystępujących do UE po 1 stycznia 1986r., a odwoływanie się do stanu prawa wewnętrznego obowiązującego w Polsce 1 lipca 1984r. nie jest uprawnione, z uwagi na orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej zwany: "TSUE") i sądów administracyjnych.
2. W związku z tym, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej zwany: "NUS") decyzją z [...] listopada 2011r. odmówił stwierdzenia ww. nadpłaty, wskazując w podstawie prawnej m.in. art. 72 § 1 pkt 2, art. 75 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005r. Nr 8, poz. 60 ze zm.; dalej zwana "O.p."), Skarżąca w odwołaniu z 5 grudnia 2011r. wniosła o uchylenie ww. decyzji oraz stwierdzenie i zwrot ww. nadpłaty. W jej ocenie NUS naruszył ww. przepisy w związku z art. 1 ust. 1 pkt 2 i art. 7 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c. i w związku z art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady z 17 lipca 1969r. 69/335/EWG dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz.U.UE.L Nr 249, poz. 25, dalej zwana: "Dyrektywa 69/335") w związku z wyrokiem TSUE z 9 lipca 2009r. sygn. C-397/07 (w sprawie Komisja przeciwko Królestwu Hiszpanii) przez uznanie, że podwyższenie kapitału zakładowego Spółki B. wskutek pokrycia kapitału zakładowego wkładem niepieniężnym (aport przedsiębiorstwa) podlegało opodatkowaniu. Polska od 1 maja 2004r. zobowiązana do zwolnienia od p.c.c. operacji polegających na wniesieniu wkładów w zamian za udziały, bo wobec braku odmiennych postanowień w Traktacie akcesyjnym, była obowiązana do przyjęcia całego dorobku wspólnotowego. Przyjęła więc pierwotną wersję dyrektywy kapitałowej i zmiany wprowadzone Dyrektywami 73/80/EWG i 85/303/EWG, na mocy których od 1 stycznia 1986r. wniesienie wkładów do spółek kapitałowych w zamian za udziały zostało objęte obligatoryjnym zwolnieniem z podatku kapitałowego.