Organy podatkowe władne są w ramach prowadzonego postępowania w sprawie podatku VAT dokonywać ustaleń dotyczących kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym od osób fizycznych, o których mowa w art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Decyzją z dnia 10 stycznia 1995 r. Urząd Skarbowy w S. uchylił swoją wcześniejszą decyzję i dokonał ustalenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za sierpień 1994 r. z uwzględnieniem sankcji z art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy o VAT, w wysokości 4.463.000 złotych. Urząd stwierdził, że zawyżenie to zostało spowodowane przyjęciem do odliczenia podatku naliczonego od zakupów paliwa do samochodu osobowego nie objętego ewidencją środków trwałych. Wydatków tych nie zaliczono do kosztów uzyskania przychodów, z uwagi na to, że podatnik nie prowadził ewidencji przebiegu pojazdu. Dlatego, zgodnie z art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, wydatki te nie mogły być odliczane od podatku należnego, a ich odliczenie przez skarżącego spowodowało zawyżenie podatku naliczonego i w konsekwencji zastosowanie sankcji z art. 27 ust. 5 pkt 2 powoływanej ustawy o VAT.
W odwołaniu Zbigniew J. zarzucił powyższej decyzji naruszenie przepisów prawa materialnego, a w szczególności szeregu przepisów ustawy o VAT oraz art. 23 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 1993 nr 90 poz. 416 ze zm./. Wskazał także na obrazę przepisów postępowania administracyjnego, polegającą na pominięciu zgłoszonego dowodu w sprawie /tj. pism z dnia 12.12.1994 r. i z dnia 11.01.1995 r./ oraz na uniemożliwieniu stronie udziału w postępowaniu.
Decyzją z dnia 14 kwietnia 1995 r. Izba Skarbowa w S. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu stwierdzono, że strona nie wskazała dowodów na naruszenie przez Urząd Skarbowy przepisów ustawy o VAT oraz art. 23 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Izba podkreśliła, że z materiałów sprawy jednoznacznie wynika, że Zbigniew J. nie prowadził na bieżąco ewidencji przebiegu pojazdu, a więc nie spełnił warunku uznania za koszty uzyskania przychodów wydatków na zakup paliwa. Nie można uznać za spełnienie tego warunku późniejszego "Odtworzenia" tej ewidencji i powołania się na jej istnienie dopiero w momencie złożenia wniosku o wszczęcie postępowania w sprawie ustalenia zobowiązań podatkowych w dniu 12.12.1994 r., uzupełnionego pismem z dnia 11.01.1995 r. "Wobec naruszenia art. 23 ust. 1 pkt 46 cytowanej ustawy o podatku dochodowym, niemożliwym stało się odliczenie tych wydatków od podatku należnego, na co wskazuje art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług" - stwierdza Izba Skarbowa. Nie zgodzono się także z zarzutami odwołania dotyczącymi naruszenia zasad postępowania administracyjnego.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Zbigniew J. zarzucił powyższej decyzji Izby Skarbowej naruszenie art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym w związku z art. 23 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. W uzasadnieniu stwierdził, że przedłożył Urzędowi Skarbowemu w S. dowód w postaci ewidencji przebiegu pojazdu w dniu 11.01.1995 r., o istnieniu takiej ewidencji informował w piśmie z dnia 12.12.1994 r. Mimo to Urząd Skarbowy wydał w dniu 10.01.1995 r. decyzję ustalającą skarżącemu zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za sierpień 1994 r., opierając się na wyniku kontroli urzędu kontroli skarbowej. W ocenie skarżącego organ podatkowy nie dążył tym samym do wyjaśnienia sprawy, czym naruszył art. 77 Kpa. Skarżący zarzuca także, że Izba Skarbowa w S. nie zajęła się merytorycznym rozstrzygnięciem sprawy lecz ograniczyła się do jej zbadania od strony formalnej. Wyjaśnia, że w trakcie prowadzonego przez urząd kontroli skarbowej postępowania stosowano wobec skarżącego presję psychiczną /m.in. przesłuchano go jako świadka w jego sprawie/, zaś składanie dowodów do Urzędu Kontroli Skarbowej nie miało sensu, gdyż inspektor przed zakończeniem postępowania miał już gotowy wynik kontroli. W tej sytuacji skarżący składał wszystkie dowody do organów podatkowych, te zaś tychże dowodów nie uwzględniły.