W sprawie Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji przeprowadził złożony proces wykładni przepisów prawa, a to przepisów ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania /t.j. Dz.U. 2000 nr 26 poz. 319 ze zm./ i ustawy z dnia 20 lutego 1997 r. o stosunku Państwa do gmin wyznaniowych żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 41 poz. 251 ze zm./ poza postępowaniem administracyjnym, a więc z pozbawieniem prawa do wysłuchania Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej, co stanowi naruszenie konstytucyjnej zasady prawa jednostki do postępowania.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 22 grudnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej skargi kasacyjnej Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 26 marca 2004 r. I SA 2188/03 w sprawie ze skargi Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej na decyzję Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 28 sierpnia 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania o stwierdzenie nieważności decyzji - oddala skargę kasacyjną.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 26 marca 2004 r. I SA 2188/03 uchylił decyzję Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z 28 sierpnia 2003 r. (...) oraz utrzymaną przez nią w mocy decyzję Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z 7 lipca 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania o stwierdzenie nieważności decyzji Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z 3 lutego 2000 r. (...). W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej wnioskiem z 10 czerwca 2003 r. wystąpił do Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji o stwierdzenie nieważności jego decyzji z 3 lutego 2000 r. (...) wpisującej do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych Niezależną Gminę Wyznania Mojżeszowego w G. Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji decyzją z 7 lipca 2003 r. (...) odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności. Po ponownym rozpoznaniu sprawy utrzymał decyzją z 28 sierpnia 2003 r. (...) w mocy decyzję o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie. W decyzjach organ wskazał, że Związek interes prawny wywodził z ustawy z dnia 20 lutego 1997 r. o stosunku Państwa do gmin wyznaniowych żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 41 poz. 251 ze zm./. Według Związku przepisy tej ustawy nie miały zastosowania w postępowaniu rejestrowym Niezależnej Gminy Wyznania Mojżeszowego, organ bowiem prowadził postępowanie na podstawie ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania /Dz.U. 2000 nr 26 poz. 319 ze zm./.
Związek Gmin Wyznaniowych opiera swoją legitymację na błędnym założeniu, że ustawa z 1997 r. o stosunku Państwa do gmin wyznaniowych przyznaje mu wyłączność w zakresie organizowania życia religijnego wyznawców religii mojżeszowej na terenie Rzeczypospolitej Polskiej, ale taki pogląd pozostaje w rażącej sprzeczności z podstawowymi zasadami gwarantującymi wolność sumienia i wyznania, wyrażonymi w art. 53 Konstytucji Rzeczypospolitej, a skonkretyzowanymi w ustawie o gwarancjach wolności sumienia i wyznania, przede wszystkim w art. 2 pkt 1 i 2a tej ustawy. Zgodnie z nim, korzystając z wolności sumienia i wyznania obywatele mogą tworzyć wspólnoty religijne, należeć lub nie należeć do kościoła i innych związków wyznaniowych. Domaganie się przez Związek Gmin Wyznaniowych jednolitego kierownictwa wyznawców religii mojżeszowej jest sprzeczne z przepisami ustawy o gwarancjach wolności, a uznanie przez organ rejestrowy takiego kierownictwa doprowadziłoby do złamania zasady równouprawnienia kościołów i innych związków wyznaniowych.
Założyciele Niezależnej Gminy Wyznania Mojżeszowego w G. powołali tę gminę jako związek wyznaniowy odrębny organizacyjnie od już istniejących związków wyznaniowych zrzeszających osoby wyznania mojżeszowego, co oznacza, że nie jest to gmina wyznaniowa w rozumieniu ustawy z 1997 r. Ustawa nie zawiera definicji "gmina żydowska" i przewiduje możliwość istnienia obok gmin żydowskich, o których mowa w jej art. 2 ust. 1 także innych gmin. Gminami żydowskimi w rozumieniu tej ustawy są wyłącznie gminy wyznaniowe wymienione w załączniku do niej. Niezależna Gmina Wyznania Mojżeszowego w G. nie jest gminą, o której mowa w tej ustawie, co wynika z intencji jej założycieli i wyłącza stosowanie jej przepisów w sprawie dokonanej rejestracji.